Его дальнейшие планы турне, правда, были прерваны приглашением герцога Эмиля Леопольда Августа фон Заксен-Гота провести некоторое время при его дворе. Этот герцог, использовавший средства своего маленького государства на мирные цели вместо того, чтобы содержать армию, и поэтому названный Наполеоном самым интеллигентным из всех немецких князей, был особый малый. Он переписывался со многими поэтами и музыкантами, сам писал стихи и пытался переложить их на музыку. Он любил ошеломлять окружающих разными эксцентричными выходками, поэтому часто при дворе происходили сумасшедшие празднества, продолжавшиеся до утра. Таким образом, этот жизнерадостный и ценящий искусство герцог так втянул Вебера в водоворот музыкальных и общественных событий, что тот, наконец, полностью обессиленный, был счастлив сбежать в Веймар к Великой княгине Марии Павловой с ее уютной жизнью.

В суматохе музыкальной жизни в Готе впервые появились признаки расстройства здоровья, которые Карл Мария до этого не замечал. Уже в январе 1812 года он пожаловался в своем дневнике на сильные боли в груди, которые он принял, согласно тогдашней медицинской практике, за ревматические. «Вдруг чертовски заболел, сильное давление в груди, так что я должен был лечь в постель», — записал он в своем дневнике рядом со словами «странная слабость», а уже через 5 дней появляется другая запись: «Чертовская боль в груди — ревматизм». Эти признаки указывают на то, что начало его хронической легочной болезни, приведшей в конце концов к ранней смерти, относится именно к этому времени. Уже летом подобные жалобы, сопровождаемые сильными болями в правом бедре, повторились. Болезнь бедра доставляла ему немало хлопот с детства, но на этот раз она проявилась особенно сильно. «У меня появились сильные боли после ходьбы», — записал он в свой дневник с припиской, что теперь «начались боли в левом бедре», следовательно, болезнь перешла на левое, до сих пор здоровое, бедро. С 1812 года, когда началась схватка Вебера со смертельной болезнью, записи в дневнике о его страданиях становятся регулярными.

В веймарских салонах Карл Мария познакомился со стариком Кристофом Виландом, опера «Оберон» которого в английской обработке станет его последней. Виланд произвел на него очень большое впечатление: «Глубочайшее почтение и умиление должен испытывать всякий, кто соприкасается с ним». Веймарским королем поэзии Иоганном Вольфгангом фон Гете, который принял его с «абсолютной антипатией ко всей музыке», чрезвычайно холодно и безразлично, он был глубоко разочарован. Впечатление Вебера от этой встречи было соответственно сдержанным: «Странная вещь — близкое знакомство с великими. Этими героями надо восхищаться всегда издалека».

18 февраля Вебер и Берман поехали в Берлин, судьбоносный город для Карла Марии. Возмужавший, окрепший профессионально, он более уверенно вошел в новый мир прусской столицы. Быстро образовался круг друзей, который назывался «Вебергезеллен». Среди них самым преданным был Генрих Лихтенштейн, зоолог. Однако как художник в Берлине он столкнулся с очень сильной конкуренцией, и прежде всего, в лице своего тезки Бернгарда Ансельма Вебера, который вместе с Винченцо Ригини заведовал музыкальной частью в придворной опере и оказался самым ярым противником постановки оперы Вебера «Сильвана», хотя вначале под давлением общественности дал на это согласие. Между тем Карл Мария получил от Готтфрида Вебера известие, что его отец Франц Антон скончался 16 апреля 1812 года в возрасте 78 лет. В те дни Карл Мария признался в письме к Фридриху Рохлицу: «Вместе с письмом я получил известие о смерти моего дорогого отца и хотя был подготовлен к этому, учитывая его 78-летний возраст, меня это очень потрясло. Теперь я совсем один». Именно теперь, в эти беспокойные кочевые годы своей жизни в поисках обеспеченного бытия он должен был особенно остро ощущать утрату любви своего отца. Он записал в дневнике: «Пусть спит спокойно! Пошли ему, Господи, на том свете покой, которого здесь у него не было. Мне очень больно, что я не смог дать ему счастливую жизнь. Благослови его, Господи, за ту большую любовь, которую он ко мне испытывал, хотя я не заслужил это, и за воспитание, которое я получил».

