Название нганасаны образовано от нган. anasan «люди» (мн. ч.), которое иногда употребляется в качестве самоназвания в форме ano anasan «настоящие люди», этимологически соответствующей самоназваниям ненцев и энцев (см.). Важно при этом, что название ano anasan нганасаны употребляли не только в отношении самих себя, но и в отношении тундровых энцев-Сомату — точно так же, как последние применяли этимологически идентичное эн. (Т.) onej enet' «настоящие люди» по отношению к себе и к авамским (западным — см. ниже) нганасанам. Данное обстоятельство, безусловно, свидетельствует о близости этих двух групп. Б. О. Долгих не без основания полагал, что термин «настоящие люди» в нганасанско-энецкой среде применялся к группам, характерной особенностью одежды которых был особый «султан» на капюшоне сокуя. Не исключено, что энецко-нганасанская этимология для самоназвания энцев-Сомату «имеющий шапку» (см. раздел об энцах) связана с «шапкой» (капюшоном) особой формы, имеющей «султан» и служившей этнодифференцирующим элементом костюма самодийцев енисейско-таймырских тундр. Говоря по-русски авамские нганасаны называли себя и в особенности — тундровых энцев-Сомату самоедами, точнее — диалектными вариантами этого слова: самодин (ед. ч.) и самоди (множ. ч.), от которых в 30-х годах XX века в русской научной литературе было образовано слово самодийцы (см. раздел о ненцах).

Чаще, однако, нганасаны (прежде всего — западные, авамские) называют себя 'na — букв. «товарищ» (ср. нен. 'na «брат»). Распространено также в качестве самоназвания территориально-племенных групп слово mu-'cer «население (букв. — «наполнение, содержимое») земли» с определениями типа aam mu-'cer «авамские нганасаны», ad'ei mu-'cer «вадеевские нганасаны». Вадеевские (восточные) нганасаны называют себя также a'sa, что буквально означает по-нганасански «тунгус (эвенк), долганин» (ср. также эн. osa «тунгус»), в этом самоназвании отражено происхождение восточной группы нганасан (см. ниже). Авамские нганасаны называли вадеевских также ile-'cer «низовые (букв. — «население низа»)», то есть — живущие на северо-востоке.

Ненцы называют нгансан tawis (множ. ч.), энцы — tauu (множ. ч.). О возможном тунгусском происхождении этого названия см. ниже. От ненецкого прилагательного tawi «нганасанский» происходит старое русское название нганасан тавги, тавгийцы, попавшее в другие европейские языки (нем. Tawgy-Samojeden и т. д.). Название тавги встречается в русских документах впервые лишь в 1627 году. Русские, встретившиеся с нганасанами ещё в начале XVII века, первоначально называли их (с 1614 года) пясидскими самоедами — по названию реки Пясины.

К середине XVII века русская власть на Таймыре закрепляется и по данным документов устанавливается довольно ясная картина расселения предков нганасан (по Б. О. Долгих): на крайнем западе Таймыра, к северо-востоку от энецкой территории обитали кураки, южнее их, в районе оз. Пясино и в верховьях реки Авам — тидирисы, в центре Таймыра — пясидские самоеды, на востоке полуострова, к югу от оз. Таймыр, в бассейне Хеты и Хатанги — хетские тавги, ещё восточнее — от низовьев Хатанги до устья р. Анабар — анабарские тавги. Судя по некоторым данным документов (упоминание «самоедского языка» и т. д.), названиям родов и личным именам, все эти группы представляли собой к данному времени самоедоязычное население. Однако если в кураках и пясидских самоедах можно видеть старые самодийские родо-племенные группировки, близкие тундровым энцам, то тидирисы (возможно, от эн. (Т.) tidero-osa «родственники по матери — тунгусы») и тавги (наиболее вероятна связь с тунгусским корнем *daw(a)- «та (противоположная) сторона реки» — ср. эвен. dawapki (направительный падеж) «на ту сторону реки») скорее всего представляли собой лишь недавно перешедшие на самодийскую речь небольшие группы тунгусов (с этим согласуются и данные нганасанских генеалогических преданий). На основе перечисленных выше групп во второй половине XVII—XVIII веке сложилось племя западных, авамских нганасан, район кочевий которых в XIX веке охватывал территории от рек Агапы и Пуры на западе Таймыра до истоков реки Дудыпты и устья реки Таймыры в центре полуострова.

