По возвращении в Россию Уваров был уволен в шестимесячный отпуск (с 29 апреля); 23 августа 1814 года женился на Екатерине Сергеевне Луниной, сестре декабриста Лунина, а затем в 1816 году отпущен для лечения ран. В том же году на дуэли с полковником Греффе Уваров получил рану, которая лишила его возможности сидеть верхом на коне, и он должен был подать в отставку, причем от Депрерадовича ему был выдан лестный аттестат. 5 ноября 1816 года он «за ранами» уволен от военной службы с чином статского советника, причем пожалован (12 ноября) званием камергера и определен на службу в Коллегию иностранных дел.

Сын Ф. А. Уварова пишет о своем отце: «Преданный императору Александру I всей силой истинно-рыцарской души, отец мучился мыслью, что впал в немилость» у государя, взгляд которого на поединки в то время, как известно, изменился. Но государь пожелал сам лично «рассеять печаль верного слуги» и, встретив его (это было в Москве на Тверском бульваре: Уваров должен был еще ходить на костылях), остановил его и «удостоил милостивого разговора, на который сбежалось несметное число благоговейных слушателей. Сам император привлек его к высочайшему двору».

В 1817 году Уваров снова находился в отпуске «до излечения болезней». В 1821 году он получил назначение состоять при министре финансов по особым поручениям и причислен к Комиссии погашения государственных долгов, но 21 февраля 1822 года от последней должности освобожден, с оставлением при министре финансов. 9 февраля того же года произведен в действительные статские советники. Имеется указание, что некоторое время, на которое пришлось празднование бракосочетания Марии Павловны, он исправлял должность обер-церемониймейстера двора. В 1824 году Уваров получил отпуск (в Рязанскую и Тамбовскую губернии), который потом по его прошению был продлен «до выздоровления».

Уваров имел хорошие средства: вместе с единственной сестрой он получил в наследство в Рязанской и Ярославской губерниях 500 душ, которые поделил с сестрою поровну, взяв себе худшую часть в Ярославле и в Касимовских песках; кроме того, ему принадлежали имения в Тамбовской и Московской губерниях. Уваров, по словам его сына, «у всех оставил по себе память честного и доблестного воина — солдаты его боготворили. Бескорыстие его и чувство собственного достоинства не позволяли ему принимать оклады и вознаграждения денежные (за раны)»; вдова его также не получала пенсии.

Уваров жил большею частью в селе Большая Екатериновка Шацкого уезда и занимался хозяйством: развел большой парк, устроил стеклянный завод, который успешно соперничал с известным Мальцевским заводом, и пр. О нем сохранилось воспоминание как о хорошем хозяине, но строгом, подчас жестоком помещике и как о «колдуне». Как человек образованный, он любил чтение и собрал значительную библиотеку. Он знал французский, немецкий и английский языки; интересовался живописью, архитектурой и особенно химией.

Загадочное «исчезновение» Ф. А. Уварова произошло 7 января 1827 года. У него остались два сына: 1) Александр, родившийся 11 января 1816 года, впоследствии полковник Гусарского великого князя Константина Николаевича (13 Гусарский Нарвский) полка, умер 30 марта 1869 года; и 2) Сергей, родившийся 25 октября 1820 года; как и старший брат, он сдавал офицерский экзамен в качестве экстерна в Пажеском корпусе, учился затем в Берлинском университете, «промовировал» на все 3 ступени в Дерптском, где и получил в 1855 году диплом доктора историко-филологического факультета.

В биографии Ф. А. Уварова отмечается, что у детей его не сохранилось никаких рукописей или бумаг отца — все это куда-то исчезло. После него некоторые книги перешли в частные руки, причем удалось еще найти: повестку от двора, вызывавшую Уварова для представления государю за несколько дней до «исчезновения», и ручной типографский шрифт александровского времени; а внуку его попался устав какого-то тайного общества, который и был им уничтожен. Так как Уваров не числился среди декабристов и ни в какой опале после 14 декабря 1825 года не состоял, то под уставом «какого-то» тайного общества, вероятнее всего, скрывается указание на масонскую ложу.

Мы видели, что о причине, заставившей Уварова лишить себя жизни или исчезнуть, Булгаков в своем письме очень глухо сообщает: «Стоило ли труда заварить кашу, начать процесс и оттого только, что велено ему дать законный ход, посягнуть на себя». Вдова же Уварова в официальной переписке заявляет более определенно, что, зная образ мыслей своего мужа и его поступков, считает «главнейшей причиной», понудившей его лишить себя жизни, подачу государю прошения, где он просил о рассмотрении духовного завещания, сделанного «преступным братом» ее Луниным, коим она устранена от наследования после него имением: по словам жены, Уваров думал, что своим прошением он подал повод к подозрению его в корыстолюбии, «чувстве, совершенно ему несвойственном», чем боялся потерять в глазах государя хорошее мнение о себе.