Молодая, привыкшая к роскоши и развлечениям королева оказалась в бедной суровой стране, где все для нее было чужим. Она была вынуждена подчиниться обстоятельствам и назначила первым министром своего сводного брата, незаконнорожденного сына Якова V, протестанта графа Меррея.

Последующие три года в стране фактически правил Меррей. Королева лишь председательствовала. Как будто бы наладились и отношения с Елизаветой. Королевы стали обмениваться письмами и подарками. К сожалению, Мария, в отличие от Елизаветы, не была дальновидным политиком. Она была капризна и честолюбива. Шотландской короны королеве было мало. Она с удовольствием сменила бы ее на корону другого, богатого и сильного, королевства. Поэтому очень скоро перешла на сторону католической партии, вступив в союз со своими родственниками во Франции де Гизами.

Союз католических стран в то время фактически возглавляла Испания и Папа Римский. Некоторое время между шотландским и испанским дворами шли переговоры о возможном браке между Марией и наследником испанского престола доном Карлосом. Однако Карлос медлил с ответом, а Елизавета между тем всячески стремилась помешать этому браку. Она отлично понимала, что такое замужество усилит позиции католицизма в Шотландии. Она допускала и возобновление притязаний Марии Стюарт на английский престол в этом случае. Поэтому королева Англии сама решила подыскать жениха «любимой сестре», как в письмах она называла Марию.

Первой кандидатурой стал Роберт Дадли. Трудно сказать, почему Елизавета решилась предложить этот скандальный вариант. Дадли не принадлежал к королевскому роду. Он был обыкновенным дворянином, которого срочно возвели в ранг графа Лестерского, к тому же Дадли слыл любовником Елизаветы. Стюарт с возмущением отказалась.

В это время в Шотландии находился один из английских принцев крови — Fенри Дарили, который по материнской линии был правнуком Генриха VII, то есть кузеном Марии, и к тому же католиком. Дарили был молод, красив, прекрасно держался в седле и танцевал. Жених, правда, не отличался умом, но шотландская королева страстно влюбилась. Против этого брака выступил Меррей. Он понимал, что этот союз означал реставрацию католицизма в Шотландии. Сильно встревожилась и Елизавета. Она приказала Дарили вернуться в Англию, пригрозив конфисковать все земли его отца. Но тот не послушался. Тогда Елизавета предложила Марии сделку. Она выразила готовность признать права Марии Стюарт на английский престол в случае своей смерти, если та откажется от брака. Но для влюбленной женщины трон Англии уже не имел цены. Ранним утром 29 июля 1565 года венчание состоялось.

Тогда Елизавета решила организовать в Шотландии мятеж. Она не жалела денег для подкупов. Однако мятежные бароны в конце концов покорились своей государыне, а Меррей был вынужден бежать в Англию.

Но брак Марии оказался очень неудачным. Когда очарование первых месяцев замужества прошло, королева увидела рядом с собой тщеславного юнца, глупого и заносчивого, который сорил деньгами и упивался обретенной властью. Тогда Мария лишила мужа всех привилегий и перестала приглашать на заседания государственного совета. Супружеские отношения тоже были прерваны. Как только Мария узнала, что беременна, она отказала Дарили в супружеской близости, якобы для того, чтобы не навредить ребенку.

Дарили был в ярости. Его только поманили властью и теперь отбросили, как ненужную вещь. Он везде и всюду жаловался вельможам на королеву и в конце концов произошло невозможное — он согласился возглавить заговор против своей жены, королевы шотландской.

Особенную ненависть у вельмож-протестантов вызывал личный секретарь королевы пьемонтец Риччо. Бывший певчий, он за свою верную службу удостоился покровительства и дружбы королевы. А протестанты считали его папским агентом и хотели уничтожить. Муж королевы согласился возглавить заговор с целью устранения Риччо, заранее даровав убийцам свое прощение, о чем они и заключили письменное соглашение, так называемый бонд.

9 марта 1566 года вечером во время ужина в королевских покоях, куда ворвались заговорщики, они убили Риччо, а королеву фактически посадили под домашний арест — заперли в спальне и даже не допускали к ней ее слуг. Мария Стюарт решила действовать хитростью: она прикинулась испуганной и умоляла супруга помочь ей. Слабохарактерный и недалекий Дарили согласился обмануть своих недавних сообщников и вместе с королевой бежал из замка Холируд. Оказавшись на воле, Мария поклялась отомстить.

Первым делом она объявила народу, что Дарили не причастен к заговору и внешне изменила свое отношение к мужу. Супруги вернулись в Холируд в полном согласии. 19 июня 1566 года у них родился сын, будущий король Англии Иаков I. Елизавета поздравила родителей и на крестины подарила новорожденному золотую купель, украшенную драгоценными камнями.

Королева Мария очень изменилась. Несмотря на счастливое разрешение от бремени, она была мрачна и часто плакала. Она снова влюбилась. Ее избранником на сей раз стал верховный адмирал и главнокомандующий вооруженными силами Шотландии Джеймс Хепберн, граф Босвел. Это был сильный и смелый воин авантюрного склада. Хотя Босвел был женат, а Мария Стюарт замужем, все равно они стали любовниками. Однако Босвел вскоре охладел к королеве. Она понимала: единственное, чем она может привязать его к себе, это корона Шотландии. Она могла сделать его королем. Конечно, королева могла развестись с мужем, но это плохо отразилось бы на ее сыне, его стали бы считать незаконнорожденным. И, по-видимому, Мария решилась на преступление. В стремлении избавиться от никчемного короля ее поддерживали многие лорды.

В это время Дарили, который как будто бы что-то предчувствовал, уехал в свой родовой замок, где перенес оспу. Мария поехала за ним и уговорила вернуться в Холируд — она сама заманила его в ловушку. Но Дарили отвезли не в королевский замок, а поместили в небольшом одиноко стоящем доме за городской стеной Эдинбурга, так как якобы опасались распространения оспы. Мария часто навещала мужа. 9 февраля она как обычно появилась в домике, но вскоре ушла, так как спешила в замок на свадьбу слуг. А в два часа ночи страшный взрыв разнес в щепки дом, где находился король и его слуги. Их трупы нашли в саду; поговаривали, что их задушили.