Невельской не щадил ни себя, ни других, но, если честно, то других не щадил в большей степени. Офицеры в одиночку, с проводником или казаком, на недели уходили в экспедиции. Каждый их поход, учитывая слабую экипировку и снабжение продовольствием, становился игрой в рулетку со смертью.

Частые метели заносили домики в Петровском так, что требовалось прорывать глубокие траншеи к окнам и дверям. Иногда приходилось выходить из дома через чердак. От сырости, холода, недоедания появились болезни. Неустроенность быта, непривычный климат, чувство постоянной тревоги и оторванности от остального мира угнетали людей. Удивительно, как молоденькая неопытная женщина все тонко понимала и сколько делала, чтобы сплотить людей в таких ужасных условиях. И откуда брала она силы, чтобы переносить свою новую жизнь столь мужественно — в Петровском у Невельских родилась дочь, и все вышеописанное Екатерине пришлось пережить, будучи сначала беременной, а затем молодой мамой.

Нужно иметь в виду, что матросы, рядовые участники экспедиции, мягко говоря, не представляли цвет российского флота. Большинство — штрафники, наказанные за воровство, драки, побеги и другие «подвиги». Всякое могло случиться, когда в зимовье оставались один-два офицера. Но обошлось.

Шатаясь от усталости, измученные голодом и холодом, офицеры возвращались в зимовье, и Екатерина всегда устраивала для всех праздничные обеды. Моряки приходили из командировок в лохмотьях, нижнее белье расползалось в клочья. Невельская научилась шить сама и научила других женщин шить не только белье, шинели и рубахи, но и кухлянки из шкур, унты, шапки. Все это делалось исколотыми в кровь распухшими пальцами, зато теплая одежда спасла здоровье и жизни офицерам.

Екатерина старалась спасти участников экспедиции также и от тоски и хандры. Убедила мужа, например, организовать катание в собачьих упряжках по замерзшему заливу, чем сильно порадовала и взрослых, и детей. Новый год встретили дружно, на улице нарядили огромную елку, построили ледяные горы, организовали маскарад, гуляние ряженых. И везде зачинательницей была жена начальника экспедиции. Трудно сказать, как бы развивались события в Амурской экспедиции, не присутствуй там эта умная красивая женщина, умевшая морально поддержать ее участников в самые трудные времена.

После нового года экспедиция оказалась на грани выживания. Невельской не получил обещанных продовольствия и медикаментов. Скудные запасы таяли. Ели одну солонину. Единственная помощь в Петровское поступала от начальника Аянского порта и фактории Российско-американской компании Александра Филипповича Кашеварова, который, нарушая инструкции, посылал суда с продовольствием для Амурской экспедиции. К сожалению, Невельской со своим вспыльчивым, неуживчивым характером испортил отношения даже с человеком, искренне стремившимся помочь экспедиции. Невельской вел себя с Кашеваровым высокомерно, пытался им командовать, хотя тот не находился в его подчинении. Стремительная карьера вскружила голову Геннадию Ивановичу.

Например, вместо того, чтобы спокойно объяснить, что служащие Российско-американской компании Орлов и Березин переведены в Амурскую экспедицию, о чем Кашеварова не успели поставить в известность, Невельской написал ему: «Орлову и Березину приказал не исполнять Ваших распоряжений и не отвечать даже Вам на оные и депешею уведомляю главное правление компании».

Пришлось генерал-губернатору Восточной Сибири Николаю Муравьёву поставить на место зарвавшегося начальника Амурской экспедиции: «…должен заметить Вашему высокоблагородию, что выражения и самый смысл этих бумаг выходит из границ приличия и, по моему мнению, содержание оных кроме вреда для общего дела ничего принести не может… Неудовольствия Ваши не должны были ни в каком случае давать Вам право относиться неприлично в главное управление, место, признаваемое правительством наравне с высшими правительственными местами».

«Неосновательные требования» и «неуместные бумаги» Невельского привели к ухудшению отношений с Российско-американской компанией, и это плохо сказалось на Амурской экспедиции.

Весной 1853 года Невельские пережили страшную трагедию.

В Петровском началась цинга. Много участников экспедиции скончались. У Екатерины Ивановны пропало грудное молоко. Единственная корова, молоком которой кормили детей, погибла. Дочь Катя, первенец Невельских, умерла от голода на руках несчастной матери. Даже спустя много лет, когда Екатерина Ивановна вспоминала об этих ужасных днях, ее душили рыдания. Невельской боялся за рассудок жены. Один Бог знает, как она выдержала этот страшный удар судьбы. Возможно, помог приезд брата, с которым она не виделась много лет. В 1852 году он поступил юнкером в 4-й флотский экипаж и уже в звании мичмана получил назначение в экспедицию Невельского.

Время залечивает, говорят, любые раны. У Невельских родилась вторая дочь. В экспедицию приехали новые люди. Наступили события, оттеснившие цели экспедиции далеко на задний план — началась Восточная война. Русским удалось отбить союзный десант англо-французской эскадры в Петропавловске, но Муравьев, понимая, что при повторном нападении союзников не устоять, приказал эвакуировать петропавловский гарнизон на Амур. Невельской получил указание переехать в Николаевский пост (нынешний Николаевск-на-Амуре). Он погрузил все имущество в катер и вельбот, и с женой и грудной дочерью отправился к новому месту службы.

В пути их ждало новое испытание. Разразилась одна из страшных бурь, какие порой случаются на Амуре. Огромные пенистые волны захлестывали катер. Матросы на веслах выбивались из сил, гребя к берегу. Невельской сел за руль. Опытным глазом он увидел единственное место на берегу, куда можно было пристать. Двое суток провели они в заброшенной гиляцкой юрте, ожидая, когда успокоится Амур и появится возможность двигаться дальше. Приходилось все время отпугивать крыс, возмущенных нарушенным покоем. Екатерина Ивановна ни на минуту не выпускала дочь из рук. Сама она жестоко простудилась, но ребенка спасла.