В мае 1991 г. против Новодворской было возбуждено уголовное дело за призывы к насильственному свержению государственного строя. Освобождена 23 августа 1991 г. «в связи с изменением обстановки в стране».

Летом 1992 г. президент Грузии Звиад Гамсахурдиа предоставил Новодворской грузинское гражданство, одновременно назначив ее своим советником по правам человека.

В конце 1992 г. Новодворская и часть членов ДС создали организацию «Демократический союз России» (ДСР).

В сентябре 1993 г. после указа президента Бориса Ельцина о роспуске ВС РФ была первой, кто поддержал этот указ. Организовывала митинги в поддержку президента.

В октябре 1993 г. участвовала в учредительном съезде блока «Выбор России». Собиралась баллотироваться в г. Иваново, но не успела собрать необходимое число подписей.

19 марта 1994 г. Краснопресненская прокуратура начала проверку деятельности Валерии Новодворской по ст. 71 и 74 УК РФ («Пропаганда гражданской войны» и «Разжигание межнациональной розни»).

В июне 1994 г. участвовала в учредительном съезде партии «Демократический выбор России».

27 января 1995 г. Генеральной прокуратурой РФ было возбуждено уголовное дело из-за статей Новодворской, опубликованных в газете «Новый взгляд» в 1993–1994 гг.; 8 августа 1995 г. прокуратурой Центрального округа Москвы дело было прекращено за отсутствием в действиях обвиняемой состава преступления.

14 августа 1995 г. Московская городская прокуратура возбудила очередное уголовное дело против Новодворской. Поводом послужила листовка, написанная ею к пикету ДСР 8 апреля. Дело было передано в Останкинскую прокуратуру, которая не нашла в листовке состава преступления.

В декабре 1995 г. на выборах в Госдуму пятого созыва Новодворская вошла в избирательный список Партии экономической свободы. Кроме этого, она зарегистрировалась в одномандатном округе № 192 г. Москвы. Выборы проиграла.

11 марта 1996 г. Московская городская прокуратура отменила решение прокуратуры Центрального округа Москвы от 8 августа 1995 г. о прекращении дела в отношении Новодворской. Дело было направлено для повторного расследования в прокуратуру Северо-восточного округа Москвы. 10 апреля 1996 г. Валерии Новодворской было предъявлено обвинение по ст. 74, ч. 1 («Умышленные действия, направленные на разжигание национальной розни»).

Весной 1996 г. перед выборами президента РФ поддерживала кандидатуру Григория Явлинского. После первого тура выборов вместе с Демократическим союзом России предложила лидеру «Яблока» «немедленно и без всяких условий отдать голоса своих сторонников Борису Ельцину».

22 октября 1996 г. Московский городской суд отправил дело Новодворской на доследование, рекомендовав следствию ознакомиться «с другими ее выступлениями». На думских выборах в 2003 г. получила 14 430 голосов в Медведковском округе Москвы (5,78 % их общего числа).

Валерию Хатюшину следовало бы задуматься, почему в нынешней демократической России всё время да кого-то не любят. То ведут уж какой год непрерывную войну с чеченскими боевиками, то вооружают на Ближнем Востоке террористов, чтобы они имели чем стрелять по Израилю, то выселяют неугодных молдован с Москвы, как нелегалов, а сейчас взялись за грузин… Ведущие горе-политики считают, что все малые народы склонны к преувеличению своей роли в истории — неважно кто они, грузины, осетины или осточертелые евреи. Для них всё равно, главное найти виновного и расправиться с ним, чтобы он надолго запомнил, из какого рода-племени он происходит, и не совал бы своего носа в чужие дела. А если он до этого времени еще не всё понял, так надобно ему как это следует разъяснить…

Поздним вечером 5 марта 2012 г. в ресторан волоколамского ночного клуба «Вечерний звон» забрело пожилое лицо кавказской национальности, явно не стесненное в средствах. Сохраняя на лице выражение глубокой скорби, кавказец торжественно прошествовал к свободному столику, стоявшему под картиной работы местного художника «Разгром американцев под Багдадом», неторопливо уселся и печальным голосом заказал сациви, чахохбили, хинкали, порцию шашлыка и бутылку коньяка «Енисели». Впрочем, он без возражений тут же удовольствовался более привычными для завсегдатаев ресторана салатом оливье, жюльеном, пельменями «Юбилейные», осетриной на вертеле и коньяком «Курвуазье» по 3700 рублей за бутылку.

Последнее обстоятельство вызвало особое негодование у волоколамского мецената Анатолия Байстрюкова, сидевшего с приятелями за соседним столиком. «В чужой дом вперся, а ведет себя как белый человек, — возмутился он, порываясь встать из-за стола. — Сейчас я его хорошим манерам научу». Однако приятели Байстрюкова удержали мецената от преждевременного развлечения: «Брось, Толян, давай сначала еще бутылку разопьем, а потом вместе черного поучим».

Между тем кавказец, выпив несколько рюмок «Курвуазье» и брезгливо закусив пельменями, поник головой и негромко затянул на своем языке заунывную песню, в которой часто повторялось слово «Сулико». Такое поведение смахивало уже на прямой вызов. Байстрюков решительно встал и подсел к нарушителю спокойствия. Тот поднял голову, и тут Байстрюков с изумлением заметил, что по лицу кавказца торжественно сползают к седеющим усам крупные слезы.

— Ты чего, мужик, у тебя что, помер кто-то? — сочувственно спросил меценат, борясь с естественным желанием дать кавказцу в морду.

— Нэ помэр, дарагой. Нэ помэр, а скончался, — назидательно ответил кавказец, не переставая плакать. — Про вэликого чэлавэка так нэлзия гаварит — помэр.

— Так кто скончался-то? — поинтересовался заинтригованный Байстрюков.

— Сталин скончался. Сталин! Как раз в этот сами дэн, пиятого марта скончался в пиятдесят трэтием году, ты что, совсэм нэ знаэш? — изумился кавказец.