Александр же незадолго до этого распустил свой собственный флот, чтобы не подвергать его опасности поражения и сэкономить деньги на оплате корабельных команд. При создавшемся положении ему не оставалось ничего иного, кроме как отдать приказ о формировании нового флота, с помощью которого он надеялся рано или поздно победить опасного врага. Сам же со своим сухопутным войском после взятия и разрушения Галикарнасса покорял одну за другой местности на юго-западном побережье Малой Азии, лишая персидский флот его опорных пунктов. Затем он свернул на север к Гордию, чтобы провести в этом древнем фригийском городе часть зимы 334/33 г. до н. э. Здесь Александра охватило страстное желание увидеть находящуюся в крепости колесницу легендарного царя Гордия и мечом разрубить узел, который соединял хомут с колесницей (по крайней мере, так об этом повествовалось впоследствии), поскольку древний оракул обещал тому, кто сумеет развязать этот узел, господство над Азией.

Вскоре Александр получил известие о смерти Мемнона. То, что было для македонянина счастливым случаем, означало для Дария катастрофу, поскольку среди полководцев великого царя Мемнон был единственным, кто мог бы успешно противостоять врагу с запада. Прежде чем под Митиленой его сразила смертельная болезнь, Мемнон вынудил целый ряд греческих городов на островах к сотрудничеству и был уже готов осуществить свой план и перенести войну в Элладу, в чем Александр и оставленный в качестве наместника в Македонии Антипатр не смогли бы ему воспрепятствовать.

В то время как продвижение македонского войска из Гордия через Анкиру в Каппадокию и оттуда к перевалам Таврийских гор проходило гладко, Александр был вынужден задержаться в Киликии, южнее Тавра. Некоторые из местных племен оказали сильное и с трудом преодоленное сопротивление, и, кроме того, на царя напала сильнейшая горячка, на недели приковавшая его к лагерю. Малодостоверной представляется история, согласно которой больной Александр без страха выпил приготовленное его врачом Филиппом снадобье и тут же показал ему письмо, в котором Парменион предостерегал его от возможного отравления врачом, подкупленным, как ему казалось, персидским царем.

Тем временем Дарий III собрал большое войско и был теперь готов вступить с македонянином в бой за свое царство. Широкая равнина в северной Сирии виделась наиболее пригодным местом сражения, поскольку здесь могли развернуться большие массы войска, и прежде всего конница, способная только на свободном, открытом пространстве полностью проявить свое превосходство. Итак, здесь Дарий решил дать сражение. Когда же дальнейшее продвижение Александра из Киликии в Сирию сильно замедлилось по упомянутым обстоятельствам, а зима приближалась, Дарий, не в последнюю очередь из соображений престижа, решил более не выжидать, а двинуться навстречу противнику в Киликию. Продвигаясь намного севернее, он перешел по перевалам Амановы горы и отсюда взял направление на прибрежный город Исс. Александр тем временем, не зная о действиях своего противника и рассчитывая, что тот все еще в Сирии, двинулся из Киликии через Исс, вдоль северного сирийского побережья на юг. Под Мириандром (вероятно, в окрестностях сегодняшней Александретты) до него дошла весть, что Дарий со всем персидским войском находится у него в тылу. Он тут же оценил представлявшийся ему шанс, который заключался в том, что узкая полоска побережья под Иссом не позволяла полностью развернуться массе вражеского войска, и немедленно повернул свою армию на север, в направлении Исса. Так, поздней осенью 333 года до н. э. под Иссом произошла первая большая битва, в которой цари сошлись лицом к лицу.

Ситуация в известном отношении была аналогична битве при Гранике. Вновь персидское войско выстроилось за рекой Пинар, вновь персидская сторона считала, что крутой откос у реки, в это время года почти высохшей, защитит ее воинов от фронтальной атаки противника. Сообразно этому Дарий собирался главные силы войска держать в обороне, а пустить в наступление через реку сосредоточенную на правом крыле конницу, чтобы она опрокинула левый фланг противника, затем атаковала во фланг все македонские фаланги. В соответствии с персидской традицией Дарий занял место в центре войска. Слева от него находилось несколько тысяч кардаков, пеших тяжеловооруженных элитных соединений персов, однако подлинное ядро войска составляли около тридцати тысяч греческих наемников, которые занимали место между кардаками и конницей правого фланга. Дарий скорее всего мог ожидать, что его войска выдержат атаку македонской фаланги. Для менее ценной массы отрядов из отдельных сатрапий местность оставляла только позицию в тылу, позади передовой линии сражения. На крайнем левом фланге Дарий выдвинул легкие войска через реку Пинар так, чтобы они могли угрожать противнику с фланга и тыла. Данные античных источников, согласно которым великий царь при Иссе располагал в общей сложности многими сотнями тысяч человек, вызывают у современных историков скептическое отношение, хотя они и не могут точно скорректировать эти данные; скорее всего можно говорить о двух-трехкратном превосходстве персов.

