Царица-мать приняла живое участие в устройстве Анзерского скита, послав щедрые дары. Патриарх благословил устройство обители. Ко времени возвращения Иринарха на Соловки возле Елеазара собралось уже около десяти братий, искавших истинно духовной жизни. Вскоре храм на Анзере был основан. В устройстве его принимал участие и сам игумен Иринарх.

После кончины игумена в 1629 году Соловки перестали помогать Анзерскому скиту. Но преподобный Елеазар был вызван в Москву, где с ним беседовал сам царь, пообещавший не оставлять скита. Так на Анзер полились милости царской семьи после того, как Соловки прекратили помощь.

Вскоре царь Михаил Федорович обратился к преподобному Елеазару с просьбой: молиться о даровании наследника престола. Преподобный был вызван в Москву и помещен в Чудовом монастыре. В положенное время у царя действительно родился наследник, будущий царь Алексей Михайлович. Радости венценосного отца не было предела. Он стал предлагать преподобному богатые дары и высокий сан. Однако преподобный пожелал возвратиться на Анзер. Царь согласился и дал грамоту, по которой Анзерский скит был отписан от Соловецкого монастыря. Теперь суровый остров целиком поступал в ведомство царской семьи. Строителей и скитоначальников предполагалось впредь выбирать из скитской братии.

В 1633 году на Анзер напали разбойники. Узнав о нападении, царь велел воеводам Двинскому и Сумскому охранять остров. В 1648 году молодой государь Алексей Михайлович грамотой приказывает Соловецким инокам помочь в постройке храма во имя Пресвятой Богородицы на Анзере. В 1649 году преподобный Елеазар снова путешествует в Москву для беседы с царем. По возвращении соловецкие иноки, движимые завистью, арестовали преподобного Елеазара. Некоторое время он провел в темнице, в оковах. В темнице преподобный вел примерно тот же образ жизни, который вел и в скиту. Он молился обычным чином, вкушал понемногу хлеба и воды, никого не обвиняя и не осуждая. Выпустили старца по настоянию Двинского воеводы и преподобного патриарха Никона, который был учеником Елеазара. Последние года его жизни протекли в мире и покое. Он смог увидеть, как расцвел Анзерский скит, его детище.

Внутренний распорядок Анзерского скита напоминал распорядок древних скитов Египта и Палестины. У каждого из братии была своя келья, своя пища и свое особенное духовное делание. Дважды в неделю братья собирались в храм для богослужения: в субботу и в воскресенье. С вечера в субботу начиналось чтение Псалтыри, Священного Писания и канонов. Затем, после небольшого отдыха, начиналась утреня, а потом, уже ближе к утру, Божественная литургия. Во время богослужения происходило и исповедование помыслов духовникам, как это принято в других обителях.

Преподобный Елеазар Анзерский происходил из купеческой семьи и не получил сколько-нибудь значительного образования. В течение жизни он приобрел знания, позволившие ему стать наравне с самыми образованными людьми своего времени. Однако преподобный Елеазар не стремился к известности. А мирские науки ставил гораздо ниже науки спасения души. Но в последней он был настоящим художником. Он был для скитской братии тем же, чем мастер — для подмастерьев.

Один из учеников преподобного Елеазара, Никифор, был очень молод. Однако он смог только три года прожить на Анзере, а потом преставился. Преподобный по смерти своего ученика молился Богу, чтобы тот открыл ему загробную участь Никифора. Даже за гранью смерти духовный отец не оставил своего сына. И во время молитвы было извещение, что молодой подвижник наследовал жребий праведных.

Среди учеников преподобного Елеазара был и будущий патриарх Никон. Во время проживания Никона в скиту преподобный Елеазар велел ему написать образ Спасителя. Образ этот был укреплен на воротах скита. Через некоторое время было замечено, что молитвы, принесенные перед этим образом, бывают скоро услышаны. Никон довольно долго пробыл на Анзере, но затем покинул скит. Причиной называют размолвку с братией. Однако летописи сохранили свидетельства о том, что между старцем Елеазаром и патриархом никогда не прерывалось сообщение. Преподобный принимал дары от Никона и до конца дней своих помогал ему духовным советом.

В XVII столетии, после начала раскола, распространилась следующая легенда. Преподобный Елеазар провидел в Никоне антихриста, врага церкви. И потому выгнал его из Анзерского скита. Удивительно, что этот старец пользовался даже любовью раскольников. По этой легенде Елеазар Анзерский — прозорливый монах, истинный православный христианин, а Никон — враг православия. Симпатии раскольников особенно привлекал телесный подвиг: посты, поклоны, долгие молитвы. Видимо, жизнь преподобного Елеазара вполне соответствовала представлению раскольников о святом старце и духовном наставнике.

Жизнь преподобного окружена многочисленными рассказами о чудесах, происшедших по его молитвам. Вот один из них. Во время строительства храма на Анзере, весной, преподобный Елеазар со спутниками вез кирпич с Соловков на Анзер. Ледоход уже начинался, и путь был особенно опасным. Однако медлить было нельзя. Старец благословил дорогу. В пути подводы с кирпичами едва не попали во льды. Но чудесным образом избегли страшной участи, спасаемые молитвой старца.

Пришло время бывшему резчику показать себя и в искусстве иконописи. Однажды преподобный услышал голос Христа. Господь велел написать Его Образ. Преподобный, весьма искушенный в том, какие козни могут устраивать демоны, оставил просьбу без ответа. Он посчитал, что это наваждение. Только усилил молитву. Через некоторое время вновь раздался в его сердце тот же голос. На этот раз сердце подвижника озарилось радостью. Он тут же послал на Соловки за иконописцем Памвой, и образ был написан. Конечно, писали его руки искусного мастера. Но вдохновителем этого труда был сам