В многовековой истории обители выделяется также событие, именуемое «Соловецким сидением» (1668 -1676), Это восстанием иноков против церковных реформ, непродуманно проводившихся Патриархом Московским и всея Руси Никоном при поддержке царской власти. Вооруженное сопротивление царскому войску, продолжавшееся восемь лет, завершилось поражением монахов, что привело к разорению монастыря. Посещение обители Петром I (1694, 1702) стало свидетельством прощения опального монастыря.

В середине XVIII века серьезные изменения претерпело монастырское хозяйство. В 1764 году по высочайшему указу, так называемым «екатерининским штатам» в государственное владение перешли многие церковные и монастырские земли. Число монахов в обителях было строго регламентировано светскими чиновниками. Такие реформы и вмешательства государства в церковную жизнь оказали сильное подрывное действие на Православие в России. Однако, для Соловецкой обители такие нововведения имели и положительные стороны. Государство, взяв в свое управление соловецкие вотчины, приняло на себе обязанность защищать обитель и весь северный край от неприятеля.

В 1765 году монастырь становится ставропигиальным, то есть из епархиального подчинения переходит в ведение Святейшего Синода, позднее лично патриархам, что и продолжается по настоящее время. В 1777 году было предпринято строительство каменной колокольни, а в 1798 году возведена больничная церковь во имя святителя Филиппа. В XIX веке новый каменный храм, возведенный на месте деревянного, изменил архитектурный облик обители; в 1834 году завершено строительство церкви святителя Николая.

Монастырь не избежал суровых испытаний и военного времени. В1854 году, когда Россия переживала трагические события Крымской войны, древние крепостные стены выдержали нападение с моря англо–французской эскадры. Оборону монастыря возглавил тогда мужественный архимандрит Александр (Павлович).

В 1858 году монастырь посетил император Александр II. В свите государя были великие князья, дипломаты, писатели и художники. Они с изумлением осматривали древние реликвии, богатую ризницу, искусную церковную утварь, величественные храмы, образцовое монастырское хозяйство. В связи с увеличением количества паломников в 1859 году был сооружен Свято-Троицкий собор (убранство интерьеров завершено в 1862 году). Именно здесь покоились в раках святые мощи Соловецких чудотворцев Савватия и Зосимы. Над святыми мощами преподобного Германа вместо часовни, существовавшей с XVIII века, построена в 1860 году и освящена в его честь церковь.

В начале XX века монастырю принадлежали 6 скитов и 3 пустыни. На Соловках было 19 храмов с 30–ю престолами и 30 часовен. В обители существовали: училище для детей поморов — «безбрадых трудников», Братское богословское училище, метеостанция, радиостанция, гидроэлектростанция, литография, ботанический сад. Некоторое время работала здесь биостанция — первое научное учреждение на Беломорье. Монастырь содержал на архипелаге около тысячи богомольцев–трудников, работавших во славу Божию, то есть безвозмездно, и несколько сот наемных рабочих. Обитель могла принять множество паломников, число которых достигало 15 тысяч в год. Перевозки по морю осуществлялись монастырскими пароходами. Богомольцы стремились к древним святыням, обретая на соловецкой земле душевное умиротворение и покой. Паломников приводило в умиление молитвенное усердие иноков и весь уклад повседневной жизни обители. Соловецкий патерик повествует: «С той минуты, как утром, среди ночной тишины, раздается в обители звук колокола, призывающий на утреннее молитвословие, вседневная жизнь соловецкого инока представляет постоянную смену молитвы и труда» (1, с. 7).

В целом, уклад соловецкой монашеской жизни, который складывался веками, особый и неповторимый. Его главные и характерные черты выковались в собственно: Соловецкий устав, соловецкий распев в богослужении, соловецкие традиции книжного и иконного письма.

