Михаил с интересом отдавался сложному делу проповедничества, прерывая его лишь молитвенным уединением. Первоначально непонятный алтайский язык он изучил основательно. Протоиерей Михаил Чевалков вспоминал слова святителя Макария о том, что после двух лет безуспешного изучения языка ему явилась Божия Матерь и помогла в этом деле 10. Епископ Арсений (Жадановский) в своих «Воспоминаниях» упоминает о явлении во сне будущему святителю Макарию архимандрита Макария (Глухарёва), ободрившего его словами: «Ты после меня здесь обучайся» 11.

Миссия при протоиерее Стефане Ландышеве стала более крупной, её бюджет увеличился на порядок. К 1858 году в миссии трудились 12 монахов, 18 священников и 4 псаломщика 12.

С 1857 года Михаил Парвицкий становится рясофорным послушником строящегося Благовещенского Чулышманского монастыря 13. В 1861 году состоялся его монашеский постриг, а затем – хиротонии во иеродиакона и иеромонаха 14.

Иноческие труды о. Макария были направлены на устроение Чулышманского миссионерского монастыря. «В конце 1865 года руководителем Алтайской миссии стал архимандрит Владимир Петров, работавший там до 1883 года и проявивший себя достойным продолжателем трудов Макария Глухарёва» 15.

Иеромонах Макарий (Невский-Парвицкий) 1860-е гг.

Открываются мастерские по рукоделию и иконописи, свечной завод, семинария для подготовки учителей миссионерских народных школ, школа катехетов и типография. «Владимир послал в Казань иеромонаха Макария Невского для обучения миссионерским методам у Н.И. Ильминского 16. После его возвращения школьная система Алтайской миссии была перестроена по принципам Ильминского» 17.

Иеромонах Макарий посещает в 1864 году Петербург для решения вопроса о печатании в синодальной типографии переводов на алтайский язык и находится в столице в течение двух лет 18. Второй раз он с этой целью путешествовал в Петербург в 1867 году. За это время он издал чинопоследование литургии Иоанна Златоуста, последования из Часослова и последование Святого Крещения, огласительные поучения, священную историю Нового Завета и наиболее употребительные в богослужении евангельские тексты на алтайском языке.

В 1868–1869 годах иеромонах Макарий работал в Казани над грамматикой алтайского языка, издал ряд святоотеческих и богослужебных книг на алтайском языке 19. Кроме того, он участвовал в работе казанской крещёно – татарской школы, благодаря чему богослужение стало совершаться на татарском языке. В 1868 году он впервые отслужил литургию для воспитанников школы Ильминского на татарском языке 20. За эти заслуги казанское миссионерское братство во имя святителя Гурия избрало иеромонаха Макария своим пожизненным членом, а казанский архиепископ Антоний представил его к сану игумена, в который он был возведён в 1871 году 21.

По возвращении на Алтай отца Макария жизнь миссии приобрела масштабность и оригинальность. Стало выходить много литературы на алтайском языке, для чего была создана собственная переводческо – цензурная комиссия.

В 1875 году игумен Макарий назначен помощником начальника Алтайской миссии 22. Новое служение требовало постоянного контроля всех миссионерских станов и наблюдения за процессом духовного просвещения. Сотрудничество начальника миссии архимандрита Владимира и его помощника игумена Макария историк Алтайской миссии И.И. Ястребов описывает так: «Архимандрит Владимир был инициатором, организатором и руководителем этого дела, а отец Макарий исполнителем, усовершенствователем и, главное, душой его. Их трудами создана та всесторонняя система просветительского воздействия на инородцев, которой следует подражать и другим нашим миссиям» 23.

В 1880 году в связи с 50–летием миссии была организована Бийская кафедра. Епископом Бийским, викарием Томской епархии стал архимандрит Владимир, а его преемником по миссии – отец Макарий, возведённый в 1883 году в сан архимандрита. Уже в 1884 году состоялась его хиротония во епископа Бийского на место переведённого в Томск владыки Владимира. Миссия продолжала оставаться приоритетным направлением деятельности епископа Макария, но к ней добавилась борьба со старообрядчеством. В 1884 году в Бийске было учреждено противораскольническое братство во имя святителя Димитрия Ростовского. Открытые выступления против раскольников 24или, по другому мнению, монархические выступления против ссыльных революционеров 25стали причиной поджога архиерейского дома в 1886 году.

В 1891 году владыка становится епископом Томским и Семипалатинским, а в 1905 году – епископом Томским и Барнаульским 26. В 1903 году его наградили бриллиантовым крестом для ношения на клобуке 27. В 1906 владыка Макарий был возведён в сан архиепископа. В 1908 году он становится архиепископом Томским и Алтайским, поскольку была организована викарная кафедра в Барнауле 28.