Корабли «Москва» и «Св. Петр» 2 октября 180? г. вышли из Корфу и двинулись к Гибралтару в надежде прорваться в Россию. Но 9 октября между Сицилией и Сардинией они попали в сильнейший шторм и из-за повреждений были вынуждены зайти в порт Ферайо на острове Эльба. Французы не пустили их дальше. В начале 1808 г. оба корабля перешли в Тулон, где и простояли 22 месяца под русским флагом. 27 сентября 1809 г. поступило Высочайшее Повеление продать корабли Франции.

Фрегат «Венус» был в декабре 1807 г. блокирован англичанами в Палермо, и его командир выбрал меньшее зло — сдал корабль правительству Фердинанда IV.

Фрегат «Григорий Великий Армении» и старый корабль «Св. Михаил» за ветхостью были в 1809 г. проданы в Корфу.

А остальные корабли и суда Средиземноморского флота собрались в Триесте, где в сентябре 1809 г. были сданы французам. Среди них были корабли «Азия», «Уриил», «Св. Параскева», «Сед-эль-Бах-ри» (бывший турецкий); фрегаты «Легкий» и «Михаил»; корветы «Дерзкий», «Версона» и «Павел»; бриги «Феникс», «Богоявленск» и другие суда.

Как уже говорилось, Черноморский флот должен был провести Босфорскую операцию, но она была прекращена на стадии планирования.

К началу боевых действий в составе действующих кораблей Черноморского флота было 6 кораблей: 110-пушечные «Ягудиил» и «Ратный»; 74-пушечные «Исидор» и «Правый»; 66-пушечные «Варахаил» и «Победа»; 4 фрегата: «Поспешный» (36-пушечный), «Назарет» (44-пушечный), «Крепкий» (54-пушечный) и «Воин» (32-пушечный) и 10 малых судов. 74-пушечный корабль «Мария Магдалина» вторая и 20-пушечный фрегат «Николай Беломорский» были вооружены, но использовались как брандвахты.

В начале января 1807 г. из Севастополя были высланы два отряда судов. Первый отряд обстрелял Трапезунд и потопил два купеческих судна, а второй крейсировал между Варной и Босфором.

8 апреля 1807 г. эскадра контр-адмирала С. А. Пустошкина вышла из Севастополя к Анапе. В ее составе были все шесть кораблей Черноморского флота. Однако из-за повреждений во время шторма эскадра 13 апреля вернулась в Севастополь. Корабли «Победа» и «Правый» встали на ремонт и остались в Севастополе, а остальная эскадра 21 апреля вновь двинулась к Анапе.

27 апреля русская эскадра в составе четырех кораблей, четырех фрегатов, двух бригов, четырех канонерских лодок и одного брандера подошла к Анапе. После двухдневной бомбардировки был высажен десант, который овладел крепостью. В Анапе было захвачено 98 орудий и два малых судна. Анапу решено было разрушить.

По возвращении в Севастополь Пустошин с эскадрой, количество судов в которой было увеличено (4 корабля, 5 фрегатов, 5 канонерских лодок, 2 бомбардирские лодки, 6 малых судов и 8 транспортов) был отправлен в Трапезунд с целью овладеть городом.

31 мая 1807 г. русская эскадра подошла к Трапезунду. Пустошин приказал бомбардировать соседний с Трапезундом городок Платану. Там русские захватили одно купеческое судно и одно потопили. Однако попытка высадить десант не удалась. Стоянка у Платаны оказалась неудачной, а погода штормовой. В итоге в середине июля Пустошин с эскадрой вернулся в Севастополь, чем и навлек на себя «особенное неудовольствие» начальства.

С весны 1808 г. Черноморский флот под началом контр-адмирала Трескина находился в постоянной готовности к выходу в море. В боевом составе флота произошли изменения. Летом 1807 г из Херсона в Севастополь перешел новопостроенный 36-пушечный фрегат «Лилия», а летом следующего года — 74-пушечный фрегат «Анапа». Фрегат же «Поспешный» был переведен из корабельной эскадры в севастопольскую брандвахту. Корабль «Исидор», спущенный в 1795 г., остался в боевом составе, но после 1807 г. в море не выходил.

В связи с перемирием весь 1808 год эскадра простояла в Севастополе. Лишь малые суда высылались в море в крейсерство к сулинским гирлам Дуная. Во время перемирия крепость Анапа была вновь занята турками. В начале июня 1809 г. отряд судов под командой капитан-лейтенанта Перхурова был направлен к Анапе. В его составе были: корабль «Победа», два фрегата, бомбардирское судно, транспорт и требака (гребное судно). На судах было 1150 человек десанта. 15 июня крепость была занята без сопротивления. В Анапе остались русский гарнизон и бомбардирское судно. После занятия Анапы «Победа» и «Лилия» 23 июня вернулись в Севастополь, а оставшиеся суда еще некоторое время крейсировали у восточного берега Черного моря, блокируя Суджук-Кале.

В связи с занятием наличными сухопутными войсками прибрежных городов Кюстенжи и Мангалии к румелийскому берегу были посланы три фрегата и бриг под начальством капитан-лейтенанта Стули, которому предписывалось «прикрывать берега, занятые нашими войсками, наносить по всей возможности вред неприятелям, истреблять их суда и распространять страх на них около самой Варны». Но, к сожалению, энергичная деятельность ограничилась только предписанием. Увидев турецкую эскадру, состоящую из 33 судов (1 корабль, 2 фрегата, 1 корвет и 29 малых судов), Стули отправил в Севастополь бриг с донесением о появлении турок, а сам продолжал держаться около Варны, где встретил неприятельский отряд из пяти кораблей, в числе которых было два 100-пушечных. Но турки почему-то на наши суда не обратили внимания и к вечеру скрылись из виду.