13 февраля 1686 г., когда император Канси узнал о реальной ситуации в Якса, он немедленно разработал план ведения военных действий. В нем отмечалось: «Ныне лоча (имелись в виду русские войска) вернулись в Якса, укрепили крепость. Если не провести карательную экспедицию, то неизбежно придется накопить большие запасы продовольствия, а это сделать нелегко. Он приказал цзян-цзюню Сабсу пока приостановить переселение семей, как и запрашивалось ранее, построить суда, возглавив отряд офицеров и солдат из Ула и Нингуты, устремиться к Хэйлунцзяну, а до того решить вопрос с оставлением укрепленных гарнизонов из состава отборных войск, после чего повести отряд из 2000 солдат на Якса». Кроме того, он приказал хоу (князю) Лин Синчжу во главе с 400 воинами с лиановыми щитами из провинции Фузцянь выступить на подмогу военной операции, а племена солонов и дауров освободить от дани, чтобы они поддержали военную операцию живой силой.

24 февраля Толбузин послал Бэйтона во главе отряда из 300 казаков в район реки Кумары. Там они столкнулись с дозором цинских войск в 40 человек. В результате ожесточенной схватки 30 цинских солдат и 7 казаков погибли. Русские войска, воспользовавшись этим инцидентом, сожгли две деревни, забрали все продовольствие и имущество, увели с собой все местное население. Отсюда видно, что русские войска не только вероломно вновь захватили Якса, но и первыми начали войну.

В начале мая цинская армия во главе с Сабсу выступила из Айгуня на Якса двумя маршрутами — по реке и по суше. 28 мая оба отряда встретились в районе Чакэчжоу, на подступах к Якса. Сабсу послал Толбузину послание, в котором обвинил последнего в нарушении данного обещания, в новом вторжении в пределы китайских земель и потребовал от него вместе с русскими войсками вернуться на свою землю, пообещав, что в противном случае будет уничтожен. Толбузин не прислушался к предостережению и, напротив, выслал из города свой отряд с задачей атаковать цинские войска. Начиная с 4 июня цинские войска начали ожесточенно штурмовать город. Китайский отряд, действовавший с северной стороны под командованием Ланьтаня, обстреливал город из своих орудий. Отряды под командованием Яциня и Баньдалиша атаковали город с юга. Русские войска вышли из города для того, чтобы принять бой, и были разбиты. Фудутуны Вэньдай и Байкэ во главе отрядов фуцзяньских воинов с лиановыми щитами захватили небольшую высоту к югу от города. Русские войска, вновь вышедшие из города в атаку с целью снять блокаду, были сокрушительно разбиты в рукопашном бою и понесли серьезные потери. Чтобы надолго заблокировать русский гарнизон, Сабсу приказал с трех сторон выкопать рвы и возвести оборонительные укрепления и различные заграждения.

Чтобы перекрыть русским пути отхода или подхода к ним подкрепления, «с западной стороны города напротив реки расположился один отряд», а в 6—7 ли от города вверх по реке в заливе «расположился на судах другой отряд». Вдоль и западного, и восточного берегов реки была создана оборона. Сабсу доложил: «Я, вассал, во главе 2100 человек веду оборону, однако сил явно недостаточно». Император Канси немедленно приказал фудутуну Бодину во главе отряда из 200 офицеров и солдат выступить на подмогу, а уставших коней с передовой линии Сабсу отослать на пастбища к Хэйлунцзяну и в Мэргэнь.

Начиная с 14 июля обе стороны провели пять ожесточенных сражений. Толбузин после серьезного ранения осколком в ногу скончался, а на место военачальника встал Бэйтон. После того как о сложной ситуации в Якса узнал Власов, он послал на помощь отряд из 70 человек под командованием Лоншакова. Лоншаков на речных судах достиг устья реки Эрдокуньхэ, однако попал там в засаду, устроенную цинскими войсками. В поисках выхода, которым можно было бы воспользоваться, чтобы пробраться в Якса, он увидел, что цинские войска с суши и со стороны реки взяли гарнизон города в плотное кольцо и осуществить внезапные вылазки невозможно. В подавленном состоянии он вынужден был отступить в сторону Нерчинска. В связи с тем, что помощи не было, запасы продовольствия таяли, а впереди была суровая зима, русские войска испытывали жажду и холод, их моральный дух падал, они страдали от цинги. Население города с 826 человек упало до 150, а в конце концов в живых осталось лишь 66 человек. Трупы лежали горами, их не было возможности предавать земле.

