В таком виде флотилия просуществовала и в 1801 году. Но в следующем, 1802 году, адмиралу Мордвинову по Высочайшему повелению приказано было передать Черноморскому войску выстроенные на р. Хопре 10 новых лодок, вооруживши их в Таганроге. Лодки эти, под названием канонерских, обслуживали берега Черного моря от Анапы до Одессы, имели по две трехфунтовых пушки по бокам и одно 18-фунтовое медное орудие на носу, рассчитаны были на 50 человек команды и месячный провиант для них, но в дальний путь могли ходить только при больших судах.

Между тем обветшалые суда казачьей флотилии продолжали быть в деле. В октябре 1804 года командир гребной флотилии войсковой полковник Васюринцев донес Бурсаку, что при перевозке через Босфорский залив Троицкого мушкатерского полка лодки оказались так стары и обветшали, что «чинить на них разъезды при Бугазе никак дальше нельзя». В мае 1806 года новый командир флотилии войсковой полковник Животовский признал совершенно непригодными для плавания ветхие лодки казачьей гребной флотилии и предлагал перевезти из Керчи в Тамань Херсонский гренадерский полк, следовавший на Кавказ, на рыбачьих лодках. Так он и поступил потом, прибавивши к лучшим войсковым лодкам 4 рыбачьих баркаса из Темрюка, на которых и был перевезен полк. В июне того же года, на предложение Бурсака починить 10 яликов, Животовский ответил, что сделать этого нельзя, а нужно построить новые ялики, на что и представил смету.

Тем не менее в феврале 1807 года адмирал маркиз де Траверсе предписал Бурсаку ускорить исправление баркасов Черноморской гребной флотилии, ввиду объявленной Турции войны. Лодки были исправлены. Но 7 января 1808 года полковник Борзик, командовавший казачьей гребной флотилией, донес Бурсаку, что во время следования флотилии на зимовку в Темрюк она захвачена была в Керчи сильнейшим штормом, свирепствовавшим с 30 сентября по 3 октября. Во время этого шторма многие суда были сильно повреждены, некоторые мелкие лодки разбиты, у некоторых утеряны такелаж, якоря и пр.

Наконец, в марте 1809 года Ришелье приказал Бурсаку сдать казачьи гребные лодки в адмиралтейство, как никуда не годные, и построить новые из собственного леса и на собственные войсковые средства. Так была похоронена когда-то грозная казачья флотилия, громившая турецкий флот и бравшая неприступные крепости.

По лодкам была и команда. Лучшие силы казаков были отвлечены на Дунай на мелкие суда в действующую русскую армию. Морской практики не было, и новые кадры моряков не подготовлялись в войске. Дослуживали во флотилии дряхлые старики. В мае 1807 года войсковой полковник Варавва просил назначить ему во флотилию трех офицеров, разумеющих морское дело, так как наличные три старика офицера были больны и до того дряхлы, что физически не могли нести военно-морской службы.

Недоставало людей и в черноморском полку, отправленном на Дунай для морской службы. В сентябре 1808 года командир полка Матвеев известил Бурсака, что, ввиду недостатка людей в казачьей флотилии, он просил фельдмаршала князя Прозоровского пополнить казачью команду буджакскими запорожцами. А сам Бурсак 30 ноября 1808 года донес Ришелье, что войско не могло дать 71 человека на пополнение Дунайской команды, находившейся под начальством войскового старшины Матвеева, так как сверхкомплектных казаков совсем нет в наличности и во всех казачьих полках не оказывается полного состава служащих.

Вообще военная служба во флотилии в пределах войска не пользовалась популярностью, считалась тяжелой и бесцельной. По свидетельству Бурсака, на Дунае казаки-моряки находились в лучших условиях, чем на месте в войске в гребной флотилии, так как получали от казны жалованье, провиант и порционные, а в войске казакам полагалось лишь одно жалованье.

К тому же и служебные порядки во флотилии отличались крупными недостатками. Офицеры находились в бездействии и ссорились друг с другом. Когда вместо Вараввы командиром гребной флотилии назначен был полковой есаул Борзик, то с ним завели ссору два других есаула, служивших во флотилии — Лубяный и Лашков. Они не захотели подчиняться Борзику. Особенно ревниво относился к этому обстоятельству есаул Лубяный. Он, по отзыву Борзика, часто пьянствовал с казаками и играл с ними в карты, в пьяном виде ругал его, Борзика, и убеждал офицеров и казаков не подчиняться ему как командиру.

Короче, отживала свой век Черноморская гребная флотилия, отживали его и служившие без живого дела моряки.

Так-то слагались боевые части Черноморского казачьего войска, вырабатывались способы и приемы борьбы для ведения вой-ны с горцами и для обеспечения мирного существования Черномории. У казаков было все свое — свое войско, свой военный строй, свои приемы службы, и что всего важнее, всю военную службу казак нес на собственный счет, особенно в первые годы существования войска.

Казалось бы, что при такой самобытности казаки должны были быть если не полными хозяевами в своем военном деле, то во всяком случае настолько самостоятельными, чтобы иметь право защищать край и себя, как требовали того военные обстоятельства. Бьют казака, надо же ему вовремя защищаться; но именно этого черноморский казак не мог делать по двум причинам.

Во-первых, охраняя границу, казаки лишены были права переходить ее, настигать и карать неприятеля на его стороне. Высочайшим повелением 22 декабря 1798 года император Павел строго-настрого приказал ни в каком случае не переходить Кубани при преследовании горцев, нападавших на границу. Такие приказы повторялись и впоследствии при Александре I. Это ставило в фальшивое положение казаков и их начальство. В апреле 1800 года Бурсак жаловался на полную невозможность вести войну с неприятелем, трогать которого было нельзя за пределами Кордонной линии. Черкесы собирались огромными скопищами, открыто грабили край, убивали и уводили в плен казачье население, угоняли его скот, жгли и захватывали его имущество; но казакам позволялось ловить неприятеля только на месте преступления, по эту казачью сторону Кубани.