Император Николай I оказался человеком последовательным и упрямым. Уже в начале 1831 года он снова требует от Грейга доложить ему о начале работ по строительству севастопольских сухих доков. В конце февраля 1831 года Грейг и директор департамента Главного управления путей сообщения инженер-генерал Опперман сообща представили Николаю I доклад о постройке доков и положение о строительном комитете севастопольских доков. Председателем комитета Грейг предложил назначить генерал-майора Верха, главным строителем — упомянутого выше английского инженера Уптона. Пока кандидатуры утверждались царем, Грейг попросил Верха подобрать в соответствии с положением штаты и немедленно начать работу.

Тем временем понемногу начали активизироваться и те немногие антигрейговские силы, которые еще сохранились к тому времени на Черноморском флоте. Возглавил их начальник штаба флота капитан 1-го ранга Мелихов. Дело в том, что согласно существовавшей тогда вертикали подчиненности начальник штаба флота не являлся заместителем командующего, а занимался исключительно канцелярскими вопросами, а кроме этого являлся подчиненным не только командующего флотом, а начальника Главного морского штаба. Последним обстоятельством Мелихов при передаче своего письма и воспользовался. Начальником Главного морского штаба в то время был любимец императора известный князь Меншиков. К его помощи и решил прибегнуть Мелихов.

Пока решался вопрос о доках, капитан 1-го ранга Мелихов весной 1829 года, минуя Грейга, представил в Морское министерство свой проект сосредоточения черноморского судостроения и руководства флотом в Севастополе. Мелихов указывал, что хотя Николаев удобно расположен для дешевой доставки туда из внутренних губерний необходимых материалов, но зато, во-первых, Ингул и Южный Буг замерзают на 4 месяца; во-вторых, малые глубины Буга и Днепро-Бугского лимана не позволяют проводить готовые линкоры с полной загрузкой из Николаева к Очакову, из-за чего теряются два месяца работы и возникают дополнительные трудовые затраты; в-третьих, по той же причине паровая землечерпалка в устье Ингула должна непрерывно работать 6 месяцев; в-четвертых, из Таганрога в Николаев ежегодно доставляется 20 тыс. пудов железных изделий, а путь от Таганрога до Севастополя вдвое короче; в-пятых, лес везут из Херсона в Николаев на транспортах или буксируют плотами, в то время как эти транспорты могут идти прямо в Севастополь. Кроме того, цена доставки леса из Подольской губернии в Николаев и Севастополь почти одинакова, и если устроить порт в Очакове, то можно будет сразу направлять лес туда без перевалки в Херсоне, а из Очакова везти в Севастополь, используя вместо транспортов старые линкоры и фрегаты. Перевод морских учреждений из Николаева в Севастополь и их слияние с соответствующими севастопольскими учреждениями позволяли вдвое сократить руководящий персонал. Сосредоточение всей главной администрации в Севастополе повышало оперативность в управлении флотом и боевую подготовку кораблей. Главным же был вывод начальника штаба флота — частное кораблестроение для военного флота на Черном море идет во вред флоту и государству и надо как можно скорее от него избавляться. Рассмотрев проект Мелихова, Меншиков полностью согласился с доводами автора и подготовил решение, по которому Николаев становился тыловой базой флота, т.е. все финансовые потоки пойдут теперь не туда, а в Севастополь. Свой проект Меншиков передал на отзыв Черноморскому ведомству. 9 июня 1833 года его дополнил проект указа императора прекратить расширение Николаевской базы и перевести часть подразделений флота из Николаева в Севастополь так, «чтобы сей порт находился к Николаеву в том отношении, как Кронштадт к Санкт-Петербургу».

Ответ последовал незамедлительно! Адмиралом Грейгом немедленно была организована собственная кораблестроительная экспедиция, в которую, разумеется, вошли лично преданные Грейгу люди — известные черноморские мафиози контр-адмирал Критский и купец-судостроитель Серебряный. Комиссия в самых резких тонах выступила против предложения Меншикова, ссылаясь на дороговизну доставки в Севастополь леса и большие затраты на сооружение там Адмиралтейства и пр. Грейг, разумеется, выводы экспедиции полностью поддержал и 23 сентября 1833 года в представлении в Морское министерство пополнил эти доводы еще одним соображением, указав на «угрозу одновременного уничтожения флота и судостроения на Черном море».

