Пробудившись, Епифаний нашел золото на том месте, которое указал ему святой, и, восславив Господа и Николая Чудотворца, пошел к отроку. Там он увидел, что оковы с отрока спали, и в ужасе стал упрекать себя. Вельможа приказал освободить невинно пострадавшего от него и поспешил успокоить несчастного. Сам же всю ночь провел в молитвах, благодаря Бога и святого Николая, избавившего его от греха.

Когда зазвонили к утрене, вельможа взял золото и пошел с отроком в церковь преподобного. Здесь он рассказал присутствующим о той милости, которой его удостоили Бог и святой Николай. И все прославили Бога, творящего такие чудеса угодниками Своими.

По окончании службы Епифаний обратился к отроку: «Чадо, не я грешный, но Бог твой, Творец небу и земли, и святой угодник Его, Николай, да освободят тебя от рабства, чтобы и мне когда-нибудь была прощена неправда, которую я по неведению сотворил тебе». Затем он разделил золото на три части. Одну часть он пожертвовал церкви Святого Николая, другую раздал нищим, а третью отдал отроку со словами: «Возьми это, чадо, и ты не будешь должен никому, кроме единого святителя Николая. Я же буду пещись о тебе, как чадолюбивый отец».

Однажды в день памяти святых мучеников Бориса и Глеба множество людей пришло из разных городов и сел на праздник в Киев. Некий человек, имевший великую веру к преподобному Николаю и святым Борису и Глебу, взял с собой свечи, фимиам и просфоры и поплыл с семьей к Вышгороду, чтобы поклониться гробу названных мучеников. Поклонившись мощам, паломник отправился домой. Когда плыли по Днепру, жена задремала и уронила ребенка, которого держала на руках, в воду, и тот утонул. Отец от горя стал рвать на себе волосы, восклицая: «Горе мне, святой Николай, для того ли я имел великую веру к тебе, чтобы ты не спас мое дитя от потопления! Кто будет наследником моего имения; кого научу я творить в память тебя, заступника моего, светлое торжество? Как поведаю твое великое милосердие, которое ты излил на весь мир и на меня бедного, когда утонуло дитя мое? Я хотел воспитать его, просвещая его чудесами твоими, чтобы по смерти хвалили меня за то, что плод мой творит память святому Николаю. Но ты, святитель, не мне только даровал печаль, но и себе, ибо вскоре должно прекратиться самое воспоминание о тебе в доме моем, ибо я стар и жду кончины. Если бы ты хотел спасти дитя, ты мог бы спасти его, но ты сам попустил утонуть ему и не избавил единородное чадо мое от морской пучины. Или ты думаешь, что я не ведаю чудес твоих? Им нет числа, и язык человеческий не может передать их, и я, отче святой, верую, что тебе все возможно, что ты захочешь сотворить, но беззакония мои превозмогли. Теперь я понял, терзаемый печалью, что, если бы я сохранил заповеди Божии непорочно, мне бы вся тварь покорялась, как Адаму в раю, до грехопадения. Ныне же вся тварь восстает на меня: вода потопит, зверь растерзает, змий поглотит, молния сожжет, птицы исклюют, скот рассвирепеет и потопчет все, люди умертвят, хлеб, данный нам в пищу, не насытит нас и, по воле Божией, будет нам в погибель.

Мы же, одаренные душою и разумом и сотворенные по образу Божию, не исполняем, однако, как надлежит, волю Творца своего. Но не прогневайся на меня, святой отче Николае, что я столь дерзновенно говорю, ибо я не отчаиваюсь в своем спасении, имея тебя помощником».

Несчастная мать тоже была вне себя от великой печали. Наконец добрались они до места и, скорбные, вошли в дом.

Настала ночь, и скорый на помощь всем призывающим его архиерей Христов Николай совершил свое очередное чудо. Он взял из реки утонувшее дитя и положил его живым и невредимым на хорах храма Святой Софии. Утром вошел в церковь пономарь и услышал на детский плач. «Кто это пустил на хоры женщину?» – спросил он сам себя. Потом пошел к заведующему порядком на хорах и начал укорять его. Тот испугался и поспешил проверить замок. Замок на дверях оказался нетронутым, но детский голос из-за них слышался явно.

Заведующий вошел на хоры и перед образом святого Николая увидел ребенка в мокрой одежде. Придя в крайнее изумление, он рассказал о найденыше митрополиту. Отслужив утреню, владыка повелел собрать на площади жителей города и спросил их, чье дитя лежит на хорах в церкви Святой Софии. Отец ребенка, который вместе с другими пришел в храм, чтобы подивиться чуду, узнал свое дитя, но, не веря глазам, пошел и рассказал все жене. «Как это ты не понимаешь, что сие – чудо, сотворенное святым Николаем?!» – воскликнула обрадованная мать. Она тотчас побежала в церковь, узнала ребенка и, прежде чем взять его на руки, пала пред об разом святого Николая и возблагодарила преподобного со слезами. Множество людей, услышав о чудесном обретении дитя, собрались в храме, славя Бога и Его угодника.

Через семьсот с лишним лет после кончины Николая Чудотворца Миры и вся Ликия были разрушены сарацинами. Развалины храма с гробницей святителя находились в запустении и охранялись только несколькими благочестивыми монахами.

В 1087 году святитель Николай явился во сне одному апулийскому священнику из Бари, что в Южной Италии, и повелел перенести его мощи в этот город. Пресвитеры и знатные горожане снарядили для этой цели три корабля и под видом торговцев отправились в путь. Такое прикрытие им требовалось для того, чтобы обмануть венецианцев, которые тоже намеревались перевезти мощи святителя к себе на родину.

Баряне, как настоящие купцы, сначала отправились в Египет и Палестину, заходили в порты и вели там торговлю и через некоторое время прибыли в Ликийскую страну. От местных жителей им стало известно, что гробницу святителя охраняют только четыре старика монаха. Чтобы узнать дорогу к гробнице, баряне пытались подкупить монахов, предложив им 300 золотых монет, но, получив отказ, связали старцев и под угрозой пыток заставили самого малодушного указать им местонахождение мощей преподобного.

Гробница святого Николая была сделана из белого мрамора и до краев наполнена благоуханным миром, в котором лежали нетленные останки святителя. Баряне переложили мощи в заранее приготовленный ковчег и отправились в обратный путь.

Обратный путь длился 20 дней, и 9 мая 1087 года посланники прибыли в Бари. Встречать святыню вышло все духовенство и множество горожан. Сначала мощи святителя были помещены в церкви Святого Евстафия, а через два года, когда достроили и освятили нижнюю часть (крипт) нового храма во имя преподобного Николая, их перенесли туда, поскольку это сооружение было предназначено специально для хранения святыни. Произошло это торжественное событие при папе Урбане II 1 октября 1089 года.

Верхняя часть храма (базилика) была построена значительно позже – 22 июня 1197 года.