В парадных красных с золотом каретах, медленно двигавшихся в колонне траурной процессии, находились вдовствующая императрица Мария Федоровна с сестрой и дочерьми, невеста государя — немецкая принцесса Алиса, великие княгини, придворные дамы.

По пути следования траурной процессии, заканчивавшейся длинной вереницей войсковых частей, по обеим сторонам стояли толпы народа. Хотя министр внутренних дел И. Н. Дурново, как вспоминал С. Витте, бывший участником процессии, давал распоряжения относительно того, «как должна была держать себя публика и как должна была действовать полиция, все были настолько глубоко потрясены смертью императора и были уверены, что ни с чьей стороны, даже и со стороны крайне левых, не может последовать никакого действия, которое не было бы в гармонии с тем чувством, в котором пребывала в то время Россия по отношению к покойному императору».

Достигнув Казанского собора, процессия остановилась. Краткая лития была отслужена митрополитом Петербурга Палладием, а молодой император, войдя в собор, приложился к иконе. Ровно в два часа дня траурный кортеж достиг Петропавловской крепости, где был расположен собор Петра и Павла, заложенный Петром Великим.

Сохранившаяся надпись на каменной доске, прикрывавшей золотой ковчег с мощами, опущенный в землю 16 мая 1703 года, гласила: «От воплощения Иисуса Христа 1703 г., май 16, основан царствующий град С.-Петербург императором великим князем Петром Алексеевичем, Самодержцем Всероссийским». В мае 1714 года в 42-ю годовщину рождения Петра был заложен каменный храм, который и стал царской усыпальницей. Работы по возведению собора были завершены в 1733 году в царствование императрицы Анны Иоанновны. Еще при Петре Великом в Петропавловском соборе были захоронены его полуторагодовалая дочь Екатерина и две другие малолетние дочери — Наталья и Маргарита. За все годы царствования в России Романовых в соборе нашли свое упокоение свыше сорока членов царствующего дома.

Гроб с телом покойного императора Александра III был встречен в Петропавловской крепости офицерами Преображенского полка, шефом которого он был. Пройдя мимо бастионов, раскинувшихся по берегам Невы, отражавшей их величавый вид, траурная процессия вступила в собор. Стены собора были затянуты черным сукном, а сам собор был наполнен религиозными и историческими реликвиями. Среди них — крест с камнями из Гроба Господня, множество различных мощей, редкие иконы, в том числе и иконы из слоновой кости работы самого Петра Великого, большое количество знамен, захваченных в боях с врагами Русской земли в XVIII столетии.

Генерал-адъютанты сняли крышку гроба, генералы свиты и флигель-адъютанты покрыли ноги усопшего парчовым покрывалом и заняли свои места. Великий князь Константин Константинович вспоминал: «Когда открыли гроб, я увидел мертвое лицо покойного Государя. Знакомые черты мало изменились, они были спокойны, как у спящего».

В самом центре собора между четырьмя столпами была устроена золотая сень. Гроб был выставлен посредине широкого помоста на возвышении, увенчанном императорской короной. К ногам усопшего от имени его супруги императрицы Марии Федоровны был возложен прекрасный венок из ландышей, любимых цветов покойного. Бриллиантовая императорская корона, скипетр, держава и меч, щит и штандарт находились справа от головы императора; слева — шесть корон главных провинций империи. Вокруг на специальных красных подушках лежали императорские регалии и ордена.

Несколько сотен венков находились на помосте и были развешаны по стенам церкви. Среди них были венки от королевы Виктории, королей Дании, Норвегии, Швеции, Бельгии и других европейских стран. Серебряный французский венок был прибит к огромному щиту, обтянутому черным бархатом и стоящему на специальном пюпитре. Среди огромного множества венков можно было увидеть венки от дворянства, купечества, земства, предпринимателей и русских промышленников.

Величественное зрелище представлял почетный караул у гроба императора. По двое в изголовье и по двое в ногах покойного стояли представители генералитета и государственные сановники, за ними — дежурные штабс-офицеры в парадной форме, по краям — шеренга из девяти камер-пажей. С трех сторон у подножия траурного возвышения замерли двенадцать обер-офицеров в парадных траурных мундирах с обнаженным опущенным книзу оружием, которое они держали в левой руке. Они были похожи на каменные статуи.

Восемь суток гроб с телом императора стоял в соборе. Восемь суток длилось прощание с усопшим. Восемь суток днем и ночью воспитанники Пажеского корпуса дежурили возле тела покойного Александра III. Б. А. Энгельгардт, участвовавший в траурной церемонии, вспоминал: «Священники и диаконы торопливо проходили то там, то здесь по церкви, к вечеру это движение замирало. Настала ночь.

Как изваянные, стояли и старые генералы, и молодые офицеры, и юноши-пажи, и монотонно, но явственно раздавался в храме голос чтеца, непрерывно читавшего Евангелие над гробом…

Мы дежурили восемь часов в сутки согласно порядку, установленному для часовых: два часа на часах — четыре часа отдыха. После двух суток работы — сутки свободные. По утрам дежурство снималось, гроб окружали ширмами, и врачи что-то там делали, по-видимому, приводили в порядок тело перед прибытием высочайших особ на панихиду».

Панихиды проводились два раза в день — утром и вечером. И утром и вечером на них присутствовали вдовствующая императрица, государь, все великие князья и княгини. Императрица Мария Федоровна несколько раз по утрам приезжала в собор одна. Она оставалась наедине с телом мужа, и тогда дежурство снимали. Лишь один раз она не смогла приехать, так как у нее случился обморок и был сильный приступ люмбаго. 2 ноября молодой государь сделал в дневнике следующую запись: «…Ужасный гнет и тяжелое сознание свершившегося возвращаются в душу с новою силою. Бедная Мама опять чувствовала себя слабою, и днем с ней случился обморок».

В дневные часы в промежутках между панихидами наступало время, отведенное для прощания с государем народа. В течение нескольких часов шла непрерывно неиссякаемая толпа людей различных социальных слоев, классов и национальностей. Здесь были как молодые, так и старики, и дети. Все они в скорбном молчании подходили к гробу государя, крестились и медленно покидали церковные пределы. Среди них были представители разных народов Российской империи.

Шеренга пажей, стоявшая по всему пути от входа в собор до катафалка с гробом усопшего государя, как бы направляла эту нескончаемую людскую вереницу пришедших проститься со своим императором. Б. А. Энгельгардт вспоминал: «Для прохождения этих людей в колонне пажей посредине оставлялся свободный проход. Любопытно, что тот, который стоял лицом к проходившим, перед глазами которого вплотную медленно тянулась цепь людей, не мог выдержать больше часа этого мелькания перед глазами. Мы становились по очереди на это место — дольше часа не устоял никто — у каждого начинала кружиться голова, человек начинал шататься, его подхватывали, новый заменял его».