Александр ответил противнику тем, что в последний момент и, очевидно, незаметно для персов, укрепил находившееся под угрозой левое крыло всей фессалийской конницей. В центре находились фаланги тяжеловооруженных пеших македонян и соединения гипаспистов. Для себя и для своих конных сопровождающих Александр выбрал правый фланг, как он делал это и при Гранике. Его план был следующим: мощной молниеносной атакой с фронта разрушить боевое построение противника и внести сумятицу в его ряды, прежде чем все еще превосходящие силы конницы правого вражеского фланга смогут добиться решающего успеха. Пешие греческие войска были поставлены вторым эшелоном за передовыми рядами, два меньших соединения легковооруженных воинов и всадников должны были охранять войско от неожиданного нападения специально выдвинутого персидского отряда.

Чтобы раньше, чем нужно, не нарушить боевое построение, Александр шагом продвигался вперед, пока не оказался в пределах досягаемости вражеских стрел. Тогда он бросил свою конную гвардию в стремительную атаку через реку и с большой силой опрокинул левый фланг противника. Тот пустился в бегство. Однако атака нарушила единство с центром, с македонской фалангой, и в образовавшуюся брешь ринулись греческие наемники Дария, верно оценившие благоприятный момент. Начался тяжелый бой, и много македонян пало, прежде чем Александр после короткого преследования отступающих кардаков вернулся и ударил во фланг наемников. Однако тем временем правый фланг персов захватил пространство у морского побережья, и исход битвы был бы еще неясен, если бы Дарий, из-за событий в центре своих войск, не посчитал ее проигранной. Спасаясь, он покинул поле боя. Быстро распространившееся известие о бегстве великого царя вызвало столь же быстрое и полное расстройство его армии. Лишь два соединения, состоявшие в основном из испытанных в боях греческих наемников, смогли отступить, сомкнув ряды, остальные были повержены или полностью рассеяны. Вместе гигантским обозом после битвы в руки победителю попали жена, мать и трое детей бежавшего Дария. Согласно свидетельству достоверных источников, Александр сообщил плененным женщинам, что Дарий жив, и обеспечил им царское обращение — ведь война, по его мнению, велась не из личной вражды, а «законно», за господство над Азией. Более поздние авторы считают личную встречу Александра с царственными дамами очевидной легендой, относя ее к тому литературному приукрашиванию, коим вскоре начали облекать деяния Александра.

Спустя некоторое время после битвы при Иссе состоялся обмен письмами, дошедшими до нас, которые проливают свет на положение, создавшееся вследствие великой победы Александра. Дарий сделал первый шаг. Считаясь с новыми обстоятельствами, он снизошел до того, чтобы, как «царь от царя», потребовать выдачи плененных родственников и предложить заключение договора о дружбе и союзе. В ответном письме Александр подчеркнул, что не он, а Дарий и его предшественники начали творить несправедливость, и особо выделил, что сам он пришел в Азию в качестве избранного военачальника эллинов, призванного отомстить персам за все их злодеяния. Царь заявил Дарию: «Поскольку я теперь владыка всей Азии, приходи ты ко мне… Когда же ты ко мне придешь, то проси о выдачи матери, супруги и детей и что тебе еще дорого, и ты это получишь. Ибо то, о чем ты просишь, будет тебе предоставлено. И если ты еще в будущем ко мне обратишься, то посылай ко мне как к царю Азии, а не как к тому, кто равен тебе, и твои желания излагай мне как владыке всего того, что некогда было твоим; в противном случае я буду считать это обидой для себя и соответственно обходиться с тобой. Если же у тебя другое мнение в отношении царского владычества, то ожидай меня и борись за него, а не беги. Я, со своей стороны, выступлю против тебя, где бы ты ни был».