Когда на следующий день армия выступила в направлении Стамбула, войскам все еше не было объявлено о смерти Сулеймана и восхождении на трон Селима. После смерти Сулеймана его тело было омыто и временно погребено под его шатром. Теперь его извлекли из земли, чтобы забрать домой. Один из пажей покойного должен был сидеть в его карете и вести себя так, чтобы войска принимали его за султана. Хронист Мустафа-эфенди из Солоник (Фессалоник), в молодости принимавший участие в походе на Сигетвар, был одним из тех шести человек, которые должны были идти рядом с каретой и декламировать из Корана. Он пишет, что у назначенного двойником Сулеймана пажа было очень бледное лицо, крючковатый нос, редкая борода и забинтованная шея и что, судя по его внешности, он был не слишком здоров. Он сообщает, что хотя к тому времени все знали о том, что Сулейман мертв, официально об этом было объявлено только через 48 дней после его смерти, когда кортеж уже приближался к Белграду, где его ожидал новый султан. Там, в присутствии Селима, был совершены погребальные моления, которые позднее повторили перед недавно построенной мечетью его отца в Стамбуле. Это было сделано для того, чтобы дать жителям столицы последнюю возможность вспомнить покойного султана и его деяния. Впоследствии султан Сулейман был погребен в том месте, которое он сам в свое время выбрал, но, в нарушение традиции, оно находилось не напротив стены молитв мечети, носившей его имя, а в гробнице, построенной в саду этой мечети, рядом с гробницей его супруги Хюррем Султан.

Церемония, которой сопровождалось вступление османского султана на престол, была традиционно скромной. Нового правителя посадили на трон, а его государственные деятели принесли ему клятву верности. Однако Селим II невольно создал прецедент для будущих султанов. Подобно тому, как до него это делали его отец и дед, он, после принятия титула султана, посетил усыпальницу Ай-юба Ансари (сподвижника пророка Мухаммеда, гробница которого была чудесным образом вновь найдена во время осады Константинополя в 1453 году), чтобы перед отбытием на войну снискать благословение святого. Новым было то, что Селим совершил это паломничество сразу же после возведения на престол, и впоследствии каждый новый султан посещал усыпальницу, и это стало неотъемлемой частью церемонии восхождения на трон. Одним из преимуществ этого паломничества было то, что оно давало новому султану возможность совершить триумфальное шествие через весь город на виду у своих подданных.

Соколлу Мехмед-паша с трудом сумел утихомирить войска в Белграде, где во время своей первой встречи с новым султаном они потребовали традиционного вознаграждения по случаю его вступления на престол. Он выдал небольшую сумму, достаточную для того, чтобы их успокоить, и пообещав позднее доплатить, поднял жалованье им, а также различным чиновникам и служащим, которые участвовали в походе. Возвращение домой проходило достаточно спокойно, но когда армия подошла к Стамбулу, взбунтовались янычары. Султан и его свита вошли в город через ворота Эдирне, в непосредственной близости от мечети, строительство которой финансировала сестра Селима, Михримах Султан, но когда они подошли к своей площадке для парадов, находившейся возле мечети Шехзаде, янычары отказались продолжать движение в сторону дворца Топкапы. Целый час они упорствовали, но затем все же двинулись в путь, а потом снова остановились, на этот раз перед банями султана Баязида II. Там один из визирей Селима и главный адмирал Пиале-паша сделали им замечание. Оба были сброшены с лошадей и из, казалось бы, тупиковой ситуации удалось выйти, раздав янычарам пригоршни золотых монет. Те из них, кто был назначен нести службу во дворце, продолжили движение, но оказавшись за его стенами, они сразу же закрыли перед султаном ворота. Разрешил этот кризис Соколлу Мехмед-паша, подсказавший Селиму, что единственный выход из этой потенциально опасной ситуации состоит в том, чтобы немедленно выплатить оставшуюся сумму вознаграждений по случаю вступления на престол.

Мятежи янычар случались и раньше, особенно в 40-е годы XV столетия, при султане Мехмеде II. Унижение Селима показало, что для благополучного восхождения на трон надо обладать не только исключительным правом престолонаследия, но еще и поддержкой янычар, а также других элитных подразделений армии. Теоретически, эти подразделения являлись слугами султана, однако в действительности он полностью зависел от их прихотей и без их поддержки не мог применять свою верховную власть. Для султанов Османской империи, как и для коронованных особ Европы, обеспечение преданности своих войск было необходимостью. Как это часто бывало в истории Османской империи, правление монарха, который лишался их преданности, заканчивалось низложением или убийством.

Подобно своим братьям, Селим получил подобающую принцу-воину подготовку и уже подвергался суровым испытаниям походной жизни. В возрасте двадцати лет, после кратковременного пребывания в Конье, он был направлен в Манису, где должен был заменить своего скончавшегося брата Мехмеда на посту принца-губернатора провинции Сарухан. Этот пост традиционно занимали фавориты, которым предстояло унаследовать трон. Селим оставался там до 1558 года, когда он вступил в конфликт со своим братом Баязидом. Тогда его направили в Конью. После победы над Баязидом в борьбе за престолонаследие Селим получил назначение в Кютахью, где он оставался вплоть до кончины своего отца. В 1548 году Сулейман продемонстрировал определенную степень доверия Селиму, оставив его в Стамбуле в качестве регента, пока сам он находился на Иранском фронте. В этом случае Селим, похоже, вполне оправдал оказанное ему доверие, хотя он и не проявил особого энтузиазма на этом новом для него поприще, возлагавшем ответственность за все государство. Помимо опасений, вызванных постоянной угрозой мятежа войск, он испытывал не меньшие опасения, связанные с тем, что в его отсутсвие в столице произойдет переворот. Став султаном, Селим уже никогда не выезжал из Стамбула дальше султанских охотничьих угодий в Эдирне.

