МПЛА начало наступление в мае 1966 г. на востоке, действуя со своих баз в Замбии. Этот удар был неожиданным для португальцев, повстанцам удалось продвинуться в глубь ангольской территории, дойдя до Луэны. Вторая колона МПЛА, двигавшаяся на Маланге, была остановлена и разбита. Колониальным войскам удалось стабилизировать ситуацию на востоке Анголы.

Кризис в руководстве МПЛА в начале 1970-х гг. практически свел на нет партизанскую активность движения. Противоречия между лидером МПЛА Агостиньо Нето и командующим Восточным фронтом Даниелем Чипендой, провели к распаду фронта на два независимых сектора — северный (МПЛА) и южный (отряды Чипенды). Впоследствии Чипенда и его сторонники вошли в ФНЛА и снова присоединились к МПЛА только в 1992 г.

Свою первую атаку против португальских войск бойцы Фронта освобождения Мозамбика ФРЕЛИМО провели 24 сентября 1964 г. в провинции Кабо Дельгадо. Португальские части несли серьёзные потери, однако ограниченная численность контингента не позволяла нейтрализовать партизанскую активность, повстанцы продолжали расширять зону своих операций. К тому же 50 % всех сил метрополии было задействовано на охране строительства плотины гидроэлектростанции Кабора Баса, которое было закончено в 1974 году.

Серьёзную помощь португальским войскам оказывала армия Южной Родезии. Часто её подразделения действовали на территории Мозамбика самостоятельно. Здесь, как и в Анголе, были сформированы различные спецподразделения контрповстанческой борьбы, особенно выделялись специальные десантные группы, личный состав которых полностью был из чернокожих солдат-добровольцев.

ФРЕЛИМО получал военную помощь не только от Советского Союза, но и Китая. Тренировочные базы фронта находились в Танзании. Бойцы ФРЕЛИМО проходили подготовку в СССР в учебном центре в Перевалочном (Крым). Особенно значительное влияние на ход боевых действий на заключительном этапе войны оказали поставки советских ПЗРК «Стрела-2М».

Крупнейшей кампанией этого конфликта и всей португальской колониальной войны стала операция «Гордиев узел» 1970 года. Цель — уничтожение баз ФРЕЛИМО на севере страны и перекрытие партизанских маршрутов из Танзании. Операция длилась семь месяцев, к участию в ней было привлечено фантастическое для португальской армии количество военнослужащих — 35 тысяч. Спланировавший и проведший операцию командующий войсками в Мозамбике бригадный генерал Каулза де Ариага потребовал и получил от Лиссабона ударные вертолёты, а также дополнительно три тысячи бойцов.

Тактически португальцы использовали атаки воздушной кавалерии на небольшие лагеря партизан, большие базы сначала обрабатывала артиллерия и штурмовая авиация, затем их атаковали механизированные колонны, фланги которых прикрывали кавалерийские подразделения. Значительное внимание уделялось координации действий всех видов войск. Впрочем, операция закончилась без очевидной победы.

Повстанцы попытались использовать то, что колониальные войска были стянуты для операции почти со всего Мозамбика и стали наносить удары в «оголённых» провинциях. В июле 1972 г. они начали боевые операции в провинции Моника и Сафала — экономическом «сердце» колонии. Попытки португальского командования ликвидировать этот фронт были безуспешны.

Впрочем, начавшийся сезон дождей прекратил операцию, и повстанцы получили возможность восстановить силы. К 1974 г. военную ситуацию в Мозамбике можно было бы оценить как боевую ничью. 7 сентября 1974 г., когда в Лусаке было подписано мирное соглашение, белые поселенцы попытались силой предотвратить создание Переходного правительства, но путч провалился, в первую очередь из-за того, что Родезия не прислала ожидаемые войска.

В этом заморском департаменте Португалии военные успехи метрополии были более чем скромны. Бойцы партии ПАИГК (Африканская партия независимости Гвинеи и Кабо- Верде) атаковали в январе 1963 г. штаб португальских войск в Тите близ столицы страны Биссау. Постепенно ПАИГК развернула боевые действия по всей стране.

Португальские войска ушли в глухую оборону, защищая города и свои базы, и тем самым отдали инициативу противнику. В итоге португальская пехота несла потери от бесконечных атак, что серьёзно сказывалось на боевом духе частей, а партизаны, наоборот, на фоне успехов приобретали все больше сторонников. Под контролем ПАИГК к 1967 г. оказалось 2/3 территории Гвинеи-Бисау.

Военный губернатор Гвинеи-Бисау генерал Антонио де Спинола провёл в конце 1960-х годов ряд реформ, несколько исправив ситуацию. Наиболее важным было формирование амфибийных частей. Это резко повысило мобильность войск, учитывая, что театр военных действий характеризовался обилием речек и болот, а также неразвитой инфраструктурой. На острие атаки в амфибийных операциях всегда действовали фузилеры — специальные штурмовые части морской пехоты. Ещё одно чисто гвинейское спецподразделение — Африканские коммандос, полностью укомплектованное африканцами, в том числе и офицерский состав. Во время боевых действий стали использоваться напалм и дефолианты.