Плавание продолжалось шесть месяцев, и единственным его результатом было доказательство невозможности на деревянном судне преодолеть паковый лёд. Корабли вернулись с большими повреждениями. Впрочем, кто сказал, что результаты всегда обязаны быть только положительными?

По возвращении Франклин сразу же навестил Элеонор. Девушка тяжело переживала смерть матери, и сочувствие, высказанное моряком, очень её поддержало.

Неудача похода «Трента» и «Галатеи» не смутила Адмиралтейство. В 1819 году Франклин получил новое предложение: исследовать береговую черту, начиная от Гудзонова залива по северному побережью Америки до устья Медной реки. На подготовку ему дали только три месяца, обещали помощь компаний, занимавшихся торговлей мехами, которую, как потом выяснилось, те оказать не могли. Готовиться пришлось впопыхах и по наитию, никто ничего дельного посоветовать не мог.

Скоро две подруги вновь распрощались с милым их сердцу моряком.

Франклина сопровождали: мичманы Джордж Бэк и Ричард Худ, морской врач и натуралист Джон Ричардсон, два матроса и четыре гребца. Остальных членов экспедиции предстояло нанять на месте. Транспорт «Принц Уэльский» доставил их в Йоркскую факторию Компании Гудзонова залива, находившуюся в устье реки Нельсона в Манитобе 31 августа 1819 года. В пути натерпелись страха у острова Резолюшен, где транспорт едва не разбился.

На месте выяснилось, что обещанная шхуна, на которую возлагались большие надежды, оказалась совершенно непригодной к плаванию. Не было и проводников-переводчиков, якобы дожидавшихся Франклина. Тогда лейтенант решил следовать самостоятельно до Большого Невольничьего озера вдоль постов компании.

9 сентября его партия тронулась в путь длиной 690 миль, преодолевая множество озёр и рек со стремнинами. Дорога заняла 44 дня. Иногда на переправу волоком тяжёлой лодки и груза уходил весь день. 2 октября Франклин во время переправы оступился и упал в воду между двумя водопадами. Стремительное течение несло его, пока он не сумел схватиться за ветку ивы. В ту ночь температура была минус 4 градуса по Цельсию.

Когда замёрзли реки, лейтенант и его спутники продолжили путь на нартах. 23 февраля 1820 года они прибыли в форт Чипеван, принадлежавший Северо-Западной компании. В нём за зиму они построили каноэ.

Появившиеся гуси и утки принесли с собой весну и москитов. На трёх каноэ экспедиция продолжила путь. Продуктов было — кот наплакал. 29 июля путешественники достигли форта Провидения на западной оконечности Большого Невольничьего озера, самого северного поста Северо-Западной компании.

В форте Провидения Франклин нанял индейцев и канадцев. Трое индейцев были с жёнами и детьми. Франклин согласился на это с условием, что зимой женщины будут шить одежду и обувь для участников экспедиции. Он надеялся заготовить продукты в пути охотой, рассчитывая на помощь индейцев. Запаса продуктов, который они имели, по-хорошему, хватило бы только на один день. Всего экспедиция, вместе с детьми, насчитывала 31 человека. 3 августа тронулись в путь.

Из-за того, что приходилось добывать еду охотой и рыбалкой, преодолевать мелкие озёра и речные стремнины, продвигались крайне медленно. 20 августа, остановившись на привал, решили в этом месте построить на зиму жильё. Назвали его форт Предприятие. Франклин не ожидал, что зима наступит столь стремительно. Запасённого в пути продовольствия на всех не хватало. Джон отправил часть людей, в том числе и женщин с детьми, во главе с мичманом Бэком назад в форт Провидения. Зима выдалась жестокая. Морозы доходили до 57 градусов. Внутри хижины было не теплее минус 15 градусов. Деревья от морозов стали твёрдыми как камень, вскоре были переломаны все топоры, кроме одного, который берегли как зеницу ока.

Позже стало известно, что Адмиралтейство присвоило новые звания офицерам: мичманы стали лейтенантами, а Франклин — капитаном 3-го ранга. Но даже если бы они и узнали об этом, в тот момент их больше волновало продовольствие. Бэк, теперь уже лейтенант, вернулся в марте. Зимовщики не могли дождаться весны, так мучительно тягостно тянулось время. Жизнь зимой заключалась в выживании. Как только потеплело, стали позволять себе развлечения — катались с горки. Франклин во время одного из катаний едва не сломал себе колено.

В конце июня лёд сошёл, и можно было двигаться на лодках. Река Медная изобиловала подводными камнями, стремнинами. Оставались кое-где и ледяные мосты, перекрывавшие путь. Расчёты на помощь индейцев, чьи селения встречались вдоль берегов, оказались напрасными. Их отношение было весьма далёким от гостеприимства. По ночам, чтобы путешественников не перерезали, приходилось охранять лагерь. Море впервые увидели 14 июля с вершины холма. Индейцы отказалась идти дальше. Франклин не позволил уйти только переводчикам, поскольку они были единственными, умевшими охотиться.

Когда экспедиция вышла к берегу моря, в ней осталось 20 человек. Дальше они поплыли в двух больших каноэ вдоль берега. Плыть было крайне тяжело из-за частых штормов. Каноэ получили повреждения, приходилось постоянно вычерпывать воду. Канадцы отказывались продолжать плавание. Угрожая и уговаривая, Франклин довёл свою экспедицию до устья неизвестной реки. Он дал ей имя лейтенанта Худа. Всего экспедиция прошла вдоль побережья, производя съёмку, 650 миль. В последней точке пути Франклин укрепил британский флаг так, чтобы его было видно с моря, и оставил рядом жестяную коробку с запиской для капитана Перри, экспедиция которого продвигалась с востока.