Davids W., and Z. Zhang. (2008) The Impact of Horizontal Gene Transfer in Shaping Operons and Protein Interaction Networks – Direct Evidence of Preferential Attachment. BMC // Evolutionary Biology 8: 23.

Количественное изучение скорости ГПГ между генами ядра и оболочки у бактерий. Гены оболочки, в частности, вовлеченные в систему клеточной защиты, имеют более высокую скорость ГПГ.

Doolittle, W. F. (1999) Lateral Genomics // Trends in Cell Biology 9: M5—8.

Ранняя дискуссия о вкладе ГПГ в концепцию древа жизни.

Doolittle, W. F., and O. Zhaxybayeva. (2009) On the Origin of Prokaryotic Species // Genome Research 19: 744–756.

Концептуальное обсуждение прокариотических видов с акцентом на многоликость эволюционных процессов у архей и бактерий, приводящих к различным формам объединений организмов, некоторые из которых похожи на формирование видов у эукариот, а другие нет.

Frost, L. S., R. Leplae, A. O. Summers, and A. Toussaint. (2005) Mobile Genetic Elements: The Agents of Open Source Evolution // Nature Reviews Microbiology 3: 722–732.

Обзор влияния мобильных элементов на эволюцию.

Gogarten, J. P., and J. P. Townsend. (2005) Horizontal Gene Transfer, Genome Innovation and Evolution. Nature Reviews Microbiology 3: 679–687.

Обзор, демонстрирующий ключевую роль ГПГ в эволюции, по крайней мере в мире прокариот.

Jain, R., M. C. Rivera, and J. A. Lake. (1999) Horizontal Gene Transfer Among Genomes: The Complexity Hypothesis // Proceedings of the National Academy of Sciences USA 96: 3,801—3,806.

Ключевое исследование, представляющее гипотезу, что гены, вовлеченные в многочисленные взаимодействия (комплексы), менее склонны к ГПГ, чем гены, имеющие незначительное число партнеров.

Koonin, E. V., and Y. I. Wolf. (2008) Genomics of Bacteria and Archaea: The Emerging Dynamic View of the Prokaryotic World // Nucleic Acids Research 36: 6,688—6,719.

Обширный концептуальный обзор эволюции прокариот, с акцентом на динамичный характер эволюции, вызванный ГПГ, заменой неортологичными генами, утратой генов, специфичной для линии организмов, и активностью мобильных элементов. Обсуждается состоящая из трех частей вселенная генов прокариот.

Lapierre, P., and J. P. Gogarten. (2009) Estimating the Size of the Bacterial Pan-Genome // Trends in Genetics 25: 107–110.

Попытка оценить размер содержимого пангенома на основе похожей на описанную в предыдущей статье модели распространения генов среди прокариот.

Lawrence, J. (1999) Selfish Operons: The Evolutionary Impact of Gene Clustering in Prokaryotes and Eukaryotes // Current Opinion in Genetics & Development 9(6): 642–648.

Обзор данных в поддержку гипотезы «эгоистичного оперона», утверждающей, что опероны поддерживаются больше за счет ГПГ, чем из-за преимуществ совместной регуляции и экспрессии генов.

Sapp, J. (2005) The Prokaryote – Eukaryote Dichotomy: Meanings and Mythology // Microbiology and Molecular Biology Reviews 69: 292–305.

Исторический анализ революции Вёзе и неадекватность концепции прокариот.

Woese, C. R. (1994) There Must Be a Prokaryote Somewhere: Microbiology’s Search for Itself // Microbiology Reviews 58: 1–9.

Блестящее обсуждение «революции Вёзе» в (микро)биологии самим архитектором этой революции. Акцент сделан на «несвязность» прокариот и взаимоотношения между археями и эукариотами.

Концепция древа жизни (ДЖ) в ее современном значении была впервые представлена Дарвином в его записных книжках еще в 1838 году. Двадцатью годами позже Дарвин запечатлел ее в одной-единственной иллюстрации к «Происхождению видов…». Конечно же не ему принадлежит идея изображения генетических взаимоотношений в форме дерева. Деревья столетиями использовались для изображения родословных, таких как настоящие истории семей (королевских, к примеру). Тем не менее именно Дарвину принадлежит плодотворная идея о том, что различные виды связаны между собой древом, причем листья соответствуют существующим в настоящее время видам, а внутренние вершины [57] – вымершим, предковым формам. Более того, Дарвин сформулировал радикальную гипотезу о том, что в конечном счете вся история жизни может быть представлена в виде одного гигантского древа.