Заметив интерес Николая к науке, глубину и оригинальность его мышления, Геккель сделал его своим ассистентом. В письмах родителям, датированных мартом 1866 года, он называет юношу «моим усердным и полезным помощником», «одним из любимейших моих учеников» [103] . Как сообщил наш герой в краткой автобиографии, «от усиленных занятий микроскопом и анатомиею» он получил «легкий паралич левой стороны лица» и был помещен на излечение в университетскую больницу [104] . Несмотря на всю свою занятость (чтение лекций он совмещал со всепоглощающей работой над монографией), Геккель навещал Николая в больнице. «Так как у него здесь никого нет, — писал он родителям 22 марта, — я должен о нем позаботиться» [105] .

Работа ассистента не оплачивалась, но она сблизила Николая с профессором, выделила русского студента среди других учеников Геккеля. Николай помогал в подготовке и проведении лекций: расставлял в аудитории стеклянные банки с заспиртованными препаратами и другие наглядные пособия, изготавливал вместе с Геккелем и развешивал по стенам крупномасштабные рисунки и чертежи, в том числе воспроизводящие мельчайшие детали, различимые только в микроскоп. В зимнем семестре 1865/66 года Геккель читал свои лекции с огромным успехом, в переполненной аудитории. Как вспоминает М. Фюрбрингер, ставший впоследствии профессором анатомии, лица слушателей пылали от воодушевления, а то, что они слышали, мало походило на обычную лекцию: это был мощный поток интеллектуальной информации, в котором, словно искры, вспыхивали все новые и новые обобщения и гипотезы [106] . Вблизи от кафедры неизменно находился ассистент профессора Николай Миклуха.

В середине 1860-х годов в Йенском университете и связанном с ним Агрономическом институте учились 20 — 30 русских студентов (точные данные отсутствуют), но они не составляли землячества. В связи с изменением обстановки в России оттуда в немецкие университеты, включая Йенский, стали, как правило, приезжать не политически ангажированные студенты, которые думали прежде всего о преобразовании своего отечества, а политически более инертные «господа студиозусы», которые хотели получить престижную специальность. У российских студентов в Йене не было центра наподобие русской читальни в Гейдельберге, да они и не очень-то стремились обсуждать с соотечественниками острые социально-политические проблемы.

Увлеченный занятиями в университете, чтением научной литературы, работой и общением с Геккелем, Николай не водил компании со студентами из России. Но уже вскоре по приезде в Йену он подружился со студентом камерального факультета местного университета князем Александром Мещерским, который стал его лучшим другом [107] . С летнего семестра 1866 года молодые люди сняли комнаты в одном доме — «пекаря Хуфельда за кладбищем» [108] .

Не исключено, что Николай и Александр познакомились еще в Гейдельберге, куда молодой князь, как и наш герой, приехал учиться в апреле 1864 года. Но в его регулярных письмах матери, в которых подробно рассказывается о жизни в Гейдельберге, о русской читальне и т. д. и встречаются десятки русских фамилий, ни разу не упоминается студент Миклуха. Поэтому, скорее всего, их знакомство было поверхностным, «шапочным». На летний семестр 1866 года Миклуха переехал в Лейпциг, а Мещерский — в Иену. Утверждение некоторых биографов нашего героя, будто именно Александр посоветовал Николаю перебраться в Йену, не находит подтверждения в доступных нам источниках. Несомненно одно: об их дружбе уже в начале 1866 года стало известно семейству Миклух, ибо его сестра Ольга в письме от 27 марта расспрашивала брата о Мещерском [109] .

В Йене Николай поближе познакомился с жизнью немецкого студенчества. Одной из важных ее особенностей была активная деятельность студенческих корпораций (буршеншафтов), именовавшихся по латинским названиям германских племен. Так, в Йенском университете корпоранты тогда делились на «саксов», «тевтонов», «германцев», «тюрингцев», «саксонцев» и «франков». Буршеншафты отличались друг от друга сочетанием цветов на корпорантских знаменах, шапочках и лентах, носимых через плечо. Они регулярно устраивали «коммерсы» — праздники с речами, тостами и обильной выпивкой, прежде всего поглощением несметного количества пива. Пожалуй, наиболее одиозной формой деятельности буршеншафтов были мензуры — поединки на рапирах, чаще всего между членами разных корпораций, проводившиеся с соблюдением определенного ритуала, в присутствии секундантов, судей и многочисленных болельщиков. Чем больше шрамов и свежих порезов красовалось на лице корпоранта (туловище во время поединка защищали кожаные доспехи), тем выше был его авторитет среди «цветных» студентов [110] .

Бурши неохотно допускали в свою среду чужаков, особенно иностранцев, да Николай и не пытался сблизиться с этими прожигателями жизни и в большинстве своем отъявленными националистами. «Цветные» составляли примерно половину студентов в Йене. Остальных бурши презрительно называли «зябликами». Это были дети менее обеспеченных родителей, не имевшие денег на попойки, всевозможные праздники, пристойную одежду и довольно высокие членские взносы в кассы корпораций, либо те студенты, которые приехали в Йену получать знания и отвергали по принципиальным соображениям образ жизни корпорантов. Среди «зябликов» у Николая появилось несколько знакомых (но не друзей), прежде всего ученик Геккеля женевец Герман Фоль, который с 1864 года изучал в Йене зоологию и сравнительную анатомию.

Студенты, не входившие в буршеншафты, любили собираться в кофейне или пивной, чтобы почитать газеты, сыграть в бильярд, выпить чашечку кофе или кружку пива. Они охотно записывались в певческие и гимнастические объединения (ферайны), большими группами совершали дальние пешеходные прогулки по окрестностям Йены. У Николая не было ни времени, ни желания бражничать, заниматься хоровым пением или гимнастикой. Но он очень любил пешеходные прогулки. Профессор зоологии Мюнхенского университета Р. Гертвиг в конце XIX века рассказывал Михаилу-младшему, что в молодости, когда он учился в Йене, «Щиколай] Щиколаевич] будил их (студентов. — Д. Т.)рано утром, стуча в окошко, заставляя принимать участие в разных экскурсиях» [111] .