Политический кризис негативно отразился на обороноспособности Азербайджана. Начатая в апреле мобилизация была сорвана, произошли очередные перемещения высшего командного состава МО и ГШ. И как результат — активизировался саботаж, массовым явлением стало уклонение от призыва в армию. Как показали дальнейшие события, ошибкой стало расформирование корпусного звена управления, в результате чего было нарушено руководство частями действующей армии.

Кроме того, отрицательным фактором при обороне Агдама и других населенных пунктов явилось вмешательство в оперативное планирование руководства «военной оппозиции», добившейся ряда ключевых государственных постов (прежде всего, это касается премьер-министра Сурета Гусейнова). Но самое главное — политический кризис негативно повлиял на морально-психологическое состояние личного состава. Из-за негативного настроя военное командование было вынуждено расформировать непосредственно в зоне боевых действий в общей сложности 33 батальона, контролировавшихся НФА.

Осуществляя мероприятия по урегулированию проблемы и стабилизации обстановки, руководство Азербайджана перебросило в южные районы дополнительные войска, вынужденно ослабив фронтовую группировку.

Подобным «козырем» не могло не воспользоваться армянское командование, которое возобновило наступательные действия. Применив принцип концентрации сил на направлении главного удара, армянская сторона вновь ввела в действие мобильные бронегруппы, ранее использовавшиеся в районах Мардакерта и Агдама. В соответствии с замыслом операции, предполагалось оккупировать Физулинский, Джебраильский районы Азербайджана, выйти к иранской границе у населенного пункта Горадиз, таким образом, отрезав Зангиланский и Губадлинский районы от остальной территории республики.

Одновременно 11 августа армянская армия начала наступление на райцентры Физули и Джебраил. При этом только на физулинском направлении было задействовано не менее одного танкового батальона (до 35 танков Т-72). По истечении нескольких суток боевых действий боевая устойчивость азербайджанских частей была нарушена ввиду отсутствия подкреплений и подвоза боеприпасов.

20 августа после боев армянские части заняли оборонявшийся ленкоранским батальоном райцентр Джебраил, ранее трижды переходивший из рук в руки.

22 августа под давлением армян части 160-го азербайджанского полка и физулинской бригады оставили г. Физули и одноименный район.

В конце августа после перегруппировки армянские части нанесли удар по сходящимся направлениям с территории Армении и Карабаха по Губадлинскому району Азербайджана. 31 августа райцентр Губадлы был взят, а северная часть района была занята ко 2 сентября. В стратегическом плане была ликвидирована сохранявшаяся в течение полутора лет угроза блокирования азербайджанской армией лачинского коридора.

К началу сентября армянские войска вышли на отдельных участках на расстояние 4–5 км от азербайджано-иранской государственной границы. В ответ турецкое военное командование развернуло вдоль границы с Арменией основные силы 3-й полевой армии (8-й, 9-й армейские корпуса), выдвинуло 12-ю и 13-ю механизированные бригады в сектор дислокации 127-й российской мотострелковой дивизии (Гюмри) и ввело повышенную степень боеготовности в авиационных частях. С своей стороны командование Группы российских войск в Закавказье провело командно-штабные учения 127-й мсд, на которых отрабатывались вопросы отражения турецкого наступления на территорию Армении.

Одновременно Иран развернул и привел в полную боевую готовность в западном секторе границы с Азербайджаном крупную войсковую группировку в составе 21-й пехотной дивизии регулярной армии, 31-й пехотной дивизии Корпуса стражей исламской революции, частей жандармерии и ВВС. После сосредоточения сил, переброшенных в короткие сроки автомобильным, железнодорожным транспортом и по воздуху, иранское командование начало проведение внеплановых учений «Соханд» южнее реки Аракс в непосредственной близости от района боевых действий.

Смена власти в Азербайджане в силу целого ряда причин не способствовала корректировке и сбалансированию российского подхода к армяно-азербайджанскому конфликту.

Военно-политическое давление на Азербайджан соответствовало стратегии РФ на южном геополитическом направлении и вновь вырабатываемой модели силовой реализации государственных интересов. Это обстоятельство вновь было использовано армянской стороной на завершающем этапе летне-осенней кампании.

В середине октября карабахские части начали очередное наступление на южном участке фронта в районе населенного пункта Горадиз, расположенного на иранской границе. Благодаря хорошей подготовке, 23 октября армянские части при поддержке 12 танков начали штурм Горадиза. Заняв этот важный транспортный узел, армяне отрезали Зангиланский и ранее неоккупированную часть Джебраильского и Губадлинского районов от остальной территории Азербайджана. Оставшиеся в окружении немногочисленные подразделения зангиланского полка не смогли удержать растянутую линию фронта. Нанеся удар со стороны Кафана и Мегри с территории Армении, армянские части при поддержке до 40 единиц бронетехники 28 октября заняли железнодорожную станцию Миндживан, а утром 1 ноября — райцентр Зангилан и прилегающие населенные пункты. Личный состав ополченцев (так называемого зангиланского полка) вынужденно отошел в Иран, переправившись вместе с некоторым количеством боевой техники и вооружением через реку Аракс.

Таким образом, за 8 месяцев 1993 года Азербайджан, пребывавший в состоянии перманентного внутриполитического кризиса, утратил в результате наступления карабахской армии контроль над территорией 6 районов общей площадью 14 тысяч кв. км. Боевые действия переместились за пределы нагорной части Карабаха в равнинную зону. К началу ноября фронт стабилизировался по линии восточнее Физули — восточнее Ходжавенд — восточнее Агдам — западнее Тертер — Муровдаг.

К концу 1993 года в зоне конфликта сформировалась качественно новая военно-политическая ситуация, связанная, прежде всего, с установлением сильной и компетентной власти в Азербайджане.