Разумеется, королева-мать также приняла сторону Гизов, так как была уверена, что в управлении государством они не сумеют без нее обойтись. Однако она быстро разочаровалась. В королевском совете оба брата вели себя по отношению к ней как почтительные и покорные подданные, однако на самом деле они оставили ей лишь видимость власти: кардинал безапелляционным тоном отдавал распоряжения, а его привыкший командовать на поле боя брат поддерживал их столь решительно, что никто не осмеливался им возражать.

Согласно закону, королева-мать не могла ничего сделать без согласия Гизов, так как в Парижском парламенте, превращенном посредством присутствия принцев крови, герцогов и пэров Франции в curia Regis, совершеннолетний король назначил своих дядей на должности управляющих государством. Согласно эдикту от 2 октября 1270 года и ордонансу от августа 1374 года король считался совершеннолетним в тринадцать лет; со временем это положение стало «основным законом» Французского королевства. Юридически у Низов не было конкурентов, и оппозицию порождала только проводимая ими политика.

Враждебно настроенные к Гизам придворные призвали юристов, которые заявили, что королевское совершеннолетие состоит из двух периодов: первый период, когда над малолетним королем устанавливлось опекунство, оканчивался в четырнадцать лет, а второй, когда короля опекал попечитель, продолжался до двадцати пяти лет. Это тонкое различие позволяло признать подпись короля под официальными актами действительной, но лишало юного монарха возможности привлекать к управлению государством лиц по своему выбору. Противники Гизов считали, что только Генеральные штаты вправе назначать членов правительства, а пока управлять государством могли только принцы крови, т.е. Антуан де Бурбон и его брат принц Конде. Так начался ожесточенный спор, продолжавшийся практически на протяжении всего периода Религиозных войн — спор о месте Генеральных штатов, национального представительного органа, и парламента, высшего судебного органа.

На эти аргументы юристы, стоявшие на стороне Гизов, отвечали, что король был совершеннолетним, и ни принцы крови, ни парламент не имели права сомневаться в законности принятых им после восшествия на престол решений. Очевидно, что противники Гизов искали способы нейтрализовать соперников. Заговор в Амбуазе вполне вписывался в контекст борьбы за власть. В «Истории государства Французского в период царствования Франциска II», опубликованной спустя несколько лет под именем Ренье де Лапланша, причинами заговора называются разногласия как религиозного, так и юридического характера. Одни были недовольны тем, что во Франции правят иностранные принцы (Гизы были родом из Лотарингии), ущемляя тем самым права принцев крови (Бурбонов); другие, и в частности, протестанты, брались за оружие, не в силах долее терпеть гонения.

Гизы безжалостно применяли постановления Генриха II против кальвинистов. Они устроили облаву в предместье Сен-Жермен, именуемом «маленькой Женевой», но проживавшие там дворяне-протестанты оказали вооруженное сопротивление. В различных кварталах столицы были произведены обыски и аресты. Демонстрируя всем приверженность политике покойного короля в отношении протестантов, Гизы приказали казнить дю Бура, советника парламента, арестованного при Генрихе И. Казнь эта вызвала многочисленные протесты, однако они не поколебали стремление Лотарингцев подавить протестантское движение. Согласно постановлению, принятому Парижским парламентом 23 декабря 1559 года, все дома, где проходили недозволенные религиозные собрания, должны были быть стерты с лица земли.

Эти карательные меры вызывали недовольство протестантской знати, возмущенной тем, что власть в государстве прибрал к рукам один политический клан. Американский историк Хардинг, изучивший записи государственных секретарей относительно текущих расходов, отметил, что если в 1553 году, во время правления Генриха II, выплаты из королевской казны, сделанные по просьбе Гизов, составили 23%, то в 1560 году, когда оба брата взяли в руки бразды правления, выплаты эти возросли до 74%, а в 1561 году, когда Гизы были вынуждены отойти от власти, процент выплат снизился до 0%. Выплаты, осуществленные в течение этого же времени по просьбам коннетабля Монморанси, составляли от 10% до 0%. После смерти Франциска II королевская казна оказалась во власти Екатерины Медичи, и по ее просьбам из нее было осуществлено 68% выплат. Занимая самые высокие посты в государстве, Гизы распоряжались казной и должностями, щедро черпая из первой и раздавая вторые, и таким образом поощряя друзей, приверженцев и клиентелу.

Большая часть дворян считала сложившееся положение несправедливым, и чувствовала себя обиженнной. Гизов обвиняли в незаконном захвате власти, в том, что, воспользовавшись юным возрастом короля и его неопытностью, они обманом заставили его принять решение в их пользу. Поползли слухи о готовящемся государственном перевороте, многие говорили о необходимости избавить монарха от пагубного влияния Низов. Дворяне-протестанты, давно готовые поднять мятеж, все больше надежд возлагали на принцев крови, и прежде всего на Конде, казавшегося всем естественным главой оппозиции. Сам Конде собирал свидетельства о бесчинствах Низов, и говорил, что Генеральные штаты должны привлечь узурпаторов к суду.

Принц Конде вполне мог поплатиться жизнью за свои угрозы: Гизы усмотрели в них объявление войны всему их клану и стали готовить ответный удар. Однако несмотря на сделанные им заявления, Конде оставался в тени, поэтому историки и по сей день задаются вопросом, какую роль мог бы он сыграть в заговоре в Амбуазе. Конде всегда отрицал свое участие в этом заговоре, равно как и свое присутствие на тайном собрании заговорщиков в Нанте, состоявшемся 1 февраля 1560 года. Знал ли он о заговоре? Давал ли свое согласие на действия заговорщиков?