Для премьер-министра подобная реакция не была неожиданной; он, зная о преобладающих политических пристрастиях втородумцев, не питал радужных надежд. Однако речь свою составил в деловом, конструктивном тоне, лишенном полемической риторики. Спокойно и обстоятельно обрисовал главные пункты программы правительства и очертил основные направления дальнейшей деятельности на пути превращения России в правовое государство. П. А. Столыпин считал, что главными в комплексе проводимых мер являются законы об устройстве быта крестьян. На рассмотрение Государственной Думы были вынесены все те решения власти, которые реализовались в форме царских указов в соответствии со статьей 87 Основных Законов.

Вниманию депутатов были предложены и некоторые законопроекты более общего характера, вытекающие из положений Манифеста 17 октября 1905 года: о веротерпимости, о пересмотре временных правил о печати, о равноправии всех граждан, о неприкосновенности личности, о реорганизации местного самоуправления, о реформировании суда, о пересмотре рабочего законодательства и некоторые другие. Заканчивая свое выступление, глава кабинета сказал: «Изложив перед Государственной Думой программу законодательных предположений правительства, я бы не выполнил своей задачи, если бы не выразил уверенности, что лишь обдуманное и твердое проведение в жизнь высшими законодательными учреждениями новых начал государственного строя поведет к успокоению и возрождению великой нашей родины». Но приглашение к сотрудничеству услышали во Второй Думе лишь немногие.

Несмотря на враждебный характер многих думских речей, П. А. Столыпин за три с небольшим месяца существования Второй Думы неоднократно выступал перед депутатами, стараясь пояснить позицию правительства. Особой заботой и попечением премьера пользовалась аграрная программа. Он неустанно повторял, что уравнительные тенденции, насильственное перераспределение земли аграрного вопроса не решит, что административное отчуждение земли приведет не к благополучию в этой области, а к непредсказуемым социальным потрясениям, что правительство не намерено насильно разрушать общину и общинный уклад, оно лишь создает условия, позволяющие отдельному крестьянину выбирать способ ведения хозяйства.

Выступая 10 мая 1907 года, П. А. Столыпин заметил: «Пробыв около 10 лет у дела земельного устройства, я пришел к глубокому убеждению, что в деле этом нужен упорный труд, нужна продолжительная черная работа. Разрешить этого вопроса нельзя, его надо разрешать. В западных государствах на это потребовались десятилетия. Мы предлагаем вам скромный, но верный путь. Противникам государственности хотелось бы избрать путь радикализма, путь освобождения от исторического прошлого России, освобождения от культурных традиций. Им нужны великие потрясения, нам нужна великая Россия!»

В Третьей Государственной Думе правительство, как уже говорилось выше, имело солидную поддержку, которую обеспечивали октябристы и националисты. Лидер октябристов А. И. Гучков несколько лет был ближайшим союзником П. А. Столыпина. Кадетская партия в этот период тоже заметно поправела. Некоторые видные представители интеллигенции вообще публично отмежевались от левого крена в стратегии и тактике российского либерализма, стали практически оценивать революцию. В 1909 году группа публицистов и общественных деятелей кадетского и «околокадетского» толка издала сборник «Вехи», отразивший эти умонастроения.

Первая сессия Третьей Государственной Думы прошла в атмосфере спокойной работы, в духе взаимопонимания с правительством. Отдельные попытки левых и кадетов разжечь конфликты по некоторым малозначительным поводам окончились неудачей, так как большинство не хотело конфронтации с властью. В центре работы Думы оказался аграрный вопрос. Перво-наперво надлежало утвердить указ от 9 ноября 1906 года, вступивший в силу с 1 января 1907 года. Одобренный и дополненный думской земельной комиссией, он начал обсуждаться на общей сессии 23 октября 1908 года. Записалось выступать 213 депутатов — около половины всего депутатского корпуса. Если бы не факт реального существования указа, было бы мало надежд на то, что законопроект удастся быстро провести через Думу. Многие из числа правых являлись противниками аграрного переустройства и в конечном итоге голосовали «за», желая поддержать решение монарха.

Выступая перед Думой 5 декабря 1908 года, премьер-министр сказал: «Была минута, и минута эта недалеко, когда вера в будущее России была поколеблена, когда нарушены были многие понятия; не нарушена была в эту минуту лишь вера в царя, в силу русского народа и русского крестьянина. Это было время не для колебаний, а для решений. И вот, в эту тяжелую минуту, правительство приняло на себя большую ответственность, проводя в порядке статьи 87 (Основных Законов) закон 9 ноября 1906 года, оно делало ставку не на убогих и пьяных, а на крепких и на сильных. Таковых в короткое время оказалось около полумиллиона домохозяев, закрепивших за собой более трех миллионов двухсот тысяч десятин земли. Не парализуйте, господа, дальнейшего развития этих людей и помните, законодательствуя, что таких людей, таких сильных людей в России большинство». Но обсуждение этого важнейшего акта в Думе растянулось на несколько лет, и он был окончательно одобрен и опубликован лишь 14 июня 1910 года, хотя фактически уже действовал более трех с половиной лет.

За пять лет своего существования Государственная Дума третьего созыва приняла целый ряд важных законопроектов в области народного просвещения, укрепления армии, местного самоуправления. П. А. Столыпин в общем был удовлетворен ходом государственных преобразований и осенью 1909 года в интервью саратовской газете «Волга» еще раз подчеркнул свою стратегическую цель: «Я полагаю, что прежде всего надлежит создать гражданина, крестьянина-собственника, мелкого землевладельца, и когда эта задача будет осуществлена — гражданственность сама воцарится на Руси. Сперва гражданин, а потом гражданственность… Эта великая задача наша — создание единоличного собственника — надежнейшего оплота государственности и культуры — неуклонно проводится в жизнь».