25 октября 2003 года в Новосибирском аэропорту Михаил Ходорковский был арестован, а вслед за ним и его ближайшие партнеры по бизнесу — Платон Лебедев, Андрей Крайнов и Светлана Бахмина.

У «ЮКОСа» еще есть возможность договориться с государством — так расценил рынок слова президента Путина о том, что правительство не заинтересовано в банкротстве такой компании, как «ЮКОС». Слова эти были произнесены сразу после того, как менеджмент «ЮКОСа» выкинул белый флаг — послал Фрадкову письмо, в котором предлагал погасить 3 млрд долларов долгов компании путем передачи государству части пакета акций Ходорковского. После этого рынок акций «ЮКОСа» побил все рекорды роста. А между тем шансы договориться были ничтожны.

В ходе разбирательства следствие установило, что «в течение 2000–2003 годов некоторые руководители и сотрудники НК «ЮКОС» похитили и легализовали путем вывода за рубеж денежные средства в размере около 7 млрд долларов США. Следствием выявлены схемы, разработанные для хищения выручки от добычи нефти и последующей ее легализации путем выплаты дивидендов подставным фирмам, зарегистрированным в ряде зарубежных стран», — говорится в сообщении Генпрокуратуры. Прокуроры также утверждают, что «для этих операций были привлечены различные лица, в том числе адвокаты, сотрудники различных коммерческих структур и банков». Это подтвердили и обыски в компании «Фаргойл», «дочках “ЮКОСа”». По мнению следователей, они продавали нефть по трансфертным ценам на экспорт, вырученные деньги перечислялись в офшоры, а оттуда выплачивались в виде вознаграждения топ-менеджерам «ЮКОСа» за консультационные услуги.

Существуют три (не противоречащие друг другу) версии активизации действий правоохранительных органов в отношении «ЮКОСа». Первая заключается в том, что российские власти стремились добраться до находящихся на Западе денег «ЮКОСа». Напомним, что ранее по их требованию уже были арестованы имеющие прямое отношение к компании банковские счета в Швейцарии, но затем они были разблокированы по решению судебных органов этой страны. Вторая версия — стремление как можно скорее завершить процесс передела активов «ЮКОСа». Третья версия — политическая. Она основана на том, что одним из основных объектов «внимания» правоохранителей стала именно «Открытая Россия». Александр Осовцов, директор программ «Открытой России», объясняет обыски в этой организации тем, что «сегодняшние российские власти не хотят позволить Михаилу Ходорковскому заниматься любого рода общественной деятельностью и проявлять свою гражданскую позицию. Давление на Фонд идет уже давно, в частности директора его филиалов в Воронеже и Красноярске проходят свидетелями по делу Ходорковского — Лебедева».

Процессы в Басманном, Мещанском и Московском городском судах и сопровождавшие их мероприятия были далеки от понятия законности и справедливости и напрямую координировались политическим руководством страны. Александр Темерко, бывший старший вице-президент «ЮКОСа» говорит: «Кремль ставил перед собой задачу провести показательные процессы и выполнил ее на все 100 процентов. Показательный процесс может сыграть действительно устрашающую роль только при одном условии: если тем, кому непосредственно адресован его устрашающий эффект, будет совершенно очевидно, что в основе этого процесса лежит полное беззаконие. Бизнесу, который в данном случае и является главной аудиторией, это стало ясно еще задолго до самого суда. И бизнес реально испугался. Но страх необходимо постоянно поддерживать, ибо он довольно быстро проходит. Поэтому Кремлю требуется суровое наказание и показательное унижение Ходорковского».

