Русский император доводам Дубасова и его единомышленников не внял, и Петербург предписал Рожественскому добиваться намеченной в Петергофе цели самостоятельно. Фактически это означало, что его эскадре предстояло разгромить весь японский флот вблизи его берегов — сходу, после многомесячного изнурительного, почти кругосветного плавания, за тысячи миль от своих баз и во враждебном окружении, то есть совершить почти невозможное. Невыполнимость этой задачи хорошо понимал и сам командующий 2–й эскадрой, который, получая телеграммы Морского министерства, приходил в бешенство и сдавленным голосом костил петербургских «предателей» [24] .

Но все это было много позже — уже в походе. Теперь же, весной 1904 г., положение Рожественского как командующего, по свидетельству его штабного офицера подполковника (впоследствии генерал- лейтенанта) по адмиралтейству В. А. Штенгера, «было совершенно отличное от обычного положения флагмана. Ему были даны обширные полномочия для изготовления и снабжения эскадры. С этого времени по всем делам эскадры адмирал со всеми учреждениями сносился непосредственно [...] Морской министр, Главный морской штаб и все подведомственные учреждения почти прекращают связь с адмиралом, мало что зная о его планах» [25] . Тем не менее, командующий не мог игнорировать общественное настроение, созданное статьями Кладо, которое принесло вновь созданной эскадре большой вред. Пользуясь им, заинтересованные лица из числа высших флотских чинов навязали Рожественскому включение в состав эскадры старых военных, либо плохо приспособленных под военные коммерческих пароходов, а также покупку у частных компаний тихоходных транспортных судов, некоторые из которых по негодности были им отправлены домой в первые же дни похода. Считалось, что чем больше кораблей и моряков будет послано на Дальний Восток, тем лучше. «Наши мудрецы утверждают, что, перемножив между собою пушки, арбузы, мужиков, фиктивные скорости и т. д., — комментировал сложившуюся ситуацию старший штурман флагманского броненосца эскадры «Князь Суворов», — […] ни получат боевой коэффициент эскадры, не многим уступающий таковому же эскадры адмирала Того. Но это — не более как обман несведущей, сухопутной публики. Обман злостный» [26] .

Николай II не сделал ровным счетом ничего, чтобы оградить командующего от посторонних влияний, хотя был единственным, кто не только мог, но был прямо обязан позаботиться об этом. Мало того, он сам до последнего момента колебался в правильности избранного курса и несколько раз то принимал «неизменное решение эскадры на Дальний Восток не посылать», то возвращался к плану, выработанному еще в апреле. Главными его советчиками и экспертами при решении этого вопроса выступали великий князь Александр Михайлович и руководители Морского министерства — вице–адмирал Ф. К. Авелан и великий князь генерал–адмирал Алексей Александрович. Если верить троюродному брату Николая II, этот царский дядюшка управлял флотом «согласно традициям XVIII века», а относительно посылки флота на Дальний Восток сказать ничего не мог, «но имел гражданское мужество в этом признаться» [27] . Последний российский император не был наделен от природы большими дарованиями, но один «талант» имел несомненно — приближать к себе либо бездарностей, либо проходимцев. В итоге к моменту выхода в море 2–я Тихоокеанская эскадра представляла собой не слаженный боевой организм, а скорее плохо управляемую армаду из 37 разномастных судов с многочисленным (около 12 тыс.), но недостаточно обученным и неопытным, либо возрастным экипажем — судовые команды на две трети состояли из новобранцев и мобилизованных запасных. В военном отношении и те, и другие были подготовлены плохо. К тому же «молодые», как правило, боялись предстоящего похода, а многие «старики» и того хуже — были настроены пораженчески. В общем, моральный дух моряков оставлял желать много лучшего. Вести такую эскадру в бой было огромным риском, но чтобы заявить об этом открыто, требовалось большое гражданское мужество, на недостаток которого у Рожественского задним числом нашлось много желающих ему попенять. «Все знают, — с горькой иронией писал адмирал уже после заключения мира с Японией, — что до начала войны я был 10 месяцев начальником штаба, имел время пересоздать флот, перевоспитать офицера, обучить матроса, заготовить обилие средств и запасов, знают, что я ничего этого не сделал, а изменнически повел на убой неученых людей на нестройной эскадре. Будь у меня хоть искра гражданского мужества, я должен был кричать на весь мир: «Берегите эти последние ресурсы флота! Не посылайте их на истребление!..»» [28] . Однако и не посылать подмогу на Дальний Восток было нельзя — отказаться от этого фактически означало признать свое поражение. Между тем пока держался Порт–Артур, шанс переломить ход войны у эскадры все-таки оставался.

Сразу после своего нового назначения Зиновий Петрович с головой погрузился в работу. Вот как тот же Штенгер описывал обычный рабочий день командующего: «Вставал он в 7 часов утра ив 8 часов уже сидел за бумагами в кабинете; при этом резолюции его […] почти никогда не ограничивались краткой подписью: «справку», «к распоряжению» и т. п., а почти всегда составляли подробное и определенное решение, так редактированное, что можно было его целиком переписывать как ответные бумаги; нередко эти резолюции были очень резки, иногда в них проглядывала ирония, но всегда были определенны. Почерк у адмирала был редко хороший, и все свои заметки и резолюции он всегда писал чернилами и всегда без поправок. Бесчисленное количество […] просителей он принимал обычно утром до 10 час.; с 10 же часов начинались доклады по делам Штаба и шли без перерыва до 1 часа дня. При этом телефон из других министерств действовал беспрерывно, телеграммы в то тревожное время сыпались как из рога изобилия и решения по ним следовали немедленно. Тут же наряду бывали сношения по вопросам, касающимся формирующейся эскадры и разных предложений изобретателей, самых разнообразных и подчас несуразных. Далее наступало время завтрака, но уже в 2 часа адмирала не было дома — он делал многочисленные визиты, участвовал в заседаниях и пр. В 4 часа он снова был дома, где его уже ждала полная приемная народу. Тут были и заводчики, и всякие иностранцы, и чины флота и Штаба, и опять это колесо вертелось до 7 часов вечера, когда адмирал обедал. В 8 часов обычно я снова бывал у него с последними бумагами и телеграммами и уходил не раньше 11 часов, притом нагруженный бесконечными приказаниями, экстренными поручениями и пр., и пр. — адмирал продолжал один работать и ежедневно около 2 часов ночи предупреждал меня по телефону, что посылает мне еще партию бумаг, давая по некоторым указания. Тут кончался его рабочий день» [29] .