Стены монастыря остались немыми свидетелями и того страшного времени, когда в 20–е годы XX века на месте закрытого монастыря был устроен Соловецкий лагерь особого назначения. Среди тех, кто был здесь умучен за свое действительное или мнимое инакомыслие, тысячи новомучеников и исповедников Православия, свидетельствовавших даже до смерти о своей вере в Воскресшего Христа. Соловки — это святая земля России, где каждый метр освящен молитвами преподобных, трудовым подвигом братии и полит кровью новомучеников и исповедников Российских в XX веке.

Молитвами Соловецких чудотворцев Савватия, Зосимы и Германа, всех святых, на земле соловецкой просиявших, неугасимая лампада – Спасо-Преображенский Соловецкий монастырь — ныне вновь согревает теплом молитвы и освещает светом подвижничества северные просторы.

25 октября 1990 года Священный Синод Русской Православной Церкви благословил новое открытие Зосимо–Савватиевского Соловецкого ставропигиального мужского монастыря. С той поры возобновлено традиционное соловецкое богослужение, непрерывно умножается соловецкая монашеская братия, продолжают восстановливаться храмы и скиты. Благословением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II от 7 апреля 1995 года, в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, восстановлен исторический титул обители: «Спасо-Преображенский Соловецкий ставропигиальный мужской монастырь». Если в 20–е годы минувшего столетия слово «Соловки» звучало зловеще, то теперь сюда тянутся многие сотни паломников из различных уголков нашего многострадального Отечества и зарубежья. Это свидетельствует о том, что Бог поругаем не бывает. Святейший Патриарх Алексий II сказал: «Окруженный суровым морем, возрождающийся ныне Соловецкий монастырь можно уподобить кораблю, рассекающему волны «житейского моря» и тем самым являющему собой образ Вселенской Церкви — Церкви спасающей».

Собор Соловецких святых, то есть память всех святых Божиих угодников, просиявших на Соловецкой земле, торжественно празднуется Святой Православной Церковью ежегодно 9/22 августа.

Преподобный Савватий († 1435) издревле чтится в Православной Церкви святым первоначальником иноческого жительства на Соловецком архипелаге и Божиим чудотворцем.

Много времени прошло с той поры, когда богоносный Савватий проводил на Большом Соловецком острове свою святую, поистине ангелоподобную жизнь, поразившую его современников. Подробным жизнеописанием святого Савватия Церковь в настоящее время не располагает. Да и вряд ли во всех подробностях оно имелось ранее. Тем не менее, принимая во внимание тот колоссальный духовный импульс, который был задан этим Божиим угодником на многие столетия вперед и духовные «масштабы» его небесного попечения о многих членах земной воинствующей Христовой Церкви, а в первую очередь, его небесное покровительство соловецкой братии, преподобного Савватия можно с уверенностью отнести к числу немногих, столь выдающихся отечественных святых. Имя святого Савватия стоит в ряду таких столпов отечественного подвижничества, как преподобный Сергий Радонежский, преподобные Сергий и Герман Валаамские, преподобный Александр Свирский, преподобный Иов Почаевский и некоторые другие, знаменитые и почитаемые основатели известнейших святых иноческих обителей.

Отсюда, даже при скудости конкретных сведений о жизни подвижника, из некоего обобщенного духовного портрета столпов монашества той поры, которым Савватий подобен по свойству подвига, напрашивается вывод, что он был одарен особой врожденной религиозностью, получил абсолютно верные и весьма основательные уроки христианского подвижничества и стал достойным продолжателем исихастской практики священного безмолвия или умного делания на севере Руси.

В широком понимании исихазм (по-гречески: покой, безмолвие) — это стержень всего христианского учения о спасении и совершенстве. Исихастская практика, зародившаяся вместе с христианством, составляет сущность подвига анахоретов, то. есть подвижников–отшельников всех эпох в истории Церкви и известна в пределах всего православного мира, особенно на Востоке. Исихазм — это не только метод, дающий возможность достижения состояний бесстрастия, стяжания даров Святого Духа и обожения, — это, прежде всего, жизненный принцип, оформившийся еще в Византии в целое культурно-общественное движение и распространившийся оттуда во всю Восточную Европу и сначала на Киевскую, а затем и на Московскую Русь.