В середине XVII века русскими документами зафиксировано присутствие по соседству с предками авамских нганасан — на юге от тавгов, в бассейне реки Котуй и в верховьях правых притоков Хеты тунгусского племени ванядырей (ванядов) (с 1625 года). В 1639—1661 годах они нередко упоминаются в связи с их войнами с обитавшими восточнее, в бассейне Оленёка, тунгусами; вместе с ванядырями в эти походы ходили и русские стрельцы Есейского зимовья (у оз. Есей в верховьях р. Катуй). Однако в 1683 году союз ванядырей с русскими стрельцами по причине лихоимства и издевательств последних был нарушен, и тунгусы перебили весь гарнизон зимовья (12 человек). Естественно, последовали ответные меры и новые столкновения, продолжавшиеся и в первые годы XVIII века. Спасаясь от преследования, часть ванядырей ушла на восток, на Оленёк, где слилась впоследствии с якутами (род Маят), а часть — в таймырские тундры, где смешалась с тавгами и перешла на нганасанский язык, позднее к ним, возможно, присоединялись и другие небольшие тунгусские группы. Так в течение XVIII века образовалось племя восточных, вадеевских нганасан. Территория их кочевий включала в себя восточный Таймыр, от оз. Таймыр на севере до правобережья рек Хеты и Хатанги на юге.

Вхождением в состав нганасан тунгусов-ванядырей не исчерпывается участие в их генезисе иноязычных компонентов: в середине XIX века к нганасанам присоединился богатый долган Око с семейством, по имени которого стал называться вновь образовавшийся нганасанский род, не входивший ни в одно из двух племён — род Око (фамилия Яроцкие).

В 1824 году енисейский губернатор А. П. Степанов провёл реформу учёта инородческого населения, которая официально закрепила сложившуюся к началу XIX века и сохраняющуюся практически по сегодняшний день структуру нганасанского этноса — его подразделение на два племени, авамских и вадеевских нганасан (соответственно — «авамский самоедский» и «вадеевский самоедский» «роды»). Предпринимавшиеся в течение XIX века не слишком интенсивные попытки крещения нганасан результата не имели: практически все они остались даже формально некрещёными. Это обстоятельство способствовало хорошему сохранению у нганасан шаманизма и нешаманских комплексов традиционного мировоззрения.

В 30-е годы XIX века нганасан, равно как и другие народы Таймыра, постигло тяжкое бедствие — эпидемия оспы. По оценкам исследователей (Б. О. Долгих, Ю. Б. Симченко) численность их в это время уменьшилась в два раза. По переписи 1898 года численность нганасан несколько превышала 800 человек. Перепись 1926 года зафиксировала 867 нганасан. Советские преобразования в 20—40-х годах XX века задели нганасан достаточно слабо, не было предпринято и попыток создания письменности: Таймыр оставался слишком отдалённой окраиной советской империи. Благодаря этому обстоятельству у нганасан практически до 50-х годов XX века сохранилась традиционная духовная и материальная культура и архаичный хозяйственный уклад, основанный прежде всего на охоте на дикого северного оленя при вспомогательном значении оленеводства. Лишь в начале 1960-х годов по их традиционному образу жизни был нанесён тяжёлый удар: в ходе кампании по переводу кочевого населения на оседлость большая часть нганасан (за исключением двух десятков семей, продолжавших жить в тундре) была сселена в посёлки, расположенные к тому же не на нганасанской, а на долганской этнической территории и, соответственно, многонациональные. Понятно, что сохранение традиционного образа жизни и культуры в этих условиях было невозможно. Уже в начале 70-х годов в связи с переменой образа жизни у этих нганасан исчезли домашние олени, а отсутствие транспорта окончательно отделило их от тундры, вело к росту иждивенчества, алкоголизма, к люмпенизации. Дети, с начала 60-х годов воспитывавшиеся в детских садах и интернатах в основном на русском языке, не говорили по-нганасански или говорили недостаточно хорошо, а в условиях культивировавшегося в нганасанской культуре языкового пуризма, характерного для старшего поколения, недостаточное знание языка практически приравнивалось к полному его незнанию. По переписи 1989 года нганасан зафиксировано 1262 человека, из которых 1052 назвали родным нганасанский язык. Хотя процент назвавших нганасанский язык родным довольно высок, следует иметь в виду, что реальное знание языка младшим поколением недостаточно, и за внешне благополучными цифрами скрывается кризисная ситуация.

Внешнее название рус. селькупы (откуда и применяемые порой в научной литературе названия на западноевропейских языках типа нем. Selkupen или S"olkupen) применяется с 30-х годов XX века и восходит к самоназванию северных (тазовско-туруханских) селькупов s"ol'qup, s"ol'qup, представляющему собой сложное слово, в котором вторая часть — qup означает «человек», а первая часть — s"ol'-, s"ol'-, согласно мнению Н. Г. Прокофьева, является результатом контаминации двух селькупских прилагательных: s"ol' «земляной» (от s"o «земля, глина») и s"ol' «лесной» (от s"ot «тайга, лес вокруг стойбища»). Хотя общего самоназвания у селькупов разных диалектно-территориальных групп нет, все они называют себя аналогичными северноселькупскому именами, означающими «лесной человек»: (кетско-пумпокольские) s"ussqum — от s"ut «лес» и qum «человек», (среднеобские, выше Нарыма) sosqum, (южные или верхнеобские и чайские) s"us"oq(j)qum — от *s"ot «лес» и *qum «человек», — или «земляной человек»: (нарымские, тымские, васюганские, парабельские) cuml'qup, (чулымские) t'ujqum — от *cu «земля» и *qum «человек».