Круг действий для ревизии был так обширен и полномочия ревизора настолько значительны, что Сысоев мог нажать войсковую канцелярию по какому угодно делу. И Сысоев действительно сразу же повел так круто ревизию, что войсковая канцелярия в полном своем составе заявила самый энергичный протест. Казаки жаловались Емануелю, что Сысоев запечатал все дела, в том числе текущие по уголовной части, продовольствию и пр., приостановивши, таким образом, деятельность канцелярии, и что ревизор перевез к себе на квартиру все опечатанные дела и приставил к ним часового с ружьем. Такое недоверчивое отношение Сысоева к войсковой канцелярии члены ее считали личным оскорблением. Никто из них ни в чем не обвинялся, а между тем все они поставлены были в положение подсудимых. Этим были нарушены права членов канцелярии, как правительственного учреждения и как представителей, «избранных законно голосами благородного черноморского дворянства», и подрывался в населении авторитет войсковой администрации. Войсковая канцелярия просила Емануеля передать ревизию войска другому лицу.

Генерал Емануель не внял, однако, просьбе казачьих властей, в действиях генерала Сысоева не нашел ничего оскорбительного и распорядился, чтобы войсковая канцелярия исполняла все распоряжения г-ла Сысоева.

Тогда 26 ноября 1827 года войсковая канцелярия сообщила Емануелю о неправильных действиях ревизора Сысоева, который вмешался в действия полицмейстера и, явившись лично на рынок, произносил слова, позорящие властей, поставленных войском, и побуждал торговцев подавать ему на этих властей жалобы.

Протест войсковой канцелярии против действий генерала Сысоева дошел до Петербурга. Там, по-видимому, на дело посмотрели иначе, и по Высочайшему повелению г.-л. Емануель лично отправился в Черноморию для выяснения недоразумений.

Обе стороны дали объяснения командующему войсками, не скупясь на обвинения. Сысоев просил «взыскать с виновных за дерзость и непочтительность». Канцелярия отстаивала свое официальное положение.

Сам Емануель, по-видимому, запутался во взаимных препирательствах казачьих властей и ревизора-генерала, понявши, что Сысоев хватил через край, а казачьи власти если и злоупотребляли своим положением, то умеючи. В приказе 27 декабря 1827 года он известил войско, что генерал Сысоев по собственному желанию отбыл в Донское войско и что командующим Черноморской линией назначается полковник Безкровный, которому приказано принять дела от Сысоева.

Иначе следствие вел Перовский, бывший впоследствии министром внутренних дел. Ему поручена была, между прочим, ревизия казачьих полков и расследование некоторых злоупотреблений в этой области. Как видно из дел за 1828 год, он раскрыл злоупотребления в полках 1, 6, 7 и 8 пехотных и в 5-м конном и обнаружил невыдачу провианта 247 человекам. Особое внимание он обратил на положение казачьих полков и затребовал по этому вопросу и по вопросу о гражданском управлении в войске подробные статистические сведения. Перовскому же пришлось закончить и бумажную распрю между черноморской войсковой канцелярией и генералом Сысоевым. Расследовавши подробно дело, Перовский стал на сторону казаков. Он вообще остался доволен действиями казачьих властей и, уезжая из Черномории в Петербург, в особой бумаге от 12 апреля 1828 года выразил войсковой канцелярии «признательность за деятельность и исправность» по исполнению его требований.

Иначе Перовский отнесся к другому, более заурядному, но сенсационному в свое время делу о войсковом прокуроре Савловском, который обязан был подпиской о невыезде из Екатеринодара и подвергнут домашнему аресту. Чтобы не держать лишнего караула, Перовский распорядился о переводе арестованного в Екатеринодарскую крепость, а отсюда в марте 1828 года он был отправлен в город Ставрополь «за политическим караулом».

Из объемистого следственного дела о прокуроре Савловском видно, что вся вина его заключалась в том, что он был, как говорится, на ножах с генералом Сысоевым, защищая казачьи власти. Это он обязан был делать по своему положению в войске. В донесениях сенату прокурор обвинял Сысоева в том, что он предвзято относился к казачьей администрации и всячески старался очернить войсковую канцелярию, как бы в отместку за то, что черноморские чиновники своими показаниями скомпрометировали его земляка генерала Власова, преданного суду за разорение аулов мирных черкесов. Савловский указывал также на превышение Сысоевым его полномочий и на вторжение во внутренние распоряжения войска.

Наконец, Савловский без достаточных доказательств обвинял Сысоева в получении взятки в 20 000 рублей с торговцев.

Что касается генерала Сысоева, то он жаловался на оклеветание его Савловским и в свою очередь обвинял его во взятке в 600 р. с торговцев.

Сенат нашел совершенно недоказанным обвинение во взяточничестве как Сысоева, так и Савловского, но стал всецело на сторону генерала Сысоева.

Не доверяя показаниям старшин Дубоноса, Ляшенка, Голуба, Черного, Мазуренка, Сулича, Кравцова, Курганского и Федота Белого, как сторонников Савловского, Сенат лишил последнего права на службу и выборы.

Несколькими месяцами раньше назначения Безкровного войсковым атаманом было введено в войске положение 26 апреля 1827 года. По новому закону управление краем поручено было войсковой канцелярии, которой подчинены были 4 земские начальства и полиция г. Екатеринодара. Канцелярия состояла из председателя — войскового атамана, двух непременных членов, трех асессоров, двух секретарей, семи столоначальников, журналиста, казначея и экзекутора, с штатом канцелярских чинов; по предметам ведения она делилась на две экспедиции: воинскую и экономическую. В чрезвычайных случаях воинская экспедиция выделяла особое присутствие, которое, в видах быстроты ведения дела, сосредоточивало свои силы исключительно на нем. Воинской экспедиции подлежали: 1) строевой состав войска и его служебные обязанности, а также паспорта и наряды на службу, 2) жалованье от казны, типография и 3) дела полицейские. В ведении экономической экспедиции были: 1) финансы, повинности, продовольствие и войсковое хозяйство, 2) медицинское дело и переселения, 3) казначейские дела и 4) счетное делопроизводство — составление смет, отчетов и ревизионных актов.

Войсковая канцелярия подчинена была командиру отдельного Кавказского корпуса, но кавказское областное правление, бывшее по положению 1827 года посредствующим органом между войском и командиром корпуса, «не имело начальства над войсковой канцелярией» и лишь сносилось с ней в случае надобности.

При войсковом атамане состояла особая канцелярия, заведовавшая пограничными, секретными, карантинными и меновыми делами и находившаяся в непосредственном сношении с командиром корпуса.

Войсковой атаман назначался Государем, непременные члены и полицмейстер Екатеринодара — командиром отдельного Кавказского корпуса, а асессоры, начальники и заседатели сыскных начальств и полицейские пристава выбирались чиновниками через каждые три года. Таким же порядком выбирался и войсковой казначей, но непременно «из людей достаточного состояния, дабы, в случае ущерба войсковой или казенной суммы, можно было взыскать оный с его имения».