О ходе судебного заседания можно было узнать только со слов адвокатов подсудимых, так как оно происходило за закрытыми дверями. В коридорах суда тоже не скучали. Приставы обыскивали входящих в здание людей, причем особенно интересовались мобильными телефонами с фотокамерами. Итак, процесс приближался к финалу. Мещанский суд Москвы после 12 дней чтения обвинительного заключения вынес приговор Михаилу Ходорковскому, Платону Лебедеву и Андрею Крайнову. Бывший председатель правления НК «ЮКОС» приговорен к девяти годам лишения свободы. (Обвинение требовало приговорить его к 10 годам заключения.) Главе МФО «МГНАТГП» Платону Лебедеву придется отсидеть такой же срок за мошенническое завладение бюджетными денежными средствами в составе организованной группы. М. Ходорковский и П. Лебедев признаны виновными по всем обвинениям (7 статей УК РФ и УК РСФСР), за исключением эпизода, связанного с хищением 20 % акций ОАО «Апатит». Бывший генеральный директор АОЗТ «Волна» (одно из дочерних предприятий «ЮКОСа») Крайнов приговорен к пяти годам тюремного заключения условно за то, что в составе орггруппы завладел бюджетными средствами Волгоградской области на общую сумму 22,8 млрд рублей и причинил ущерб областному бюджету на сумму 53,2 млрд рублей. Также суд установил, что А. Крайнов причастен к совершению еще двух преступных эпизодов, связанных с завладением бюджетными средствами. В итоговом приговоре указано, что, кроме того, суд принял решение обратить в пользу государства в счет возмещения нанесенного вреда денежные средства со счетов М. Ходорковского и П. Лебедева. В общей сложности взыскано 48 тыс. долларов и 630 тыс. рублей — это все, что находилось у них на банковских счетах.

После того как приговор по делу Ходорковского — Лебедева — Крайнова после рассмотрения Мосгорсудом кассационной жалобы защиты вступил в законную силу (напомним, что сроки заключения Лебедеву и Ходорковскому были снижены на год, а срок условного наказания Крайнову — на полгода), защита заявила о намерении обратиться с жалобой в Европейский суд по правам человека. (Осужденный Ходорковский отбывает наказание в Энгельсе Саратовской области, а Лебедев этапирован в поселок Харп Ямало-Ненецкого АО). Как сообщил Юрий Шмидт, возможно, в Страсбург будет подана еще одна жалоба. В целом защита Ходорковского намерена указать на допущенные Россией нарушения статей 5, 6, и 7 Европейской конвенции о защите прав человека и основных свобод. «Борьба будет продолжаться, только она будет перенесена в другие инстанции», — заявил Шмидт. Кроме того, он и другой защитник Ходорковского — канадский адвокат Роберт Амстердам — заявили о намерении активно разъяснять мировому общественному мнению суть «дела Ходорковского». «То, что сейчас происходит в России, это отнюдь не поворот к законности», — подчеркнул Амстердам.

Но наиболее жесткий приговор последовал по делу заместителя управделами компании «ЮКОСМосква» Алексея Курцина, арестованного 18 ноября 2004 года в числе еще девяти подозреваемых, которым Генпрокуратура предъявила обвинение в растрате и легализации незаконно приобретенных денежных средств. Лефортовский суд Москвы приговорил его к 14 годам колонии строгого режима. Судья Елена Канева отнеслась к подсудимому строже, чем прокурор Овчинников. Он просил приговорить Алексея Курцина к 13 годам лишения свободы, а судья добавила год. Подобная карательная мера обычно присуждается за убийство.

Уже после вынесения приговора высшим руководителям была арестована юрист «ЮКОСа» Светлана Бахмина (кстати, мать двоих малолетних детей), обвиняемая в хищении имущества компании «Томскнефть». Она, по мнению Генпрокуратуры, «создала условия для избрания в совет директоров компании нужных людей» и получила возможность распоряжаться имуществом «Томскнефти», а в итоге якобы помогла увести имущество ОАО «Томскнефть», которое оценивается в 8 млрд рублей. Помимо этого, по версии следствия, Бахмина не заплатила в 2001–2002 годах налоги на сумму около 600 тысяч рублей. Светлана Бахмина виновной себя не признала. Однако, несмотря на то что дело разваливалось на глазах, прокуратура начала дело против начальника юридического управления «ЮКОСа» Дмитрия Гололобова. Но для этого его надо еще экстрадировать из Великобритании.