Избрать антипапу было легко, но гораздо труднее — утвердить его власть. Генрих предпринял три попытки завладеть Римом, однако лишь на третий раз добился успеха. Наконец в начале 1084 года отряд из миланцев и саксонцев сумел взойти на Леонинскую стену, и в течение часа или двух воины Генриха вели ожесточенный бой в храме Святого Петра и вокруг него. Однако Григорий действовал быстрее их. Сдаваться он не собирался. Поспешив в замок Святого Ангела, он забаррикадировался там и в бессильной ярости наблюдал, как в Вербное воскресенье Климента интронизировали в Латеранском соборе. Всего неделю спустя, в Пасхальное воскресенье, состоялась императорская коронация Генриха.

Григорию пришлось спасаться у норманнов. Четырьмя годами ранее Роберт Гвискар поклялся ему в верности, пообещав оказывать папе любую помощь, в которой тот будет нуждаться; во всяком случае, его позиции оказались бы под угрозой, если бы Генрих, недавно ставший императором и к тому же пользовавшийся поддержкой послушного ему Климента III, смог распоряжаться в Южной Италии. И поэтому 24 июня 1084 года Роберт выступил по Латинской дороге (via Latina) с силами, насчитывавшими примерно 6000 всадников и 30 000 пехотинцев, и где-то поблизости от нынешней пьяцца ди Порта Капена разбил лагерь у стен Рима.

Генрих не ждал его. Сведения о размерах и мощи норманнской армии побудили его поторопиться с решением. Собрав на совет виднейших граждан Рима, он объяснил им, что сейчас настоятельно необходимо его присутствие в Ломбардии. Он вернется сразу, как только позволят обстоятельства. Они же должны храбро сражаться со всеми, кто нападет на них. Затем, за три дня до того, как герцог Апулийский появился перед воротами города, он бежал со своей женой и большей частью армии: объятый страхом антипапа поторопился вслед за ним.

Три дня Роберт прождал в своем лагере, не будучи уверен, что Генрих действительно скрылся. Затем в ночь на 27 мая под покровом темноты он подошел к городу с севера. На рассвете он пошел в атаку, и в течение нескольких минут первый из его штурмовых отрядов прорвался через Фламиниевы ворота. Они столкнулись с упорным сопротивлением; по всему Марсову полю — территории, лежащей непосредственно за рекой от замка Святого Ангела, — шла кровавая резня. Однако вскоре норманны отбросили оборонявшихся через мост, вызволили папу из крепости и с триумфом пронесли его мимо дымящихся руин в Латеранский дворец.

Увы, триумф оказался кратковременным. Столица была предана грабежу и разорению, в ходе которых свирепые банды сицилийских сарацин, приведенных Робертом, себя не сдерживали.

На третий день население Рима больше не могло выносить зверств и кровопролития. Весь город восстал против притеснителей. Застигнутый врасплох Роберт Гвискар оказался в кольце. В критический момент его спас собственный сын, который сумел прорваться через толпы врагов к убежищу отца, однако лишь после того, как норманны, борясь за свою жизнь, подожгли город.

Теперь Рим постигла катастрофа, равной которой не случалось со времен варварских нашествий за шесть столетий до этого. Церкви, дворцы, древние храмы рушились в разраставшемся пламени. Капитолий и Палатин были уничтожены. На всем пространстве между Колизеем и Латеранским дворцом едва ли хоть одно здание избежало гибели. Когда наконец дым рассеялся и те из виднейших граждан Рима, кто еще уцелел, покорно простерлись перед герцогом, (каждый) с обнаженным мечом, привязанным к шее в знак капитуляции, город лежал пустым, являя собой картину разорения и отчаяния.

Григорий, так или иначе, выиграл битву — но какой ценой? Героические папы прошлых веков спасали свой город от завоевателей: Лев I — от Аттилы и гуннов; тезка Григория VII, Григорий I, — от захватчиков-лангобардов; а он, во многих отношениях их превосходивший, довел город до разрушения. Тем не менее в посланиях папы не видно следов раскаяния или сожалений. Его совесть была чиста. Он боролся за принципы, и благодаря его упорству и неустрашимости эти принципы взяли верх. Свершилась воля Господня.

Так мог рассуждать Григорий в своей гордыне, которая была одной из его наиболее характерных и непривлекательных черт. Однако воздаяние не заставило себя ждать, население Рима, с таким воодушевлением провозгласившее его папой одиннадцать лет назад, теперь с немалыми к тому основаниями видело в нем причину всех своих несчастий и утрат. И оно жаждало мести. Только присутствие Роберта Гвискара и его армии не давало им возможности разорвать на куски когда-то обожаемого папу. Однако Роберт не желал оставаться в Риме дольше, чем того требовала необходимость, и в результате Григорий пережил последнее унижение: осознание того, что когда норманны покинут Рим, ему придется уйти вместе с ними. В начале июля 1084 года сопровождаемый большой толпой норманнов и сарацин, которые были и его спасением, и его гибелью, папа покинул Рим в последний раз. Он направился на юг, в Салерно. Здесь Григорий поселился во дворце, подобавшем его достоинству. И в нем 25 мая 1085 года он умер. Его погребли в юго-восточной апсиде собора, «построенного Робертом Гвискаром на свои средства», как гласит надпись на его фасаде. Там находится могила папы и по сей день.