СМЕРШ преобразован из Управления Особых отделов НКВД секретным Постановлением Совета Народных Комиссаров СССР от 19 апреля 1943 г. Тем же Постановлением были созданы Управление контрразведки СМЕРШ НКВМФ СССР и отдел контрразведки СМЕРШ НКВД СССР.

21 апреля 1943 г. Иосиф Сталин подписал Постановление ГКО № 3222 об утверждении положения о ГУКР СМЕРШ НКО СССР. Текст документа состоял из одной фразы: Утвердить положение о Главном Управлении контрразведки СМЕРШ — (Смерть шпионам) и его органах на местах. Приложение к документу подробно раскрывало цели и задачи новой структуры, а также определяло статус ее сотрудников (1): «начальник Главного Управления контрразведки СМЕРШ является заместителем народного комиссара обороны, подчинен непосредственно народному комиссару обороны и выполняет только его распоряжения;

органы СМЕРШ являются централизованной организацией: управления фронтов и отделы армий, корпусов, дивизий, бригад, военных округов и других соединений и учреждений Красной Армии подчиняются только своим вышестоящим органам;

органы СМЕРШ информируют Военные советы и командование соответствующих частей, соединений и учреждений Красной Армии о результатах борьбы с агентурой противника, о проникших в части армии антисоветских элементах, о результатах борьбы с изменой Родине и предательством, дезертирством, членовредительством;

решаемые задачи:

а) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии;

б) борьба с антисоветскими элементами, проникшими в части и учреждения Красной Армии;

в) принятие необходимых агентурно-оперативных и иных (через командование) мер к созданию на фронтах условий, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры противника через линию фронта с тем, чтобы сделать линию фронта непроницаемой для шпионских и антисоветских элементов;

г) борьба с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии (переход на сторону противника, укрывательство шпионов и вообще содействие работе последних);

д) борьба с дезертирством и членовредительством на фронтах;

е) проверка военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника;

ж) выполнение специальных заданий народного комиссара обороны.

Органы СМЕРШ освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с перечисленными задачами.

Органы СМЕРШ имеют право:

а) вести агентурно-осведомительную работу;

б) производить в установленном законом порядке выемки, обыски и аресты военнослужащих Красной Армии, а также связанных с ними лиц из гражданского населения, подозреваемых в преступной деятельности;

в) проводить следствие по делам арестованных с последующей передачей дел по согласованию с органами прокуратуры на рассмотрение соответствующих судебных органов или Особого совещания при Народном комиссариате внутренних дел СССР;

г) применять различные специальные мероприятия, направленные к выявлению преступной деятельности агентуры иностранных разведок и антисоветских элементов;

д) вызывать без предварительного согласования с командованием в случаях оперативной необходимости и для допросов рядовой и командно-начальствующий состав Красной Армии».

Органы СМЕРШ «комплектуются за счет оперативного состава бывшего Управления Особых отделов НКВД СССР и специального отбора военнослужащих из числа командно-начальствующего и политического состава Красной Армии. В связи с чем, работникам органов СМЕРШ присваиваются воинские звания, установленные в Красной Армии, и они носят форму, погоны и другие знаки различия, установленные для соответствующих родов войск Красной Армии».

В состав ГУКР СМЕРШ с апреля 1943 г. входили следующие отделы, начальники которых были утверждены 29 апреля 1943 г. приказом № 3 Наркома Обороны Иосифом Сталиным: 1-й отдел — агентурно-оперативная работа в центральном аппарате Наркомата обороны; 2-й — работа среди военнопленных, проверка военнослужащих Красной Армии, бывших в плену; 3-й — борьба с агентурой, забрасываемой в тыл Красной Армии; 4-й — работа на стороне противника для выявления агентов, забрасываемых в части Красной Армии; 5-й — руководство работой органов в военных округах; 6-й — следственный; 7-й — оперативный учет и статистика, проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, проверка работников, командируемых за границу; 8-й — оперативной техники; 9-й — обыски, аресты, наружное наблюдение; 10-й — отдел «С»; 11-й — шифровальный.

В структуру СМЕРШ входили также политотдел, административно-финансово-хозяйственный отдел, отдел кадров и секретариат. Численность центрального аппарата составляла 646 человек. Для обеспечения оперативной работы, охраны мест дислокации, конвоирования и охраны арестованных из частей Красной Армии органам военной контрразведки СМЕРШ выделялись: для фронтового управления — батальон, для армейского отдела — рота, для отдела корпуса, дивизии и бригады — взвод.

СМЕРШ возглавил B.C. Абакумов, который подчинялся непосредственно Сталину (2).