В первой половине августа Шлиман прибыл в Троаду на северо-западе Малой Азии для осмотра остатков Трои. Дело в том, что, хотя спор о местонахождении Трои имел очень длительную историю, к концу 60-х годов XIX века официальная наука пришла к выводу, что этот древний город находился на возвышенности Бали-Даг близ селения Бунарбаши (или Пунарбаши) в 10 километрах от побережья Эгейского моря. Именно эти «официальные» развалины осмотрел Шлиман и собирался спокойно отбыть в Стамбул, но опоздал на корабль. И в этот момент произошла его судьбоносная встреча с Фрэнком Калвертом.

Фрэнк Калверт был англичанином, выполнял обязанности британского, а затем и американского консула в Дарданеллах; он родился и вырос в этих местах и был блестящим знатоком местных древностей. Калверт считал, что руины Трои следует искать в толще холма Гиссарлык (что с турецкого языка переводится как Малый замок), расположенного в 4,5 километра от берега в долине современных рек Мендерес и Дюмрек. Необходимо отметить, что еще до Калверта некоторые исследователи также предлагали искать Трою именно здесь. Например, так думали еще в 1768 году барон Йоган Германн, в 1801 году Эдвард Дэниел Кларк и Джон Мартин. В 1863 году шотландец Чарльз Макларен издал книгу «Описание плана Трои», в которой помещал остатки города на холме Гиссарлык.

Фрэнк Калверт купил северную часть этого холма и в 1865 году провел первые раскопки. Опыт показал, насколько сложным и дорогостоящим мероприятием является изучение данного объекта. Случай свел Фрэнка Калверта с Генрихом Шлиманом, которого он пригласил к себе домой в Чанаккале. Именно Калверт объяснил богатому немецкому предпринимателю, насколько перспективными будут раскопки Гиссарлыка. Надо отдать должное Шлиману, он очень быстро оценил ситуацию. В этот день, 15 августа 1868 года, родилась «мечта о Трое»! Шлиман поверил, что под толщей напластований Гиссарлыка именно он откроет настоящую Трою и это деяние принесет ему заслуженную славу и признание всего научного мира! Он получит то, что нельзя было купить ни за какие деньги.

По итогам своего путешествия в Грецию Шлиман в следующем году издал книгу на французском языке «Итака, Пелопоннес и Троя», где, в частности, утверждал, что еще в 1866 году предполагал нахождение Трои под холмом Гиссарлык. Однако следует обратить внимание, что название этого холма впервые было упомянуто в его дневнике только за день до его встречи с Калвертом. Этот пример является характерным для понимания тех средств, с помощью которых Шлиман в течение всей жизни создавал «легенду о докторе Шлимане».

Кстати, в 1868 году Шлиман еще не был доктором, и он прекрасно понимал, что ученые мужи сотрут в порошок неизвестно откуда взявшегося самозванца, не имеющего научного авторитета. История получения ученой степени является одним из самых темных эпизодов в жизни Шлимана. 12 марта 1869 года он направил на философский факультет Ростокского университета просьбу рассмотреть вопрос о присуждении ему степени доктора философских наук на основании присланных материалов. Этими материалами были две опубликованные им книги («Китай и Япония в настоящее время» и «Итака, Пелопоннес и Троя») и два экземпляра автобиографии (на латинском и древнегреческом языках).

Восемь ученых мужей буквально за несколько дней успели ознакомиться с этими трудами и написать положительные отзывы. 27 апреля Генриху Шлиману была присвоена искомая степень доктора философских наук. Правда, все эти события происходили в отсутствие самого соискателя, который в это время в Америке решал вопросы, связанные с получением американского гражданства и с расторжением первого брака.

Итак, все было готово к началу раскопок Трои. В 1870 году Шлиман переезжает вместе с Софией из Парижа в Афины, чтобы быть поближе к месту будущей работы. Позднее, в 1878–1879 годах, известный немецкий архитектор Эрнст Циллер, который украсил своими зданиями столицу Греции, в центре Афин на улице Панэпистимиу построил для Шлимана небольшой дворец в стиле итальянского Ренессанса. В этом дворце, который носит название Илиу Мелатрон, жил Шлиман со своей семьей, здесь же размещались его археологические находки. С 90-х годов XX века в этом здании располагается Нумизматический музей. Кстати, именно в этот музей, который тогда находился в другом месте, София Шлиман передала в 1928 году нумизматическую коллекцию мужа.

Шлиман подал прошение властям Оттоманской империи с просьбой разрешить раскопки на холме Гиссарлык. Однако турецкая бюрократическая машина работала очень медленно. В 1870 году Шлиман провел небольшие, по сути нелегальные, раскопки на холме. И только 12 августа 1871 года Шлиман получил фирман на ведение изысканий, причем в соответствии с текстом этого документа половину своих находок он должен был передавать в новый археологический музей в Стамбуле.

Первый этап раскопок на Гиссарлыке начался 11 октября 1871 года и завершился 17 июня 1873 года. Шлиман нанял около сотни рабочих, проживавших в соседних деревнях греков и турок, и стал прокапывать огромную траншею прямо по центру холма, стремясь как можно быстрее дойти до его основания, где, по предположению Шлимана, и должны были находиться остатки «гомеровской» Трои. Именно эти три раскопочных сезона и нанесли археологическому памятнику непоправимый ущерб, за что последующие поколения археологов справедливо продолжают упрекать Шлимана. За Шлиманом прочно закрепилось определение «одиночки и дилетанта в науке».

Надо отметить, что Шлиман действительно не имел специального археологического образования, но не следует забывать, что в его время получить такое образование было негде. Опыт к археологам XIX века приходил только в ходе их собственной раскопочной работы, знания добывались путем проб и ошибок. Конечно, приступая к раскопкам, Генрих Шлиман проявил потрясающую самоуверенность. Имея четкую цель – найти Трою Гомера, он, судя по всему, представлял себе раскопки как «расчистку» легендарного города от «малоценных» более поздних слоев. Такой подход у него возник, скорее всего, в результате посещения знаменитых раскопок в Помпеях, где усилиями археологов удалялся многометровый слой пепла и лавы, которые погребли римский город во время извержения Везувия в 79 году. Кроме того, Шлиман дважды посещал Египет, где видел прекрасные архитектурные памятники, освобожденные от огромных песчаных наносов. Следует еще раз подчеркнуть, что в начале раскопок Шлиман отнюдь не собирался археологически исследовать историю данного поселения, он искал лишь то, что хотел найти.