И когда комиссар осудил такие барские замашки, то командарм стал писать жалобы в Реввоенсовет фронта, требуя убрать строптивого политработника. Выглядит комично, что все его претензии были почти гастрономическими. Он утверждал, что Медведев «подрывает авторитет командарма, а именно - отменяет разрешенную командармом командировку помощнику - зав. разведотделом армии, которому, как главное, поручено закупить и привезти для должностных лиц штаба на праздник масло, поросят, муку...»

Разбираться в ситуации поручили комиссару О. Ю. Калину, и, опровергая демагогические обвинения со стороны Тухачевского в адрес Медведева, проверяющий сообщил: «Причиной обострения взаимоотношений политкомармов с командармом является следующее. С развитием армии развивался и штаб армии, а также все управление, но только по количеству и штату, но не по качеству. Замечался скрытый саботаж, халатное отношение, кумовство. ... Из высших должностных лиц и командарма образовался кадр, который оградил себя китайской стеной от влияния и контроля политкомармов».

Неприязнь к барствующему «вундеркинду» росла, и, хотя Троцкий не упускал из поля зрения своего любимца, в конце 1918 года, когда положение любителя «поросятины» в 1-й армии стало невыносимым, его откомандировали «командовать» 8-й армией на Южный фронт. Здесь Тухачевскому вновь повезло. К этому времени ситуация на Южном фронте для сил Красной Армии складывалась благоприятно. В результате третьего разгрома под Царицыном разложившиеся войска Краснова беспорядочно отступали, и армия Тухачевского не встречала сопротивления казаков. Кроме того, с февраля в Донецкий бассейн вступили войска Добровольческой армии. Самовольно повернув 8-ю армию на Миллерово и не добившись ощутимых успехов, Тухачевский застрял у Донца. Однако и здесь он почти сразу повздорил с командующим Южфронтом Гиттисом. Поэтому через два месяца командования его вернули на Восточный фронт, но уже не в 1-ю, а в 5-ю армию.

Второе пребывание Тухачевского на Восточном фронте тоже едва не закончилось изгнанием. Уже в мае он вступил в очередной конфликт. На этот раз с командующим фронтом, бывшим царским генералом А. А. Самойло. В 1958 году Самойло писал, что с «резким конфликтом между мной и командующим 5-й армией Тухачевским из-за неправильных его донесений о действиях своих дивизий» усложнилось и положение самого комфронта. Сторону Тухачевского принял член РВС Республики Гусев, но когда Самойло обратился к Главкому Каменеву, то «получил разрешение отстранить командарма-5». Правда, осуществить это разрешение «по условиям оперативной обстановки» комфронта «не счел возможным».

Самойло тактично умолчал о том, что в своих карьеристических устремлениях бывший подпоручик «широко пользовался приемом, присущим выскочкам - в своих донесениях он преувеличивал собственные успехи, а неудачи переводилка счета других». Воевавший наскоком и нахрапом, не заботясь о резервах и тылах, не умевший организовать связь и взаимодействие частей, Тухачевский побеждал лишь тогда, когда имел численное превосходство над неорганизованным противником. Сталкиваясь с сопротивлением, он сразу же просил подкрепление и обычно его получал.

Известность Тухачевскому принесла почти партизанская война с Колчаком. Не добившись покорения Москвы, с полностью разложившейся армией, «Верховный правитель» России стал отступать в Сибирь. Вслед за откатывающейся армией ударившегося в бегство Колчака устремилась 5-я армия. Естественно, что отступление колчаковцев не могло продолжаться бесконечно. В августе 1919 года, при подходе красных к Петропавловску, белые оказали сопротивление. Сковав части 5-й армии с фронта, они перешли в контрнаступление. «Корпус сибирских казаков атамана Иванова-Ринова опрокинул войска Тухачевского и погнал их назад, к Тоболу». Отступая со своими частями, Тухачевский в панике бежал, переправившись через реку. От полного разгрома «пятоармейцев» спас очередной командующий Восточным фронтом красных, бывший царский генерал В. А. Ольдерроге, ударивший во фланг белых. В себя бывший подпоручик пришел только к 29 октября, когда пополнил дивизии из резерва фронта.

Впрочем, то, что он «постоянно пренебрегал пополнением материальных запасов и подтягиванием тылов, бросал в бой сразу всю массу своих войск, не оставляя резервов», вообще являлось особенностью «полководческого почерка» Тухачевского. Поэтому командованию фронта постоянно приходилось прилагать значительные усилия для восстановления положения. Еще одной особенностью войны в Сибири являлось и то, что «ряд городов — Самара, Кузнецк, Томск, Челябинск — был освобожден партизанами или восставшими рабочими еще до того, как к ним подходили войска» 5-й армии. Однако слава «победителя» доставалась Тухачевскому.

Впрочем, эта приписанная ему «слава» преувеличивает степень значимости его участия в военных действиях. В действительности его воинские заслуги более чем скромны. Три года империалистической войны он провел в плену. 23 дня (с 28 декабря 1918 по 19 января 1919 г.) он помощник командующего войсками Южного фронта. Командующий 8-й армией Южного фронта с января по март 1919 года, затем, с апреля по ноябрь, возглавлял 5-ю армию. После этого более двух месяцев он находился за штатом, и лишь с 31 января 1920-го по 28 апреля 1920 года (т.е. неполных четыре месяца) он был временно командующим войсками Кавказского фронта.