1956 —две кинороли: Градова в фильме А. М. Рыбакова «Дело № 306», Родионова в фильме Ю. П. Егорова «Они были первыми». Смерть первой жены Паолы (П. С. Линецкой).

Август— присвоение звания заслуженного артиста РСФСР.

1957 —роль Огонька в фильме В. Н. Сухобокова «Ночной патруль» и роль летчика-испытателя Ануфриева в фильме А. М. Рыбакова «Цель его жизни».

1958 — начало 1959 —кампания травли М. Н. Бернеса в печати, заведение и закрытие сфабрикованного «уголовного дела», драматическая полоса, творческий простой, длившийся до начала 1960-х годов.

Начало 1960-х— формирование собственного концертного песенного репертуара, творческое содружество с композиторами Б. Мокроусовым, В. Соловьевым-Седым, Э. Колмановским, А. Эшпаем, Я. Френкелем, О. Фельцманом, М. Фрадкиным и др.; поэтами К. Ваншенкиным, Е. Винокуровым, Н. Доризо, Р. Гамзатовым, К. Кулиевым, Е. Евтушенко, М. Матусовским и др. Концертная деятельность в разных городах страны, а также выступления в Югославии, Польше и других странах. Туристические поездки во Францию, Англию.

1960, сентябрь— знакомство с будущей второй женой Лилией Михайловной Бодровой. Начало новой семейной жизни. Впервые исполнил на концерте мюзик-холла в Лужниках песню Матвея Блантера на стихи Михаила Исаковского «Враги сожгли родную хату», что стало возрождением этой песни.

1962— эпизодическая роль пассажира в фильме старого друга, режиссера П. Арманда, автора слов и музыки песни «Тучи над городом встали», «Чертова дюжина».

1963— роль шофера Гиля в телефильме Ю. М. Вышинского «Аппассионата»; роль Прошина в фильме В. А. Азарова «Это случилось в милиции».

1965, ноябрь —присвоение звания народного артиста РСФСР. Год 20-летия Победы в Великой Отечественной войне, исполнение в телепередаче песни «Враги сожгли родную хату». Начало борьбы Исаковского и Бернеса (в ответ на требование народа) за выпуск грампластинки с записью этой песни.

1967 —последняя роль в кино — полковника Караваева в фильме В. Я. Мотыля «Женя, Женечка и „катюша“».

1969 —работа над созданием песни «Журавли», запись ее незадолго перед кончиной.

1969, 16 августа— скончался М. Н. Бернес в Москве после тяжелой болезни. Похоронен на Новодевичьем кладбище.

1993— за выдающиеся заслуги в области отечественного искусства имя Бернеса увековечено в Москве на Площади Звезд.

1995— присвоение астрономами одной из малых планет имени Бернеса (звезда «3038 — Bernes»).

1996— открытие мемориальной доски в Москве на Малой Сухаревской площади, на доме, в котором М. Бернес жил и работал с 1954 по 1969 год.

2003 —присуждение М. Бернесу премии «Киноватсон» (посмертно) «За выдающийся вклад в музыку кино».