В Совет труда и обороны была направлена телеграмма о необходимости решить вопрос о ликвидации Вакулина с помощью центра. Одновременно председатель Астраханской ЧК Ф. Степной телеграфировал Дзержинскому о необходимости решительных мер со стороны центра по ликвидации Вакулина вследствии реальной угрозы для Астрахани – прекращения снабжения хлебом.

Для борьбы с частями Вакулина главным командованием Красной армией были направлены значительные силы Заволжского и Кавказского фронтов (2 тыс. штыков, более 1 тыс. сабель). В частности, за двое суток был организован летучий отряд «из отборных бойцов и лошадей» 21-й кавдивизии в составе 1000 сабель, взвод артиллерии и батальон стрелков 22-й стрелковой дивизии. 17 февраля в бою в районе хутора Водянка (юго-восточнее станицы Гмелинская) части Вакулина были разбиты, сам Вакулин в рукопашном бою был убит [9; 10: 584, 587, 596, 599–603].

Преемником Вакулина стал его ближайший помощник – Федор Попов, донской казак, бывший командир полка 1-й Конной армии. В начале своих действий отряд Попова имел 2–3 тысячи штыков и сабель. Преследуемый советскими кавалерийскими частями, он постоянно маневрировал, нанося значительные потери красноармейским отрядам [5: 165]. Попов использовал успешный опыт тачанок и подвод для быстрого перемещения пехоты (данную тактику эффективно использовали махновское воинство и 1-я Конная армия). Продвигаясь через Пугачевский район Самарской губернии, отряды Попова заняли г. Хвалынск. Повстанцы Попова действовали также в Уральской губернии.

Повстанческое войско Попова к концу февраля достигло численности 6 тыс. штыков и 500 сабель. Оно имело структуру, аналогичную регулярным частям Красной армии. Основу кавалерии у повстанцев составляли донские и уральские казаки. Разработкой операций занимался штаб, возглавляемый Поповым, начальником штаба был бывший подъесаул Смирнов (настоящая фамилия Икунов), при штабе имелась комендантская команда – начальник Прохватильев.

Стрелковые полки формировались по территориальному принципу. Названия полков – 1-й Усть-Медведицкий полк (комполка Бур-жаковский), 2-й Астраханский полк (комполка Луковенко, бывший военный комиссар Михайловской волости Усть-Медведицкого округа, коммунист), 3-й Самарский полк – свидетельствовали о составе бойцов, из которых были сформированы полки повстанцев. В Самарской губернии был сформирован 4-й Пугачевский полк из жителей Пугачевского уезда [11].

Полки имели трехбатальонную структуру регулярных частей по 3 роты в каждом (по 400 штыков в батальоне). Каждый полк имел 5 пулеметов. Кроме того, была отдельная пулеметная команда с 15 пулеметами, каждый при 7 лентах, причем каждому пулеметному расчету придавалась команда связи. 8 телефонных аппаратов размещались в бивуаке. Отдельный кавдивизион (опять же аналогично Красной армии) (командир Курыленков) состоял из трех эскадронов по 100 сабель, в каждом по 2 пулемета. Повстанцы Попова были вооружены трехлинейными винтовками.

Обоз состоял из 2 тыс. подвод для транспортировки пехоты и 370 подвод для фуража и снаряжения. Интендантская команда занималась снабжением повстанцев из райпродкомов, имелся специальный запас продовольствия – 200 подвод. Существовала норма ежедневной выдачи: хлеба мукой – полтора фунта, мяса – 1 фунт. В отряде функционировал лазарет с врачом, несколькими фельдшерами и одной сестрой милосердия. Штаб Попова поддерживал дисциплину в повстанческих частях. Пленные проходили через следственную комиссию, после положительного решения ряды повстанцев добровольно пополнялись за счет красноармейцев и комсостава Красной армии, в числе которых были коммунисты [12].

Реввоенсовет занимался политической и агитационной работой среди личного состава повстанцев и местного населения. Повстанцы распространяли воззвания среди местного населения за подписями председателя реввоенсовета Шкуратова и командиров частей.

Повстанцы Попова представляли серьезную угрозу для советской власти в районах Дона и Волги. По докладам советского военного командования Заволжского военного округа, в конце марта 1921 г. «банда, возглавляемая некогда Вакулиным, а ныне Поповым, перешла в категорию наиболее опасных банд, не только пользующихся симпатиями местного населения, но являющихся побудителем бандитско-эсеровского движения». Сила «банды» оценивалась в этот период в 6000 штыков, 600 сабель, 20 пулеметов. Для ликвидации восстания на территории Заволжского округа оказалось недостаточно частей двух дивизий внутренних войск (20-й и 26-й ВНУС), при 27 легких и 4 тяжелых орудиях. Быстрые передвижения повстанцев на подводах со сменой лошадей у местных жителей оставляли преследующим советским частям измученный конский состав, который не мог быть использован. Местные жители доброжелательно относились к повстанцам: сообщали информацию о передвижении красноармейских частей, укрывали повстанцев.

В конце марта 1921 г. главное командование Красной армии было вынуждено стянуть в Заволжский округ крупные и боеспособные воинские части из других регионов: 27-ю стрелковую дивизию [19] , 70-й стрелковый и 22-й кавалерийский полки, кавалерийскую дивизию из Сибири, 4 бронепоезда. Для проведения политической работы и усиления советских аппаратов направлялись надежные коммунисты. Общее командование над всеми частями в низовьях Волги было поручено начдиву 27-й дивизии В.К. Путне [13]. Особая роль в ликвидации повстанцев отводилась использованию бронепоездов и бронеотрядов, а также авиации.

31 марта 1921 г. директивой главкома Красной армии С.С. Каменева Путна был назначен командующим войсками низовья Волги с подчинением в оперативном отношении непосредственно главкому. Для руководства операциями по подавлению восстания в низовьях Волги и прилегающей территории Заволжья ему были подчинены согласно директиве: во всех вопросах – все войска и все военучреждения, расположенные в Саратовской губернии (за исключением войск, переданных тамбовскому командованию для подавления антоновского восстания); в оперативном отношении – все войска, расположенные в Пугачевском уезде Самарской губернии и в Царицынской губернии. Рабочим аппаратом стал штаб войск низовья Волги, сформированный согласно данной директиве.