В 1847 г. писатель издал «Выбранные места из переписки с друзьями» — книгу, которой он придавал большое значение и считал важной вехой своего творчества. Белинский, ранее благосклонный к писателю, подверг этот труд уничтожающей критике, осудив его религиозно-мистические идеи и усомнившись в душевном здоровье автора. Над Гоголем желчно издевался Достоевский, сделав его прототипом карикатурного Фомы Опискина, персонажа повести «Село Степанчиково и его обитатели». Вяземский отозвался о книге: «Перед нами был остроумный, забавный, хотя иногда и безжалостный рассказчик. Мы заслушивались его с веселостью и вниманием. Вдруг ни с того ни с другого, так сказать, не прерывая речи, заговорил он совсем другое. Вышло по пословице: начал за здравие, а свел на упокой. Многим не верится, что перед ними тот же человек, что слышат они тот же знакомый и любимый голос». «Выбранные места» пришлись по душе лишь Л. Н. Толстому с его склонностью к мессианству и религиозностью: «Какая удивительная вещь! Пошлые люди не поняли, и сорок лет лежит под спудом наш Паскаль».

Публикация «Выбранных мест» стала скандалом. Во-первых, вся она была проникнута назидательным духом — Гоголь давал советы, как обустроить Россию. Во-вторых, публикация писем предварялась обширным завещанием Гоголя, который собирался умереть еще в 1845 году. Завещание начиналось с настоятельной просьбы перед похоронами убедиться в том, что Гоголь действительно умер, а не впал в летаргию.

Это, на первый взгляд, странное беспокойство объяснялось не только необычайной мнительностью писателя, но и тем, что он нередко впадал в странное оцепенение. В эти моменты у него замедлялось дыхание, почти не было пульса, руки и ноги холодели, что пугало Гоголя возможностью быть похороненным заживо из-за невнимательности окружающих.

В 1845 г. Гоголь уже совсем приготовился к смерти и даже написал протоиерею И. Базарову записку с просьбой немедленно приехать и соборовать его. Писатель жаловался своему другу, поэту Языкову: «Я худею теперь и истаиваю не по дням, а по часам; руки мои уже не согреваются вовсе и находятся в водянисто-опухлом состоянии». А вот письмо графу А. Толстому, в доме которого он проведет последние дни жизни: «Признаки болезни моей меня сильно устрашили: сверх исхудания необыкновенного — боли во всем теле. Тело мое дошло до страшных охладеваний; ни днем, ни ночью я ничем не мог согреться. Лицо мое пожелтело, а руки распухли и почернели и были ничем не согреваемый лед, так что прикосновение их ко мне меня пугало самого».

Его странная болезнь совпала с глубоким кризисом: «Бог отъял на долгое время от меня способность творить. Я мучил себя, насиловал писать, страдал тяжким страданием, видя бессилие свое, и несколько раз уже причинял себе болезнь таким принуждением, и ничего не мог сделать, и все выходило принужденно и дурно. И много, много раз тоска и даже чуть-чуть не отчаяние овладевали мною от этой причины».

В это время религиозность Гоголя приобретает почти болезненные формы, он «был в каком-то расстройстве, которое приняло характер религиозного помешательства». Можно себе представить состояние Гоголя, если учесть, что слова о помешательстве принадлежат вождю славянофилов и православному богослову Хомякову. В религиозности Николая Гоголя видели нечто, не присущее православному человеку. Поговаривали, что писатель в восторге от католичества. Николай Гоголь объяснял своему другу Степану Шевыреву, что «пришел ко Христу скорее протестантским, чем католическим путем. <.> Я встретился со Христом, изумясь в нем прежде мудрости человеческой и неслыханному дотоле знанью души, а потом уже поклонясь божеству его».

В апреле 1848 г. Гоголь совершает путешествие в Иерусалим, к Гробу Господню.

В мае 1851 г. Гоголь посетил Васильевку и последний раз встретился с матерью, которая долго не отпускала сына. Осенью 1851 г. писатель навсегда покинул Полтавщину и вернулся в Москву. В доме Талызина в квартире графа Александра Толстого он будет доживать последние месяцы жизни, продолжая работу над вторым томом «Мертвых душ», который считается его последним произведением (на самом деле последний труд Гоголя — «Размышления о Божественной литургии»).

Дата завершения второго тома приблизительно известна со слов Л. Арнольди: «В последний раз я был у Гоголя в новый год; он был немного грустен, расспрашивал меня очень долго о здоровье сестры, говорил, что имеет намерение ехать в Петербург, когда окончится новое издание его сочинений и когда выйдет в свет второй том «Мертвых душ», который, по его словам, был совершенно окончен».

Однако С. Аксаков писал: «В самое последнее свидание с моей женой Гоголь сказал, что он не будет печатать второго тома, что в нем все никуда не годится и что надо всё переделывать». Другой близкий Гоголю человек, Ю. Самарин, слышавший в авторском исполнении две первые главы второго тома, высказался более категорично: «Я глубоко убежден, что Гоголь умер оттого, что он сознавал про себя, насколько его второй том ниже первого». Когда Гоголь читал рукопись Самарину и Шевыреву, то, закончив, обратился к ним с вопросом: «Скажите по совести только одно — не хуже первой части?» Ему не ответили. «Мы переглянулись, и ни у него ни у меня не достало духу сказать ему, что мы оба думали и чувствовали».

Однако ничто не предвещало драмы. Гоголь жаловался на слабость и расстройство нервов, но в целом был довольно бодр, деятелен и не чуждался житейских радостей. Доктор А. Т. Тарасенков 25 января 1852 года писал: «Перед обедом он выпил полынной водки, похвалил ее; потом с удовольствием закусывал и после этого сделался подобрее, перестал ежиться; за обедом прилежно ел и стал разговорчивее».

Состояние Гоголя изменилось 26 января 1852 года. Ухудшению предшествовала смерть E. М. Хомяковой, близкого друга писателя. Ее неожиданная кончина и похороны повлияли на психическое состояние писателя. Он уединился, перестал принимать посетителей, исступленно молился и почти ничего не ел. Священник, к которому Гоголь обратился 7 февраля с просьбой исповедать его, заметил, что писатель еле держится на ногах. Слуга потом говорил, что Гоголь двое суток провел на коленях у иконы и в это время ничего не ел и не пил.

Гоголь уверовал в свою греховность, утверждая, что в его произведениях имелись места, дурно влияющие на нравственность читателей. Эти мысли стали особо значимыми после беседы с Ржевским протоиреем Матвеем Константиновским, обладавшим, по словам В. Набокова, «красноречием Иоанна Златоуста при самом темном средневековом изуверстве». Святой отец пугал Гоголя картинами Страшного суда и призывал к покаянию перед лицом смерти, что усиливало нервное возбуждение писателя и ускорило его смерть. Собственно, рукопись «Мертвых душ» Гоголь сжег по наущению протоиерея.