В 1941 году началась Великая Отечественная война. Очень быстро, начиная отсчет от 22 июня, немецкие войска подошли к городу Котовску. Об этом можно прочитать в интересном материале Светланы Федоровой:

«Для котовчан мирная жизнь была приостановлена оккупацией города. 6 августа 1941 года немецко-фашистские войска вступили в город Котовск. За день до этого, 5 августа, началась оборона Одессы. Советские войска оставили Котовск, не произведя ни одного выстрела. При отступлении в ночь с 5 на 6 августа был подожжен ряд предприятий, в том числе ВРП, нефтебаза, угольный склад и др. С первых дней оккупанты добавили бед жителям города и района — учинили жестокую расправу. В первую очередь подвергались репрессиям работники советских и партийных органов, которые были расстреляны на месте.

Территории Котовска и Котовского района (которые только в 1940 году вошли в состав Одесской области) вошли в состав так называемой «Транснистрии», которая была образована в соответствии с немецко-румынским договором, подписанным в Бендерах 30 августа 1941 года. По этому договору территория между Южным Бугом и Днестром, включающая части Винницкой, Одесской, Николаевской областей Украины и левобережную часть Молдавии, переходила под юрисдикцию и управление Румынии. На основании этого договора правивший в Румынии в 1940–1944 гг. Ион Антонеску издал 19 августа 1941 года Декрет № 1 об установлении румынской администрации в Транснистрии с резиденцией управления в городе Тирасполь (в середине октября 1941 года, после ухода Красной армии из Одессы, столица была перенесена туда). Губернатором был назначен профессор Георге Алексяну.

В первый год оккупации был совершен ряд массовых расстрелов, в том числе 1240 мирных жителей в с. Борщи. В городе румынами был создан концлагерь на месте военного городка. Массовому уничтожению были подвергнуты 1000 горожан, которых расстреляли на стадионе в 1941 году. Фашисты карали тех, кто прятал партизан, раненых бойцов, слушал радиопередачи, рассказывал о сводках Советского информбюро. Котовчане, стремясь приблизить время освобождения родного края от оккупации, старались способствовать войскам, совершая диверсии и саботажи.

Созданные в ноябре 1942 года в Котовске подпольные организации установили связь с соседним Балтским подпольем. Представители котовского подполья распространяли сводки Совинфорбюро, организовывали побеги советских военнопленных, собирали оружие и боеприпасы. Когда части Советской Армии, ведя освободительные бои, приблизились к Котовскому району, начались аресты подозреваемых. Так, в марте 1944 года были арестованы члены подпольных групп «Чайка» и «Крылья Советов». В румынской сигуранце (тайная полиция Румынии) города Котовска подпольщики подвергались избиению, пыткам. 13 марта 1941 года были расстреляны 23 подпольщика (21 мужчина и 2 женщины) в овраге между г. Котовск и с. Глубочок. 31 марта пришло долгожданное освобождение города Котовска и района. Доблестные войска 326-го гвардейского стрелкового корпуса под командованием генерал-майора П. А. Фирсова принесли району свободу и избавление от оккупации.

965 дней Котовск находился под оккупацией немецких, а затем румынских захватчиков. Всего за это время число жертв составило 2527 мирных граждан, 2500 котовчан пропали без вести. В результате поисковой работы по сбору данных на мирных граждан района и города, погибших в годы ВОВ и в послевоенные годы от разрывов бомб, снарядов и мин, установлено 384 фамилии погибших, из них мужчин — 219, женщин — 114, детей — 51. Расстреляны сотни человек, десятки были сожжены заживо, умерли от пыток. Но до настоящего времени 146 захороненных остаются неизвестными».

По трагическому совпадению, ровно через 16 лет после гибели Котовского — 6 августа 1941 года — его мавзолей был разрушен румынами. Они разбили саркофаг и, надругавшись над телом, выбросили останки комкора в свежевырытую траншею, уже забитую трупами расстрелянных местных жителей. Спустя некоторое время железнодорожники из ближайшего депо раскопали траншею и перезахоронили убитых. Останки Котовского опознал и спрятал у себя дома в мешке начальник ремонтных мастерских Иван Тимофеевич Скорубский. Вместе с румынами из мавзолея исчезли ордена и оружие комкора.

После освобождения города специальная комиссия провела экспертизу останков и приняла решение об их повторном захоронении. На этот раз останки Котовского запаяли в цинковый гроб и установили его в уцелевшей подземной части мавзолея. А награды и шашку комкора Румыния официально передала Советскому Союзу сразу же после окончания войны. Они до сих пор хранятся в Центральном музее Вооруженных Сил в Москве. Торжественное открытие нового монумента Котовскому состоялось лишь в 1965 году: в наземной части установили бюст героя, а подземелье мемориала превратилось в мраморный зал с постаментом, на котором стоял гроб, укрытый красно-черным бархатным покрывалом.

В настоящее время вход в склеп закрыт на замок и дальнейшая судьба мемориала остается неизвестной. До сих пор там не было проведено ни одного ремонта, и грунтовые воды продолжают делать свое нехитрое дело…

Село Бирзула своим нынешним названием — Котовск — и статусом города, полученным в 1935 году, безусловно обязано Григорию Ивановичу Котовскому…

«Город Котовск — в двух часах езды от Кишинева, — читаем в весьма познавательном материале Е. Замуры «Будет ли похоронен Котовский?». — В средние века, при турках, вся территория района входила в состав Дуюоссарской райи (единица административно-территориального деления). Название Бирзула — тюркского происхождения и означает «дань», «подать», которую когда-то сюда свозили с окрестных территорий.