Одной из важнейших задач, требовавшей скорейшего решения, было обеспечить безопасность плавания 2–й Тихоокеанской эскадры на большей части ее долгого, в 18 тыс. миль, пути на Дальний Восток. К началу лета 1904 г. под личным руководством Рожественского особо доверенные офицеры из его ближайшего окружения разработали три варианта маршрута эскадры [30] . Однако в августе император утвердил смешанный вариант, согласно которому часть кораблей должна была идти через Средиземное море, Суэцкий канал и Красное море, а новые боевые суда с глубокой осадкой — двигаться вокруг западного побережья и южной оконечности Африки. Соединение эскадры предполагалось на Мадагаскаре. Все варианты разрабатывались в глубокой тайне, но даже беглого взгляда на карту было достаточно, чтобы определить наиболее уязвимые с точки зрения безопасности места. Для балтийской части эскадры ими были балтийские проливы (Большой и Малый Бельты, Эресунн (Зунд) и Каттегат), а для черноморской — Босфор и Дарданеллы, а также Суэцкий канал и Красное море. Естественно, что в дальнейшем именно в эти районы были направлены российские контрразведчики. Поскольку главную ударную силу 2–й эскадры составляли новые эскадренные броненосцы, базировавшиеся на Балтике [31] , с самого начала особое внимание было обращено на скандинавские страны, мимо которых им предстояло пройти.

Впервые сведения о том, что купленные в Англии миноносцы Япония направляет в Швецию для действий против русского Балтийского флота, поступили в Департамент полиции МВД в апреле 1904 г. [32] Кроме того, серьезные подозрения в Петербурге вызывало необычайное штатное многолюдье японской миссии в Стокгольме и особенно — частые визиты здешнего японского военно–морского атташе в различные шведские и датские порты. Выяснение обстоятельств дела директор Департамента полиции А. А. Лопухин поручил И. Ф. Манасевичу–Мануйлову, однако что-либо конкретное тому разузнать не удалось.

Тогда же, в апреле, Главный морской штаб заинтересовался слухами о том, что на шведских верфях по заказу Японии строятся миноносцы. Для проверки слуха в Стокгольм был направлен военно-морской атташе в Германии капитан 2–го ранга князь А. А. Долгоруков, близко знакомый с дальневосточными делами по прежней службе — до своего назначения в Западную Европу он служил старшим флаг–офицером начальника штаба эскадры Тихого океана и в этом качестве в 1900–1901 гг. участвовал в подавлении «боксерского» восстания в Китае. Поскольку источником информации из Стокгольма на этот раз выступил тамошний российский посол тайный советник Е. К. Бюцов, за «подробными указаниями» Долгорукову было предписано обратиться именно к нему [33] . Однако на месте эти слухи не подтвердились, и уже через неделю Долгоруков вернулся в Берлин. Когда в конце 1904 г. было установлено, что на шведских предприятиях японские военные заказы все-таки были размещены (например, на заводе «Бофорс» для Японии производились бронебойные 12–дюймовые артиллерийские снаряды), выяснением подробностей первоначально занялись военный агент в Скандинавии полковник А. М. Алексеев и генеральный консул в Стокгольме В. А. Березников, но уже в январе 1905 г. вся их агентура по «бофорскому делу» была передана чиновнику Департамента полиции А. М. Гартингу [34] .

С конца мая — начала июня 1904 г. тревожные сообщения из-за рубежа относительно намерений японцев хлынули в Главный морской штаб потоком. Многочисленные, разные, никак не связанные между собой и порой весьма неожиданные источники были единодушны в том, что Япония готовит серию диверсий, призванных затруднить формирование 2–й Тихоокеанской эскадры и ее предстоящий поход на Дальний Восток. Об этом в полевой штаб наместника на Дальнем Востоке и в Петербург доносили военные и военно–морские агенты из Китая (генерал–майор К. Н. Дессино [35] ), Франции (полковник В. П. Лазарев), Дании и Швеции (полковник А. М. Алексеев), Великобритании (капитан 1го ранга И. Ф. Бострем), телеграфировали из Шанхая бывший посланник в Корее А. И. Павлов и чиновник Министерства финансов Л. Ф. Давыдов, российские консулы в Кардиффе, Ньюкастле, Гонконге, Сингапуре, Джедде, чиновники МИДа и дипломатические агенты в Турции, Египте и в других странах. Угроза, нависшая над эскадрой, вполне подтверждалась сообщениями о тайной переброске японцами отрядов своих военных моряков через английские колонии в районы Средиземного, Черного и Балтийского морей, о закупках ими военных судов, радиостанций и другого специального оборудования для действий против 2–й эскадры на севере Европы, а также в Красном море и Индийском океане. В донесениях приводились воинские звания, специальности и даже имена японских моряков, едущих в Европу, Малую Азию и на север Африки, маршруты их движения, говорилось о вероятном построении, экипировке, вооружении и методах действия японских кораблей на пути следования эскадры Рожественского.