При помощи господина Ельцина тандему Гавриил Попов – Юрий Лужков еще во времена СССР удалось получить особые полномочия. В июне 1992 г., после отставки Попова, Борис Ельцин фактически назначил Лужкова мэром. В 1993 г. президент и мэр вместе противостояли Верховному совету и Моссовету.

В сентябре 1993 г. Юрий Лужков обвинил председателя Госкомимущества Анатолия Чубайса в «преступлениях в области приватизации». Итогом конфликта стало введение в Москве указом президента «особого порядка приватизации».

2 марта 1995 г. после убийства тележурналиста Владислава Листьева Борис Ельцин объявил об отставке начальника ГУВД Москвы Владимира Панкратова. Мэр безрезультатно оспаривал отставку в судах.

Летом 1996 г. Борис Ельцин и Юрий Лужков вновь поддержали друг друга на президентских и мэрских выборах.

Осенью 1998 г. мэр открыто выступил против Кремля, поддержав борьбу коммунистов против назначения премьером Виктора Черномырдина и вступив в альянс с возглавившим правительство Евгением Примаковым. Вскоре он создал движение «Отечество», ставшее основой блока «Отечество – Вся Россия» (ОВР), объявившего своей целью победу на выборах в Госдуму. В ответ против мэра была начата информационная война. Ее проявлениями стали, например, запрет ВВС на полеты вертолета градоначальника, отставка главы ГУВД Москвы Николая Куликова и серия разоблачительных программ Сергея Доренко на ОРТ.

В декабре 1999 г. блок ОВР не смог получить большинство в Госдуме, и в марте 2000 года Юрий Лужков объявил о поддержке на президентских выборах Владимира Путина. Окончательное примирение произошло в июне, когда новый президент взял мэра с собой в поездку в Италию. В декабре 2001 г. Лужков выступил одним из создателей партии «Единая Россия». Позже его поддержка помогала Кремлю уверенно побеждать на выборах в Москве. Так, на выборах в Госдуму в 2003 и 2007 гг. единороссы получили в столице 34,43 и 53,92%, а в 2004 и 2008 гг. Владимир Путин и Дмитрий Медведев – 68,61 и 71,52% голосов соответственно.

Одновременно градоначальник продолжал вступать в конфликты с представителями федерального центра. Он резко выступал против присоединения к ВТО, боролся с главой МЭРТа Германом Грефом по вопросу принадлежности памятников культуры, критиковал главу Минфина Алексея Кудрина.

В июне 2007 г. Юрий Лужков досрочно поставил перед президентом вопрос о доверии и был переназначен.

В ноябре 2008 г. для мэра началась новая «черная полоса». На его слова о правильности прямых выборов глав регионов Дмитрий Медведев предложил недовольным «подать заявление». В 2009–2010 гг. было возбуждено несколько уголовных дел против крупных столичных чиновников, был уволен глава ГУВД Владимир Пронин, а закрытие Черкизовского рынка сопровождалось материалами СМИ о давней дружбе его владельца Тельмана Исмаилова с градоначальником.

В сентябре 2010 г. указом президента Дмитрия Медведева Юрий Лужков был отправлен в отставку с формулировкой «за утрату доверия».

30,94 млрд руб. – таков семейный доход московского мэра Юрия Лужкова, который занял 1-е место в рейтинге «Власть и деньги» журнала Forbes за 2010 год (в рейтинг включены не только государственные служащие, но и люди на избираемых должностях).

Юрий Лужков возглавил столицу 6 июня 1992 г. и до 28 сентября 2010 г. проработал на этой должности 6688 дней. По этому показателю он занял 3-е место среди действующих глав субъектов Федерации – после томского губернатора Виктора Кресса и омского – Леонида Полежаева.

За время правления Юрия Лужкова население города выросло на 19% – с 8,9 млн человек (на 1 января 1992 г.) до 10,6 млн человек (на 1 января 2010 г.). По этому показателю Москва с большим отрывом лидирует по стране. Демографические показатели улучшились. В 1992 г. на 1 тыс. населения родилось 7,6 младенца (последнее место по стране), в 2009 г. – 12,3 (68-е место). При этом возникли проблемы с местами в дошкольных учреждениях: в 1992 г. на 100 мест приходилось 76 детей, в 2009 г. – 101 ребенок. Смертность снизилась с 13,5 человека в 1992 г. (20-е место) до 11,4 человека на 1 тыс. населения в 2009 г. (76-е место). Число больничных коек в городе за 18 лет снизилось на 2,3 тыс. (со 110,7 тыс. до 108,4 тыс.).

Число безработных в городе уменьшилось почти в пять раз: с 289 тыс. до 59,9 тыс. человек (4-е место). Средняя зарплата выросла с 5,9 тыс. неденоминированных рублей в 1992 г. до 38,7 тыс. руб. в первом полугодии 2010 г. (5-е место), средняя пенсия – с 1,6 тыс. неденоминированных рублей до 8,1 тыс. руб. (18-е).

Бюджет города стал дефицитным. В 1992 г. доходы составляли с учетом деноминации 192 млн руб., расходы – 178 млн руб. В 2010 г. запланированные расходы на 120 млрд руб. превышают доходы (1,12 трлн и 1 трлн руб. соответственно). По размеру валового регионального продукта Москва продолжает занимать первое место в России. С 1994 г. этот показатель вырос с 54,1 млрд деноминированных рублей до 8,44 трлн руб. Индекс промпроизводства по отношению к предыдущему году в 1992 г. составлял 76,2% (75-е место), в 2009 г. – 82,2% (68-е место).

Годовой ввод в действие жилых домов в 1992–2009 гг. вырос на 12,5% (с 2,4 млн до 2,7 млн кв. м), а обеспеченность москвичей жильем – на 11,5% (с 18,2 до 20,3 кв. м на одного жителя). По данным московской мэрии, за десять лет протяженность автодорог увеличилась до 4,4 тыс. км (примерно на 14%), одновременно число зарегистрированных автомобилей выросло в полтора раза, с 2,6 млн до 3,9 млн.

Уровень преступности почти утроился. В 1992 г. в Москве было зарегистрировано 79,1 тыс. правонарушений, в 2009 г. – 212,1 тыс.