Поскольку война за Якса была справедливой, она получила глубокую поддержку в сердцах населения и армии. Кроме того, цинское правительство применило стратегический курс «сначала ритуал, потом военная сила», который предусматривал: «накопить достаточно военного провианта, вечно охранять границы на Хэйлунцзяне, давить постоянно, создавая трудности для противника». В результате царская Россия дважды оказывалась на грани безвыходности в отношении Якса. Однако правительство царской России в то время из-за своей политики территориальной экспансии и угнетения народов оказалось в очень трудном положении внутри страны и за рубежом. Армия и материальные ресурсы Сибири были крайне скудны, они не могли оказать какой-либо эффективной помощи русскому гарнизону в Якса. Поэтому русский царь в сентябре 25-го года правления Канси (1686 г.) послал в Пекин миссию Венюкова. С одной стороны, пуская пыль в глаза, посылался большой отряд войск для помощи гарнизону Якса, с другой стороны, Венюков должен был уговорить цинское правительство приостановить блокаду Якса и заявить, что русский царь послал посла Головина в Пекин для проведения переговоров по пограничному размежеванию.

На самом деле последовательная позиция цинского правительства заключалась в том, чтобы посредством переговоров «размежевать границу, чтобы каждая сторона не перешла за свои пределы, чтобы местное население обеих пограничных территорий могло осесть там и не потерять намерения жить в вечной дружбе». И, несмотря на очередное вероломство царского правительства, Якса вновь была возвращена в руки цинских войск. Стоило только русскому правительству проявить желание пойти на переговоры, как цинское правительство сразу же приветствовало этот шаг. Канси немедленно открыто объявил: «Русский царь принял требования ритуала, обратился с просьбой снять блокаду Якса. Мы проявляем великодушие и не намерены устраивать в городе кровавую резню. В соответствии с этим приказом Сабсу должен вывести солдат из Якса, собрать всех в одном месте, собрать вместе боевые корабли. Кроме того, объявляется, что все лоча должны покинуть город, не должны безрассудно обороняться и должны действовать по указаниям русского посланника». Помимо этого, в Якса был послан конный отряд дворцовой стражи, чтобы передать приказ императора. Сабсу, получив зимой императорский приказ, немедленно приступил к его выполнению, предложив русскому гарнизону продовольствие и выразив намерение послать своих врачей для лечения больных. Затем он по собственной инициативе отвел свои войска на 20 ли от города, позволив русским войскам свободно выйти из города и установить контакт с русскими войсками из Нерчинска.

12 июля 26-го года правления Канси (1687 г.) монгольский тушету хан доложил Цинскому двору, что посланный для ведения переговоров русский посланник уже достиг подвластных ему земель. Канси немедленно приказал: «Сабсу должен возглавить отряд воинов и, воспользовавшись тем, что холода еще не наступили, двинуться в район Хэйлунцзян — Мэргэнь, отремонтировать и привести в порядок вооружение, дать отдых лошадям и дожидаться прихода зимы. В отношении важных пунктов по-прежнему вести тщательную разведку. Кроме того, о намерении русского посланника просить о мире и о выводе войск должны узнать лоча в самом Якса». Сабсу, получив приказ, начал действовать. Без всяких условий он снял блокаду Якса, создав благоприятные условия для проведения пограничных переговоров между Китаем и Россией. В результате этого было провозглашено окончание более чем двухлетней войны отпора у Якса.

7 сентября 1689 г. в результате длительных усилий китайской стороны, непрерывного преодоления препятствий и помех, чинимых русской стороной, китайско-русский «Нерчинский договор» был наконец-то официально подписан. Договор состоял в общей сложности из 6 статей и устанавливал размежевание двух сторон на восточном участке границы от Станового хребта до моря и рек Горбица и Аргунь. Договор юридически устанавливал, что весь обширный район бассейнов рек Хэйлунцзян и Уссури является китайской территорией. Одновременно царская Россия, воспользовавшись «Нерчинским договором», уступленный китайской стороной район к востоку от Байкала до Нерчинска включила в состав своей территории. Кроме того, бассейн реки Удихэ, который естественным образом должен был принадлежать Китаю, был определен как ожидающий своего размежевания. Помимо того, Россия получила множество серьезных торговых выгод.