Весной 1812 года Вебер познакомился также с Карлом Фридрихом Цельтером, единственным другом Гете, «с которым он был на „ты“», и единственным композитором, которого король поэтов уважал. Цельтер был основателем «Песенного общества» и директором Певческой академии, он обратил внимание Карла Марии на особую прелесть мужских хоров, хотя и относился к нему лично не очень дружелюбно. Вебер принял это с большим воодушевлением и создал «Turnierbankett», первую из многих хоровых песен, которые соединяли в себе патриотические чувства с явными национальными элементами. В шумной жизни, в кругу друзей «Лидертафель» и «Вебергезеллен» появился и прекрасный пол. Несмотря на почитание и нежную любовь, которую дарили ему женщины, Вебер оставался странно равнодушным, может быть из-за чувства некоторой слабости или же из-за своего не очень обеспеченного быта. Только так могут быть поняты его весьма скептические строки в дневнике: «Меня никогда не будут любить. Так как если появляется у кого-либо влечение ко мне, тут же возникает стремление расстаться, как с ее, так и с моей стороны». Его финансовое положение было отягощено тем, что после смерти отца, наряду с затратами на погребение, он должен был оплатить значительные долги Франца Антона. Это было, по-видимому, причиной, из-за которой Карл Мария осенью снова отправился «на службу» к герцогу Готскому, как бы тяжела она ни была. Когда его друзья вечером, перед отъездом в Готу, устроили небольшой праздник, он был, по воспоминаниям его друга Лихтенштейна, необычайно мрачным и унылым.

Однако пребывание в Берлине ему пошло на пользу, наряду с важными знакомствами в опере, в различных издательствах, занятиями мужскими хорами, исправлением и переработкой своей оперы «Сильвана», он еще занимался клавирной музыкой, которой был особенно увлечен в эти годы; здесь он своей первой большой сонатой C-Dur действительно ступил на новую почву. С этим направляющим произведением родился новый способ виртуозной игры на фортепьяно, который для всего XIX века станет определяющим и который продолжат и завершат Шопен, Шуман и Лист. То же самое относится к его второму клавирному концерту Es-Dur op. 32, адажио которого принадлежит к лучшим медленным пассажам Вебера, и который он впервые исполнил 17 декабря в Готе. Трудностей с правой рукой, казалось, для Вебера не существовало, так как он писал: «Это был фурор и прошло excellent, и играл я совсем неплохо».

В январе 1813 года он решил отправиться в большое турне на юг, с тоской вспоминая прекрасное время в Берлине. «Все мне кажется сном: что я уехал из Берлина и оставил все, что мне стало дорогим и близким. Я еще не верю в то, что это надолго, что я расстаюсь с вами», — писал он в письме своему другу Генриху Лихтенштейну. Вебер не мог знать, что его поездка на юг закончится уже через несколько дней.

Когда Вебер 12 января 1813 года прибыл в Прагу, Генсбахер огорошил его новостью, что директор театра Либих хочет предложить ему освободившееся место музыкального директора. Так как он не представлял для себя ничего лучшего, чем реализовать свои идеи в музыкальном театре Праги, в то же время у него появилась единственная возможность окончательно избавиться от долгов в Штутгарте, и он с радостью принял это предложение. С большим воодушевлением он принялся за осуществление соответствующих реформ. Эти планы реорганизации оперы отнимали у него в последующие годы так много времени, что его не оставалось на творческую работу; поэтому его сын Макс Мария назвал эти годы с 1813 до 1817 «ярмом» своего отца.

Так как он от Либиха получил неограниченные полномочия для составления хорошего оркестра и работоспособного ансамбля, он незамедлительно отправился в Вену, где надеялся найти лучшие силы. К сожалению, вскоре состояние здоровья Вебера ухудшилось. Он чувствовал себя «очень больным», и у него была «сильная желчная лихорадка». Примерно так описал это состояние Макс Мария, в то время как в дневнике Вебера есть лишь пометка «болит горло». Он прервал свою весеннюю поездку после неудачного утреннего концерта в венском редутензале — он перед выступлением только что встал с постели. После того как Вебер приехал в Прагу, случайно пришедший к нему на квартиру граф Пахта нашел его в бессознательном состоянии. Граф немедленно приказал перенести его на носилках в свой дом, где трогательно заботился о нем. Прошло несколько недель, прежде чем Вебер немного поправился. От 23 мая в дневнике есть запись: «В первый раз встал с постели», но еще долгие месяцы его мучили головные боли. Лечил его доктор Юнг, скрипач-дилетант, с которым Карл Мария охотно музицировал. Две выдержки из писем этого времени указывают на то, что вероятно это заболевание дало резкий толчок развитию хронической болезни. Он писал Лихтенштейну: «Из-за дурацкой болезни мне было запрещено читать и писать», а своему другу Готтфриду Веберу сообщал: «что мое здоровье после болезни в мае 1813 года пошатнулось, и я недавно несколько недель снова не выходил из комнаты». Выражение «пошатнувшееся здоровье» говорит, по-видимому, о том, что улучшения чередовались с ухудшением состояния здоровья. Эти острые вспышки тлеющей хронической болезни действительно уже никогда не прекращались. Едва немного поправившись, он, не щадя себя, снова набрасывался на работу. Его рабочий день продолжался с 6 утра до полуночи. Как в свое время в Бреслау, он и здесь установил точный распорядок, выполнение которого на этот раз сумел осуществить, несмотря на сопротивление мятежного оркестра. Он был в театре все время, лично беспокоился о каждой детали, почему и не поехал на лечение в Эгер: «Чтобы укрепить свое здоровье, я должен бы поехать в Эгер на четыре недели, но не могу, так как наплыв дел, не терпящих ни минуты отлагательств, слишком велик».