Аннетт с радостью согласилась. Влюбленные решили тайно обвенчаться. После этого Мэтью должен был тайно доставить Аннетт на борт «Исследователя».

Венчание состоялось в Линкольншире в пятницу 17 апреля, а в понедельник молодожены были в Лондоне. Теперь Флиндерс страстно желал как можно скорее уйти в море. Но этого нельзя было сделать до получения от французского правительства специального документа, своего рода охранной грамоты. Выдавалась она лишь кораблям, осуществлявшим плавания с мирными целями, чтобы обезопасить их в период войны.

Впервые такой документ был получен британским правительством при посредстве американского посла во Франции Б. Франклина от французского правительства для Дж. Кука, что позволило последнему беспрепятственно заниматься исследованиями в Тихом океане. 13 июня 1800 г, британское правительство выдало соответствующий документ Николасу Бодену.

20 марта 1801 г. Адмиралтейство обратилось в министерство иностранных дел Великобритании с просьбой получить у французского правительства охранный документ для Флиндерса. Министерство ответило, что оно сделает это не теряя времени. Однако запрос был послан через месяц, а документ получен лишь 23 июня 1801 г. За это время Флиндерс пережил много неприятностей, которые чуть было не привели к концу его морскую карьеру.

Через несколько недель после того, как Флиндерс поселил Аннетт на «Исследователе», на корабль неожиданно прибыла инспекция из Адмиралтейства. Инспекторы, как было потом записано в акте, «обнаружили в каюте капитана женщину без шляпки», что они расценили «как весьма откровенное свидетельство того, что это был ее дом».

Лорды Адмиралтейства категорически потребовала удалить Аннетт с корабля. Флиндерс был предупрежден, что, если в Адмиралтействе станет известно, что Аннетт «оказалась в Новом Южном Уэльсе, его немедленно отстранят от командования кораблем».

«Это правда, что у меня было намерение взять миссис Флиндерс в Сидней, — писал Флиндерс в своем ответе Адмиралтейству, — и оставить ее там, пока я не добьюсь цели, поставленной перед экспедицией. Отправляясь домой, я предполагал снова взять ее на корабль. Адмиралтейство, вероятно, предположило, что я собирался держать ее на борту корабля во время экспедиции, но это не так». Флиндерс надеялся своим признанием смягчить лордов Адмиралтейства и добиться, что бы Аннетт разрешили сопровождать его в плавании. Он просил Бэнкса помочь ему убедить лордов. Но все было тщетно. Аннетт должна была остаться в Англии. От пережитых волнений Аннетт расхворалась и оставалась в Лондоне до начала июля, затем она вернулась к родителям в Линкольншир. Флиндерс очень страдал. В письме к жене, написанном в самом конце июня, он горько сетовал: «Могу ли я, живя без тебя, быть счастливым? Конечно, нет». Дни тянулись тоскливо.

17 июля Флиндерс получил наконец пакет из Адмиралтейства. В нем находились инструкции относительно предстоящего плавания, разрешение французского правительства, списки материалов и инструментов, переданных Флиндерсу, а также указание губернатору Нового Южного Уэльса выделить в распоряжение руководителя экспедиции в качестве сопровождающего судна находившийся там корабль «Леди Нельсон». Этот бриг водоизмещением в 60 тонн имел небольшую осадку и мог быть использован при исследовании заливов и рек. Кстати сказать, бриг «Леди Нельсон», покинувший Англию в начале, 1800.г., был первым судном, которое прошло в Новый Южный Уэльс через Бассов пролив.

Адмиралтейство опасалось, что Флиндерс может встретиться с экспедицией Николаса Бодена у австралийских берегов и начать бой. Поэтому в случае встречи с французскими кораблями Флиндерсу предписывалось действовать так, как «если бы между двумя странами не было состояния войны».

В связи с этим следует сказать несколько слов о французской экспедиции и о самом Николасе Бодене. Последний родился во Франции в 1750 г., большую часть своей морской службы провел, плавая на торговых судах. В 1786 г. он был зачислен лейтенантом во французский военно-морской флот. Боден плавал в Вест-Индию, и Китай, Малайю и к мысу Доброй Надежды.

Он имел репутацию опытного навигатора. Поэтому, когда в 1798.г. французские ученые предложили Наполеону, занимавшему в то время пост первого консула, послать экспедицию в Новую Голландию, ее командиром пыл назначен Боден.

Для экспедиции было выделено два тридцатипушечных корвета — «Географ» и «Натуралист». Первым командовал сам Боден, вторым — Эммануэль Гамелен.

И хотя экспедиция готовилась очень тщательно, проходила она неудачно. Плавание к острову Маврикий продолжалось 145 дней. Дисциплина на кораблях была очень низкой. Дезертировало 50 человек, в том числе 10 из научного персонала экспедиции. Сорок дней Боден простоял у Маврикия, а когда 25 апреля 1801 г. вышел в плавание, австралийская зима была в разгаре. Поскольку у южного побережья пятого континента бушевали бури, Боден, плывя на север, начал изучение западного берега Новой Голландии. 30 мая «Географ» бросил якорь в месте, где сейчас расположен город Басселтон. Здесь Боден потерял из виду «Натуралиста» и решил на одном корабле плыть на север, делая зарисовки побережья. От мыса Левек «Географ» повернул к Тимору, где встретился с «Натуралистом». От Тимора Боден направился к Земле Ван Димена, плывя вдоль западного побережья Новой Голландии на юг. У входа в Бассов пролив сильный шторм опять разъединил французские корабли. «Натуралист» пошел в Сидней, а «Географ» продолжил исследования берегов Бассова пролива. Был уже апрель 1802 г.

Флиндерс начал плавание 18 июля 1801 г. Перед самым уходом в море он особенно сильно страдал от разлуки с Аннетт. «Философская невозмутимость, которую я изображал перед тобой, — писал Мэтью Флиндерс Аннетт, — покинула меня, и я чувствую себя так же нелепо в разлуке с тобой, как одно лезвие ножниц, отделенное от другого». Другое письмо, посланное Аннетт за несколько дней до отплытия, было бодрее: «Теперь уж скоро я уйду из Англии, и каждый прожитый день будет приближать время моего возвращения. Оставайся уверенной, моя дорогая, в пылкости и неизменности чувств твоего Мэтью Флиндерса, любящего тебя безмерно».