По замыслу Лаврентия Павловича, все оперативно-чекистские управления и отделы выделялись из НКВД СССР, и на их базе образовывался самостоятельный Наркомат госбезопасности. А Управление особых отделов должно было войти в состав нового ведомства как одно из управлений контрразведки НКГБ (Смеринш — смерть иностранным шпионам). Однако этот проект не понравился Сталину. Тогда к 4 апреля Меркулов подготовил следующий вариант, где, ничего не меняя, дополнительно предлагал в управлении Смеринш усилить технические отделы и создать новые подразделения с функциями по работе в тылу. Но вождь не принял и этот проект. Он приказал вернуться к реформе по той же схеме, которая была проведена в жизнь накануне войны, и снова объединить усилия руководства обороной государства с обеспечением безопасности в армии и на флоте. Фактически он потребовал подчинения военной контрразведки напрямую Наркомату обороны, чего не хотел, прежде всего, Берия.

13 апреля в 22.05 Сталин снова проводит совещание с руководством НКВД, а 15 апреля в 23.35 нарком обороны и Верховный приглашает на совещание Абакумова уже как будущего своего заместителя.

Когда встал вопрос о названии военной контрразведки (второе проектное название Смернеш — смерть немецким шпионам) Сталин сказал присутствующим:

— А почему, собственно говоря, речь должна идти только о немецких шпионах против нашей армии? Давайте назовем «Смерть шпионам», а сокращенно Смерш.

18 и 19 апреля Сталин снова принял Абакумова, Меркулова и Берию, чтобы окончательно решить вопрос реформирования военной контрразведки. Таким образом, 14 апреля 1943 г. вышло Постановление ЦК ВКП(б) «Об организации народного комиссариата государственной безопасности. А 21 апреля 1943 г. — Постановление Государственного комитета обороны № 3222СС/ОВ с утверждением положения о ГУКР Смерш НКО СССР (19 апреля 1943 г. Постановлением СНК СССР № 415-138сс Управление Особых отделов НКВД было преобразовано в Главное управление (ГУКР) Смерш НКО СССР).

В этом документе были определены конкретные задачи органов Смерш:

«а) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии;

б) борьба с антисоветскими элементами, проникшими в части и учреждения Красной Армии;

в) принятие необходимых агентурно-оперативных и иных (через командование) мер к созданию на фронтах условий, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры противника через линию фронта с тем, чтобы сделать линию фронта непроницаемой для шпионских и антисоветских элементов;

г) борьба с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии (переход на сторону противника, укрывательство шпионов и вообще содействие работе последних);

д) борьба с дезертирством и членовредительством на фронтах;

е) проверка военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника;

ж) выполнение специальных заданий Народного Комиссара Обороны.

2. Органы Смерш освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с задачами, перечисленными в настоящем разделе».

Если в июне 1942 г. штатная численность Управления особых отделов НКВД СССР составила 225 человек, то штат Главного Управления Смерш НКО СССР в количестве 646 человек.

С начала войны по 1 декабря 1941 г. особыми отделами НКВД было арестовано 35 738 чел, в том числе шпионов — 2343, диверсантов — 669, изменников — 4647, трусов и паникеров — 3325, дезертиров — 13887, распространителей провокационных слухов — 4295, самострельщиков — 2358, за бандитизм и мародерство — 4214; расстреляно по приговорам — 14 473, из них перед строем — 411.

Только на Западном фронте в 1941 г. особисты во взаимодействии с войсками НКВД по охране тыла задержали и разоблачили свыше 1000 немецких агентов, на Ленинградском и Южном фронтах — около 650, на Северо-Западном — свыше 300.

Контрразведчикам Виктора Абакумова противостоял серьезный, если не сказать, коварный противник. Только на Восточном фронте действовали более 130 разведывательных команд сд и Абвера, функционировало около 60 школ, где готовили агентуру для заброски в тыл Красной Армии.

По свидетельству документов в 1941-1944 гг. Особыми отделами НКВД СССР и ГУКР Смерш НКО СССР от 55 до 65% всех вражеских агентов были выявлены и разоблачены непосредственно в зоне боевых действий. В 1945 г. этот показатель достиг 88%. Причем «если в 1941 г. на прифронтовую зону приходилось около 45% от общего количества разоблаченных органами военной контрразведки агентов фашистских спецслужб, то в 1943 г. эта цифра возросла до 55%.

Только в период подготовки и в ходе Курской битвы контрразведчиками Западного, Брянского, Центрального и Воронежского фронтов было обезврежено более 1500 немецких агентов и диверсантов. Контрразведчики Центрального фронта в июне и июле 1943 г. обезвредили пятнадцать разведывательно-диверсионных групп противника. Некоторые были предназначены для нападения на штаб фронта и совершения террористического акта в отношении командующего фронтом генерала армии К.К. Рокоссовского.