Владыка был особенно любим и почитаем во Владимирском Княгинином Успенском монастыре, игуменией которого была Олимпиада (Медведева) [15] . В 1922 г. обновленческим ВЦУ она была уволена с запрещением пребывать в Успенском монастыре [16] . Вскоре монастырь был закрыт. Многие насельницы Княгинина монастыря впоследствии всю жизнь были связаны с Владыкой тесными узами, помогали ему в заключении, переписывались с ним: монахини Агриппина (Мухина), Маргарита (Зуева), Аврамия (Мартынова), Фаина, Варвара (Кукушкина) и другие… В далеких лагерях, в невыносимых условиях существования Владыка не раз уносился мысленно к дням своего служения в Княгинином монастыре. «Вспоминаю мои служения в Вашей обители. Вспоминаю и раннейшие времена, когда еще при матушке игумении Маргарите, — правда, не в этот праздник, я прислуживал с рипидами, а после литургии трапезовали на балконе игуменских келий, — а келейная матушка служила при трапезе…» [17]

Местная пресса писала: «Цитаделью антиобновленческого движения в г. Владимире служит женский монастырь, где особенно проявилась приверженность к мертвым формам, к рутине, взлелеянная трудами б[ывшего] епископа Афанасия, уделившего женской обители исключительное внимание, и монастырского священника А. Ильинского, за которыми без рассуждения шла мало что разумеющая в вопросах веры, но честолюбивая и властная игумения Олимпиада». По словам автора статьи, «добрая половина населения монастыря… как покорное стадо, беспрекословно слушалась своих вожаков, усердно распуская слухи об обновленческом движении, и в частности, о "Живой церкви", предрекала пришествие антихриста и т. п. и в минуты досуга от этих треволнений и хлопот паломничала в тюрьму, где содержится епископ Афанасий, посылая ему лакомые куски от трудов своих» [18] . Эти недобрые строки не могут скрыть и ревность к строгому соблюдению устава, которую прививал молодой епископ монахиням, их любовь к Владыке, и заботу о заключенном.

28 декабря 1922 г. Владыку переводят в Таганскую пересыльную тюрьму. Тюремные власти разрешали совершать богослужение. «При бывших там обысках ни разу ничего (даже вино) не отбиралось, наоборот, все необходимое для богослужения присылалось при официальных передачах и мне не только не воспрещалось совершать в полном облачении ежедневное богослужение в той камере, где я помещался, но в праздничные дни с разрешения начальства богослужение совершалось открыто в особо отводившемся помещении для желающих из заключенных» [19] , — писал Владыка. В одиночке Таганской тюрьмы он освятил для себя походный антиминс во имя Всех святых, в земле Российской просиявших, и несколько антиминсов для раздачи отправлявшимся в изгнание.

Близкие передали Владыке облачения, крест. В письмах к маме Владыка передает пастве наставление: «Оставаться православными, нимало не колеблясь… Лучше совсем остаться без службы церковной, чем участвовать в кощунстве вместе с отступниками [20] , — писал он матери. — Конечно, ни о каком общении с ними у нас и речи быть не может, никакого снисхождения или потворства. Пока не покаются они и на деле своего покаяния не покажут — все они для нас яко язычники и мытари. Но озлобления против них у нас нет и не должно быть» [21] . Этот дух любви никогда не оставлял Владыку, нет в его письмах никогда ни раздражения, ни осуждения. За всех он молился, даже за мучителей своих, и учил так поступать других.

Обвиненный в «возмущении верующих масс на религиозной почве», епископ Афанасий, как «социально опасный человек», был приговорен к высылке из пределов Владимирской губернии административным порядком в Зырянскую область сроком на 2 года. Этот район (наряду с Хивой) был избран как наиболее подходящее место ссылки для священнослужителей, «уличенных в активной тихоновщине». Зырянская область имела населенные пункты, удаленные на полторы тысячи верст от железной дороги, т. е. абсолютно пустынные и глухие [22] .

Большую помощь заключенному епископу оказывала председатель фонда помощи политическим заключенным Екатерина Павловна Пешкова, которая ходатайствовала за Владыку перед властями, организовывала помощь продуктами и необходимыми вещами. Сосланным в Зырянский край священнослужителям разрешалось совершать богослужения в своих квартирах и в присутствии других административно ссыльных церковников и их спутников. Главное, что требовали в ГПУ, чтобы на службах не присутствовали местные жители. Однако несмотря на разрешение в Усть–Выми Владыку и священнослужителей, находившихся с ним, подвергли преследованиям именно за совершение богослужений. У них при обыске обнаружили богослужебные облачения, сосуды, восковые свечи и церковное вино. Иеродиакон Дамаскин был арестован.

В Зырянском крае вместе с Владыкой Афанасием находились митрополит Кирилл (Смирнов), выдающийся знаток Священного Писания, личный секретарь св. Патриарха Тихона архимандрит Неофит (Осипов), который, «с половины 20–х годов оставшись без всякого дела и удаленный даже от знакомых и друзей… занимался исключительно и единственно Священным Писанием» [23] , протоиерей Владимир Богданов, архиепископ Фаддей (Успенский), епископ Николай (Добронравов) и др.

В ссылку за святителем Афанасием добровольно последовал верный келейник иеродиакон Дамаскин (Жабинский), которого Владыка в Зырянском крае хиротонисал в сан иеромонаха. Епископ Афанасий тесно общался с семьей Фуделей и даже венчал Сергея Иосифовича и Веру Максимовну Сытину. В своих воспоминаниях Сергей Иосифович писал о Владыке Афанасии: «Я его увидел впервые в 1923 году в Усть–Сысольске, или Сыктывкаре. Тогда это был еще совсем молодой архиерей, худой, белокурый, очень живой и веселый. Жил он в пригороде Усть–Сысольска Искаре со своим келейником и добровольным спутником иеромонахом Дамаскином. Они занимали одну большую светлую комнату. В ней был стол, два небольших диванчика, стоявших за занавесками спинками друг к другу, и в углу у икон небольшой столик, служивший престолом для литургии… Пел и читал во время богослужений Владыка Фаддей, а у Владыки Афанасия не было ни слуха, ни голоса. Он служил довольно часто, так как в местную церковь никто из нас не ходил: там были живоцерковники. Конечно, он мог бы иметь и полное архиерейское облачение, но он предпочитал служить в простой, холщовой, священнической фелони, только сверх нее одевал омофор. И митра у него была не обычная, не высокая и не сияющая искусственными бриллиантами, а маленькая, матерчатая, по образцу древних митр русских святителей, без камней и украшений, только с иконками… В этом была какая–то мудрая мера. Служение в комнате предъявляет духовные требования и к внешности: пышность византийского обряда становится в комнате чем–то громоздким, ненужным и даже досадным» [24] .

Епископское облачение, сшитое самим свт. Афанасием. Музей Владимирской епархии.

Фудель вспоминал, как святитель искусно делал золотые и серебряные кресты из картона и бумаги, которые священники надевали на себя при богослужении. Владыка изготавливал сам маленькие иконки разных святых из материи, картона и бисера. «Входишь из кухни в его комнату, — писал Фудель, — и в ней обычная картина: тишина, в углу горит лампадка, а за столом Владыка или пишет, или клеит иконки» [25] .