С июня по ноябрь 1918 года в Сибири не наблюдалось активного противостояния между большевистским подпольем и белогвардейской контрразведкой. Правда, в кратком отчете о деятельности военного контроля штаба Сибирской армии с 20 июня 1918 года по 31 января 1919 года говорится об аресте 295 видных деятелей советской власти [321] .

Пассивность борьбы, по всей вероятности, связана с накоплением сил: потерпевшие поражение большевики создавали и укрупняли подпольные организации, а пришедшие к власти белогвардейцы — органы государственного управления, вооруженные силы и спецслужбы.

Активное противоборство между ними началось в конце осени 1918 года. По всей видимости, причиной тому послужил приход к власти адмирала А.В. Колчака, взявшего курс на установление военной диктатуры, а также активизация большевистского подполья после прошедшей 22–23 ноября 1918 года в Томске II Сибирской партийной конференции, которая, сохраняя ориентацию на общесибирское восстание, высказалась за организацию местных вооруженных выступлений.

Для целенаправленного руководства нелегальной подрывной деятельностью 17 декабря 1918 года ЦК РКП(б) создал при Реввоенсовете 5-й армии Восточного фронта Сибирское бюро РКП(б) с центром в Уфе (затем оно переехало в Омск) и поставил перед ним задачу «организовать революционную агитацию на территории Сибири» [322] . Помимо агитаторов большевики направляли сюда агентов для проведения диверсий на железных дорогах [323] .

Наиболее ожесточенная борьба между большевистским подпольем и колчаковской контрразведкой по вполне понятным причинам развернулась в сибирской столице — Омске.

Выполняя решения II Сибирской партийной конференции, Омский подпольный обком решил поднять 22 декабря 1918 года вооруженное восстание. По плану город был разделен на четыре района, во главе каждого из них стоял руководитель, определены явочные квартиры и способы связи между ними. После захвата Омска военно-революционный штаб предполагал создать армию и наступать в восточном направлении — на Новониколаевск и шахтерские районы Восточной Сибири.

Советский историк М.И. Стишов пишет, что в процессе подготовки восстания в «отдельные звенья боевых организаций партии проникли провокаторы», которые «нанесли внезапный удар в спину руководству восстания, ликвидировав его по существу в самом начале». В ночь с 21 на 22 декабря на одну из квартир, где собралось более 40 рабочих для получения последних указаний, прокрался солдат Новониколаевского полка Волков и сумел затем предупредить контрразведку. За два часа до выступления все находившиеся в квартире командиры были арестованы [324] . Восстание подавили казачьи части с помощью англичан и чехов.

По признанию генерал-майора В.А. Бабушкина, «вооруженное выступление, имевшее место в ночь на 22 декабря, могло бы принять громадные размеры, если бы омский центральный военный штаб, получив уведомление об аресте контрразведкой штаба 2-го района… не отдал бы распоряжение о приостановке дальнейших действий» [325] .

По официальным данным, в результате подавления восстания в Омске было убито 133 человека и 49 расстреляно по приговору военно-полевого суда, были осуждены на длительное тюремное заключение и приговорены к каторжным работам 13 повстанцев. Исследователь П.А. Голуб пишет, что в действительности жертв было не менее 900 человек, в том числе около 100 видных партийных работников [326] . Историк А. А. Рец, ссылаясь на данные подпольных организаций, пишет о гибели более 1500 повстанцев [327] .

Оставшиеся на свободе руководители Сибирского обкома и Омского горкома 23 декабря провели совместное заседание, на котором приняли решение 1 февраля поднять в городе второе вооруженное восстание.

К концу января ЦОВК стали известны планы большевиков и время проведения восстания, а также силы, на поддержку которых они рассчитывали. Полковник Н.П. Злобин распорядился произвести обыски у причастных к организации железнодорожных рабочих [328] .

1 февраля группы боевиков ворвались в казармы 51-го и 52-го стрелковых полков, но солдаты заняли пассивно-выжидательную позицию и не поддержали инициаторов восстания. Куломзинские рабочие в количестве 150 человек были остановлены правительственными отрядами. В городе начались обыски и аресты. В ходе допросов некоторые подпольщики назвали имена сообщников. Таким образом, контрразведка вышла на руководителей комитетов. Всего ей удалось арестовать около 100 членов партии. 8 февраля более 10 человек были расстреляны, другие получили различные сроки каторги [329] .

В конце февраля осведомительный отдел Главного штаба располагал сведениями о намерении большевиков, потерпевших неудачи в организации массовых выступлений, перейти к единичным террористическими актам в отношении наиболее активных деятелей колчаковского правительства, а также к диверсионной деятельности — уничтожению складов военного имущества и боеприпасов, фабрик и заводов [330] .

В марте в отдел контрразведки и военного контроля стали поступать данные о происходивших в большевистских кругах крупных разногласиях, результатом которых стало образование самостоятельной группы, состоявшей из лиц латышской национальности. Ее основной задачей являлась активная борьба с существующей властью, для чего ими усиленно скупалось оружие, организовывались боевые отряды в уездах и т. д. К выявлению лиц, состоявших в подрывной группе, были приняты соответствующие меры, но ввиду особой конспирации и осторожности контрразведке никого обнаружить не удалось [331] .

Несмотря на провалы, большевики в режиме строжайшей конспирации 20–21 марта 1919 года провели в Омске III партийную конференцию, в работе которой принимали участие около 20 представителей из различных городов Сибири и Дальнего Востока. Однако колчаковским органам безопасности через внедренного агента удалось установить руководителей и партийных работников организации, хозяев явочных квартир, пароли, инструкции парткомам, штабам, партизанским отрядам, а главное — узнать о принятой резолюции, согласно которой большевики планировали направить разворачивавшуюся партизанскую войну в Сибири на отвлечение максимального количества белогвардейских вооруженных сил от фронта.