Неприятности все-таки настигли Николая Васильевича еще в Родниках: он не был арестован, но в 1928 году, как вспоминает Борис Николаевич, «преподаватель-обществовед некто Мокшанова, жена „ответработника“ Родниковского горсовета, работавшая в школе, где отец был завучем, написала на него кляузу о том, что он пренебрежительно относится к урокам обществоведения и вообще является подозрительной личностью, поскольку сплотил весь учительский коллектив вокруг себя, беспартийного, и пользуется очень большим авторитетом. К тому же он сын служителя культа. Решением городских властей отец, несмотря на протест учительского коллектива, был снят с должности заведующего учебной частью, и ему было предложено ограничиться преподаванием русского языка и литературы».

В 1939 году Борис Николаевич поступил в Ленинградский горный институт. Однако в учебе пришлось сделать перерыв — с первого курса он был призван на службу в Красную Армию. Закончил полковую школу, получив звание сержанта, и уже собирался вернуться в институт, когда началась война. Сохранилась фотография Бориса в военной форме с треугольничками сержанта на воротнике гимнастерки, с его теткой, сестрой отца, сделанная в 12 часов 22 июня 1941 года, за два часа до того, как они узнали о войне.

С 1941 по 1945 год во время Великой Отечественной войны Б. Н. Малиновский прошел Северный, Западный, Калининский, Северо-западный, Степной, Центральный, 1-й Белорусский, 3-й Прибалтийский фронты. В конце войны оказался в Финляндии на военно-морской базе Порккала Удд. Войну встретил сержантом, командиром отделения разведки в артиллерийской части, закончил старшим лейтенантом, командиром артиллерийской батареи. Звание офицера было присвоено на фронте, без подготовки в военном училище.

Еще в начале войны, во время боев под Москвой, Малиновский был ранен в плечо. Осколок прошел рядом с сонной артерией. В 1943 году, на фронте вступил в партию. В 1944 году был ранен вторично. Демобилизован в августе 1945 года по состоянию здоровья. За участие в войне был награжден орденами Красной Звезды, Отечественной войны I и II степеней, медалью «За боевые заслуги», медалями «За оборону Москвы», «За победу над Германией», получил ряд благодарностей командования за успешные боевые действия при освобождении оккупированных городов.

Борис и тетя Паля, 12:00 22.06.1941

Борис (в центре) и Лев Николаевич Малиновские с отцом. Пушкино, 1940 год

На войне погиб старший брат Лев. В своих книгах Б. Н. Малиновский часто вспоминает о нем: «15 декабря 1988 г. […] 45 лет назад в этот день погиб Лева — Лев Николаевич Малиновский, мой старший брат. Он был танкистом, командиром Т-34. Это — страшная на войне должность. Пожалуй, самая тяжелая. Танки шли впереди. Их бомбила авиация, подбивали орудия, увечили противотанковые мины. Потери у танкистов в дни больших боев были больше, чем в пехоте. Часто они гибли заживо сожженные прямо в танке — выбраться из мгновенно охваченной огнем машины помогало только чудо.[…] Посмертно был награжден орденом Отечественной войны степени. Ранее — степени.

Родители сообщили мне о похоронке на Леву через 4 месяца. „Незаживающая рана кровоточит“, — писал отец мне на фронт. У меня она кровоточит до сих пор. Я очень любил брата — он был весь в отца: почти 2-метрового роста, добрый до бесконечности, мастер на все руки. Сколько раз защищал он меня в мальчишестве, когда дело доходило до драки. Погиб, прожив 24 года и 13 дней. Говорят, дети, похожие на отцов — несчастливы. Так и получилось. Во мне больше материнских черт. Отцовские проступают сейчас, со временем.

Отец и мать любили и берегли друг друга, очень любили нас, детей. Судьба обошлась с ними жестоко. Первенец Костя умер от скарлатины, не прожив 2-х лет. Следующий сын — Лева — погиб на войне. Елена, родившаяся после меня, окончившая институт в тяжелые годы войны, защитившая через несколько лет кандидатскую диссертацию, умерла мученической смертью на руках у матери в феврале 1958 года от саркомы грудины. Жизнь ушла из нее за месяц. Сохранилась тетрадь, где она писала то, что хотела сказать папе, маме, мне. Говорить не могла.

Помню, когда узнал, что Лева погиб, — подумал: „Вот меня убьет, и прекратится род Малиновских“. Отец с матерью об этом, а точнее, обо мне в те военные годы тоже много думали, переживали».

Октябриса Николаевна Малиновская (Аккуратнова), 1947 год

Б. Н. Малиновский вспоминает о своих взглядах в то время: «После демобилизации я приехал домой под впечатлением великой Победы в войне, уверовавшим в непогрешимость великого вождя и человека Сталина. И такими были большинство моих сверстников. Это не было случайностью. В годы войны мы убедились: что то, что говорит Сталин — все исполняется, и это было сильнее любой пропаганды.