То обстоятельство, что «Повесть о Гэндзи» писалась не последовательно — от первой главы до последней, а отдельными частями, более или менее внутренне едиными (а к этому мнению склоняются большинство исследователей), объясняет структуру самих глав, характер их зачинов и концовок, а также отсутствие предыстории некоторых персонажей, немотивированность их появления и исчезновения, необоснованность тех или иных действий и ссылка на события, в «Повести» не описанные.

Правда, некоторые ученые объясняют подобные недомолвки и противоречия тем, что отдельные главы «Повести» были утеряны вскоре после ее создания. Называют главы «Принцесса Сверкающего солнца», «Дева из Сакура» («Сакурабито»), «Сумори».

Выдвигается также предположение о существовании другой, более ранней повести (или даже нескольких повестей), из которой Мурасаки позаимствовала своих героев и которая настолько хорошо была известна в ее время, что ссылка на какие-то обстоятельства, связанные с ее содержанием, не требовала объяснений.

В настоящее время почти все исследователи делят «Повесть о Гэндзи» на три части, различающиеся между собой по содержанию, стилю и методу изложения (такое деление ввела в начале нашего века известная поэтесса и переводчица «Повести о Гэндзи» на современный японский язык Ёсано Акико, до нее «Повесть» принято было делить на две части — до главы «Сокрытие в облаках» и после нее):

главы «Павильон Павлоний» — «Листья глицинии» (33 главы), повествующие о жизни Гэндзи от рождения до полного расцвета его могущества в 39-летнем возрасте, могущества, к которому он пришел после ряда злоключений — изгнания, скитаний и пр.;

главы «Первая зелень» — «Кудесник-даос» (8 глав), повествующие о печалях, омрачающих старость Гэндзи, в основном связанных с его новым браком с Третьей принцессой и смертью любимой жены Мурасаки; кончается эта часть смертью героя;

главы «Принц Благоуханный» — «Плавучий мост грез» (13 глав), повествующие о детях и внуках Гэндзи. В центре этой части — история Укифунэ, завершающаяся принятием героиней монашеского пострига, который она предпочитает брачному союзу с Каору.

Уже первые комментаторы, отмечая, с одной стороны, неоднородность разных частей «Повести о Гэндзи», а с другой — грандиозность охвата действительности и несомненную эрудицию автора, выражали сомнение в том, что «Повесть» была написана одним человеком и что человеком этим была женщина. Одни считали «Повесть» совместным трудом Мурасаки и Фудзивара Митинага, другие предполагали, что ее написал Фудзивара Тамэтоки, а Мурасаки только собрала написанное отцом воедино и дополнила. Некоторые выдвигали предположение, что текст, написанный Мурасаки, был обработан Фудзивара Юкинари, а потом, во второй половине XVIII в., был еще раз переработан ученым Мотоори Норинага.

В конце XV в. возникла гипотеза, поддержанная и развитая в начале нашего столетия Ёсано Акико. Приверженцы этой гипотезы полагают, что Мурасаки написала лишь первую часть «Повести». Вторая же и третья части были написаны уже после смерти писательницы ее дочерью Дайни-но самми. Будучи кормилицей императора Горэйдзэй, Дайни-но самми часто ездила в Удзи, где помещались его владения, поэтому туда и переносится место действия «Повести». Главы же «Первая зелень» — «Кудесник-даос» необходимы были ей для перехода к героям этой части.

Некоторые ученые склонны считать «Повесть о Гэндзи» плодом коллективного творчества хэйанской аристократии, утверждая, что, даже если и существовал когда-то экземпляр, созданный самой Мурасаки, он постоянно изменялся, дополнялся и переделывался переписчиками, весьма свободно относившимися к тексту.

В какой-то мере все эти сомнения оправданны, но доказать справедливость любой из этих версий со всей бесспорностью представляется невозможным. Явная же подчиненность повествования единому замыслу и цельность его все-таки склоняют к мысли о существовании одного автора, а сравнительное изучение стиля и содержания «Дневника Мурасаки» и «Повести о Гэндзи» дает основания для отождествления создателей этих двух произведений. Несомненно и то, что переписчики могли весьма вольно обращаться с текстом и внести в него ряд изменений.

Немало споров вызывает еще один вопрос, который начал волновать умы ученых уже во времена Камакура. Это вопрос о степени завершенности «Повести».

Последней главой «Повести о Гэндзи» во всех ныне имеющихся списках является глава «Плавучий мост грез», которая поражает своей краткостью и незавершенностью, особенно ясно ощутимой при сопоставлении ее с главой «Листья глициний». Если в главе «Листья глициний» достигают предела своего развития все линии, намеченные в главе «Павильон Павлоний», то в главе «Плавучий мост грез» герои находятся как бы в преддверии нового витка судьбы, и можно лишь предполагать, что ждет их в будущем.

Некоторые исследователи склонны рассматривать такую концовку как своеобразный поэтический прием. Другие же, полагая, что подобное новаторство вряд ли могло показаться привлекательным женщине, воспитанной в традициях древних моногатари, для которых обязательным условием был сказочно-счастливый конец, утверждают на этом основании, что повесть не закончена.

Надо сказать, что все моногатари, принадлежащие примерно к тому же времени, что и «Повесть о Гэндзи» (а до нас их дошло восемь), имеют «счастливый конец». Новаторство Мурасаки, оборвавшей свое произведение на полуслове, вряд ли могло вызвать восхищение тогдашних читателей. Интересно, что ни одно из более поздних прозаических произведений, находящихся под явным влиянием «Повести о Гэндзи», не заимствовало этого приема.