Относительно того, где и под чьим покровительством работала Анонимная типография, высказывались разные мнения. Лингвист и историк Г. И. Коляда предполагал, что типография располагалась на митрополичьем дворе, академик М. Н. Тихомиров — что при храме Николы Гостунского. В 1964 году Е. Л. Немировский выдвинул гипотезу, что первая русская типография находилась в доме Сильвестра. Сейчас эту гипотезу можно считать доказанной.

Не вызывает сомнения и то, что Иван Федоров принимал активное участие в создании анонимных книг. В пользу этого утверждения говорит прежде всего здравый смысл. Будучи печатником по профессии и по призванию, находясь в дружеских отношениях с Сильвестром, живя через площадь от его дома, он никак не мог остаться в стороне от работы в Анонимной типографии. Участие Ивана Федорова подтверждает также сравнительный анализ техники печати «безвыходных» книг и книг, напечатанных Иваном Федоровым уже с указанием его имени.

Мастера Анонимной типографии применяли ряд технических приемов, неизвестных в Европе: способ перекрещенных строк, орнаментальное слепое тиснение, двухкрасочная печать с одной формы. E. JI. Немировский предполагает, что именно Иван Федоров «был изобретателем этих приемов или части из них».

Способ перекрещенных строк состоит в следующем. Многие буквы имеют надстрочные и подстрочные элементы — хвостик буквы «у», стойка буквы «ф» и др. Кроме того, средневековая русская орфография требовала применения особых значков, проставляемых над строкой. В рукописных книгах эти элементы, заполняя пространство между строками, создавали живой, легкий узор. В начале своей работы мастера Анонимной типографии четко располагали подстрочные элементы верхней строки выше надстрочных нижней. Это придавало странице жесткий вид с чересчур большим расстоянием между строками. В последующих изданиях мастера стали печатать так, что надстрочные и подстрочные элементы свободно входили в межстрочное пространство. Этот прием технически сложен, но красив, он создает более пластичный и компактный облик страницы.

Способ слепого тиснения заключается в особом приеме для получения пробелов в тексте. Обычно для этого в наборную форму вкладывают специальный «пробельный материал» — гладкие бруски, высота которых меньше высоты литер. Мастера Анонимной типографии на больших пробельных участках вместо пробельного материала использовали обычный шрифт, на который не наносилась краска.

Все издания Анонимной типографии отпечатаны в две краски: основной текст — черной, а заголовки, буквицы и другие элементы, которые должны быть выделены, — красной киноварью. Достигалось это способом однопрогонной двухкрасочной печати. Такой способ — оригинальное изобретение московских первопечатников, нигде ранее не встречавшийся. Заключался он в следующем. На всю печатную форму наносится черная краска, затем с элементов, которые должны быть красными, черная краска стирается тряпкой и тонкой кисточкой наносится красная. После чего на форму накладывается лист и получается оттиск сразу в два цвета. Правда, этот способ был трудоемким и давал не очень качественный результат — вытереть черную краску дочиста не всегда удавалось и она подмешивалась к красной. Мастера очень скоро отказались от этого способа, но уже то, что они его придумали, говорит о творческом поиске, одушевлявшем их работу.

Другой способ двухцветной печати, опробованный в Анонимной типографии, — двухпрогонный с одной формы. Под киноварные элементы подкладывались особые плашки, так что они приподнимались над уровнем всей печатной формы, покрывались красной краской и отпечатывались. Затем их убирали, а оставшуюся форму покрывали черной краской и вторично накладывали бумагу. Именно этим способом пользовался впоследствии Иван Федоров.

В типографии было два печатных стана: один, рассчитанный на полный формат, то есть на нем можно было напечатать разворот из двух страниц, второй — половинного формата, на одну страницу.

Создавая анонимные книги, русские печатники осваивали новое для себя дело, отрабатывали профессиональные приемы. Одним из показателей типографского мастерства является выключка строк — выравнивание текста по правому краю. В первых изданиях Анонимной типографии выключки не было вообще, в последующих — она выполняется уже вполне умело. Издания Анонимной типографии украшены орнаментальными заставками, отпечатанными в технике ксилографии — гравюры на дереве. До той поры эта техника на Руси не использовалась. В одном из Четвероевангелий в орнамент заставки, предваряющей текст Евангелия от Матфея, включено изображение самого евангелиста. Эта заставка — первый портрет в истории русской гравюры.

Конечно, вместе с Иваном Федоровым в Анонимной типографии работали и другие мастера. Имя одного из них известно. Это — Маруша Нефедьев. Однако упоминается он в документах в связи с работой, не относящейся к книгопечатанию, хотя в какой-то степени затрагивающей Ивана Федорова. В непосредственной близости от храма Николы Гостунского располагался двор Юрия Васильевича, младшего брата Ивана Грозного. Юрий родился глухонемым, был слаб умом, и старший брат заботливо его опекал. В 1556 году по приказу Ивана Грозного для Юрия начали строить новую белокаменную домовую церковь, которую предполагалось украсить искусной резьбой. Камень для строительства заготовили в Новгороде, и Маруша Нефедьев был отправлен туда, чтобы «досмотрети камени» и определить, пригодны ли они для нанесения на них изображений. Вероятно, Маруша был квалифицированным резчиком по камню.

Но в документах, связанных с поездкой Маруши в Новгород, он назван «мастером печатных книг» и — «печатным мастером». «Именно так, черным по белому — “мастер печатных книг” и “печатный мастер”!» — изумляются все авторы, цитирующие эти документы. То есть для московского дьяка Андрея Васильева, который вел записи по поводу заготовки камня, книгопечатание уже не было в диковинку, типография Сильвестра к 1556 году стала частью московской жизни.

В тех же документах упоминается новгородский мастер Васюк Никифоров, который «умеет резати резь всякую». По рекомендации Маруши он выехал в Москву, чтобы принять участие в работе по строительству церкви.

Естественно предположить, что и Маруша Нефедьев (почти наверняка), и Васюк Никифоров (возможно) работали в Анонимной типографии.

Не раз высказывалась мысль о том, что первопечатником следует считать не Ивана Федорова, а Марушу Нефедьева. Действительно, его имя в связи с книгопечатанием упоминается раньше, чем имя Ивана Федорова. Однако упоминание Маруши Нефедьева не подкреплено никакими конкретными работами, а плоды труда Ивана Федорова видимы и осязаемы. Но, конечно, и Маруша Нефедьев, и Васюк Никифоров, и другие мастера, имена которых остались неизвестными, заслуживают нашей благодарности и славы сотрудников и соратников первопечатника.