Последнее запугивание несколько поколебало уверенность Николая I в правильности позиции Меншикова, и вопрос был отложен. Что касается капитана 1-го ранга Мелихова, то он серьезно поплатился за свои правдоискания. Почти сразу же после того как стало известно о его письме, Грейг отстранил его от должности. Опального офицера забрал к себе в Петербург князь Меншиков, но карьера блестящего офицера была сломана.

Любопытный факт: если Балтийский флот всегда испрашивал на свое ассигнование разумные суммы, которые и бывали ему выделяемы, то Грейг всегда завышал количество просимых денег как минимум в полтора раза. При этом он практически никогда не предоставлял по их расходу отчетности! Из-за этого постоянно вспыхивали скандалы между ним и Морским министерством, где казенные деньги все же считать умели. Так в 1821 году Грейг обратился к морскому министру с требованием о немедленном выделении ему дополнительных денег в счет ассигнований будущего года. После долгой переписки и препирательств со стороны министра финансов он все же сумел вырвать миллион рублей. Отметим, что в следующем году Грейг добился не только того, что ему «скостили» прошлогодний долг, но попытался вырвать и новые сверхлимитные деньги. Повторюсь, что такое радение за обеспечение финансами вверенного ему флота было бы весьма похвально, если бы адмирал отчитывался о том, куда эти огромные суммы пошли. Но ничего подобного Грейг не делал. Миллионы исчезали один за другим без всякого следа.

Вторым после демарша капитана 1-го ранга Мелихова было письмо на имя императора бухгалтера Черноморского флота Яцына, который, будучи не в состоянии видеть происходящее вокруг разграбление, известил Николая I о творимых Грейгом и Критских безобразиях.

Бухгалтер Черноморского флота чиновник 6-го класса Яцын (что соответствовало согласно табелю о рангах чину полковника), который в силу своего положения знал очень много о финансовых махинациях на Черноморском флоте, в октябре 1825 года написал морскому министру письмо о творимых Грейгом и его окружениях расхищениях «О разных его ко вреду казны действиях». Главным обвинением в письме была преднамеренная переплата Грейгом купцу Михелю Серебряному за постройку с подряда двух кораблей и двух фрегатов.

Историк пишет: «Грейг, действительно, допустил неправильные по форме действия: вместо того, чтобы поручить расчет смет на постройку кораблей и эллингов Исполнительной экспедиции, т.е. Яцыну, он дал задание Инспектору кораблестроения Черноморского флота М.И. Суровцову определить среднюю стоимость одной тонны подлежащих постройке судов на основе реальных цен». Однако в октябре 1825 года всем было уже не до разбирательств с Грейгом. В Таганроге умирал император Александр, в Петербурге и Тульчине готовились к захвату власти масоны-декабристы, и будущее России было не слишком ясным. Некоторое время спустя наскоро созданная комиссия во главе с генералом Сабанеевым, щедро вознагражденная за «правильные» Серебряным, тут же не признала за Грейгом никакой вины, сделав вывод, что Яцын из-за личной неприязни к Грейгу оклеветал его. Взойдя на престол, Николай I поначалу отдал приказ об отдаче бухгалтера Яцына под суд за клевету, и даже выслал Грейгу бумагу о полной его невиновности, но когда получше разобрался с обстоятельствами дела, усмотрел в обстоятельствах переплаты денег Серебряному «стачку» чиновников с подрядчиком. Яцын, по-видимому, был освобожден.

Начиная с 1815 года, на стапелях Херсонской казенной адмиралтейской верфи в постройке одновременно находилось не более одного корабля, а в иные годы все эллинги вообще стояли пустыми. В это же время на частных николаевских верфях жизнь кипела! Туда шли миллионы рублей, там они отмывались и перераспределялись по карманам местных мафиози.

Отметим, что на верфях Серебряного и других членов своего клана Грейг вовсю использовал более двух тысяч арестантов. Дело в том, что в ту пору арестантов можно было использовать лишь на валовых работах: что-то куда-то таскать. Грейг же начал назначать их на ответственные кораблестроительные работы, экономя на дармовых арестантах большие деньги, которые, разумеется, шли не в карман государства. При этом весьма страдало качество работ, так как арестанты в конечном результате своего труда были нисколько не заинтересованы, а порой занимались откровенным саботажем и вредительством.