Соколлу Мехмед-паша управлял империей Селима II, фактически являясь олицетворением власти османской династии, тогда как сам султан оставался в стороне от связанного с ожесточенными спорами процесса принятия решений. Этот незаурядный человек в течение четырнадцати лет, при трех султанах, бессменно находился на посту великого визиря. Он родился в семье не обладавшего большим влиянием сербского аристократа Соколовича («Сын сокольничего») и был типичным продуктом проводившегося в империи набора юношей. Во времена правления Сулеймана он легко поднимался по иерархической лестнице. Его первым значительным постом стала должность адмирала флота, которую он получил после кончины Барбароссы. Затем он был губернатором нескольких важных провинций и командующим войсками на западных и восточных рубежах империи, пока в 1565 году Сулейман не назначил его великим визирем. Опасные последствия, вызванные попыткой Сулеймана предотвратить столкновение своих сыновей, позволили Соколлу Мехмед-паше продемонстрировать династии свою ценность. В 1555 году ему было доверено подавление мятежа поднятого самозванцем, «Лже»-Мустафой, а в 1559 году, являясь командующим армией, направленной Сулейманом на помощь Селиму, сражавшемуся со своим братом Баязидом, он доказал будущему султану свою незаменимость. Своей победой Селим был обязан Соколлу Мехмеду, и если принц не скупился на вознаграждения, то Сулейман еще прочнее связал Соколлу Мехмеда с династией, женив его в 1562 году на дочери Селима, Эсмахан Султан (чтобы ничто не мешало ему принять столь высокое предложение, Соколлу Мехмед развелся с двумя другими женами). Отношения этого талантливого политика и военачальника со своим владыкой чем-то напоминали отношения Ибрагима-паши с Сулейманом. Подобно тому, как это было с Ибрагимом, особый статус Соколлу Мехмеда подтверждался местоположением его дворца, находившегося на Ипподроме, неподалеку от дворца его владыки.

В первые годы правления Селима турки были заняты проведением небольших, но весьма важных операций на своих дальних рубежах. Когда в 1567 году известие о кончине Сулеймана достигло провинции Йемен, могущественный глава рода Зайди, имам Мутаххар ибн Шараф аль-Дин, объединил своих последователей-шиитов и поднял мятеж. Османская власть в Йемене всегда была достаточно слабой. Оказалось, что на этой труднопроходимой и редко населенной территории невозможно подчинить независимых вождей местных арабских племен, а общего с турками исламского вероисповедания было недостаточно для того, чтобы гарантировать их согласие с введением совершенно чуждого им режима. Для подавления недовольных новой властью требовалось строительство крепостей и размещение в них гарнизонов, поэтому контроль над этой провинцией обходился весьма дорого, и хотя за время своего, продолжавшегося с 1549 по 1554 год, губернаторства энергичный Оздемир-паша сделал османское правление в ней более эффективным, его преемники на этом посту оказались более слабыми правителями. В 1565 году Йемен был разделен на две провинции, но османский губернатор южной провинции с центром в Сане был убит, а многие опорные пункты, которыми прежде владели турки, теперь перешли к имаму Мутаххару.

Йемен был важен потому, что он давал возможность контролировать маршрут, по которому перевозили пряности, а таможенные сборы за провоз этого товара приносили доходы в казну Османской империи. В 1568 году на усмирение этой провинции были направлены значительные экспедиционные силы под командованием бывшего наставника султана Селима и его доверенного лица, Лала Мустафа-паши. Такой выбор говорил о том, что Селим все же не был целиком во власти своего великого визиря, поскольку вхождение Лала Мустафы-паши в число тех, к кому султан испытывал привязанность, вызывало у Соколлу Мехмеда негодование. Для того чтобы подавить мятеж в Йемене, Лала Мустафе были нужны людские ресурсы и снабжение из Египта, но губернатор этой провинции и еще один его соперник, Коджа («Великий») Синан-паша, отклонил его просьбы и сделал невозможным выполнение целей, поставленных перед экспедицией. В потоках донесений, отправленных в Стамбул, каждый из этих двоих отстаивал свою позицию. Коджа Синан оказался убедительнее и Лала Мустафа был отстранен от командования войсками в Йемене. Но чтобы показать, что он по-прежнему проявляет к нему благосклонность, Селим ввел специально для него должность шестого визиря в правящем совете империи. Руководство ведением военной кампании перешло к Кодже Синану, но трудности со снабжением войск, сражавшихся в Йемене, заставили его прийти к соглашению с родом Зайди. Две йеменские провинции были снова объединены, и к 1571 году Коджа Синан уже мог возвращаться в Каир. Нестабильность в этом регионе привела к тому, что турки снова стали рассматривать возможность строительства канала, соединяющего Средиземное и Красное моря. Вот что имперский указ предписывал осуществить губернатору Египта: