Непреодоленной оказалась проблема минных катеров. Еще в 1903 г., признав неправильным дефектом применение 56-футовых катеров с носовой минной трубой (отчего они не могли развивать скорость боЛее 10 уз), МТК решил принципиально принять английский тип 56-футового катера с бортовыми минными решетками. Такой катер с деревянным корпусом на крейсере "Громовой" развивал скорость до 14 уз. Велись переговоры о заказе таких катеров (с металлическим корпусом) фирме Крейтона, но все закончилось прежним типом с трубчатыми аппаратами.

Академический образ мышления не оставлял МТК даже в самый разгар достроечных работ. С поразительной индифферентностью он в продолжение восьми месяцев мог ожидать результатов кренования броненосца "Император Александр III", которое еще 27 сентября 1903 г. провел заведующий опытовым судостроительным бассейном подполковник по адмиралтейству А.Н. Крылов. Даже война не могла подвигнуть МТК к естественной, казалось бы, любознательности относительно безопасности головного броненосца серии, уже однажды чуть было не опрокинувшегося на испытаниях (23 сентября 1903 г). Расчет, выполненный А.Н. Крыловым, Балтийский завод представил в МТК только 26 мая 1904 г. Задержка, по-видимому, была вызвана особенно обострившимся в то время конфликтом А.Н. Крылова с Н.Е. Кутейниковым, который упорно отвергал предлагавшиеся с 1901 г. А.Н. Крыловым таблицы непотопляемости. В МТК же только 27 июня сподобились рассмотреть расчеты А.Н. Крылова и нашли нужным повторить кренование в условиях более полной нагрузки. Не спешил МТК рассмотреть и другую инициативу А.Н. Крылова, который еще 24 апреля предлагал практические меры по повышению боевой остойчивости броненосцев типа "Император Александр III".

По странности, никто до А.Н. Крылова не сумел обратить внимание на опасность, которой кораблю грозил тот 18-20° крен, при котором начинают уходить в воду косяки открытых портов 75-мм батареи. Обнаружилось это во время обстоятельного осмотра палуб корабля, который А.Н. Крылов вместе с С.К. Ратником провел 19 апреля после испытания поворотливости "Императора Александра III". Тогда-то, выбирая место установки дополнительных переборок для устранения слишком обширного подразделения батарейной палубы, А.Н. Крылов обратил внимание С.К. Ратника на экстренные выходы из кочегарных отделений. Идя в виде шахт, они на батарейной палубе заканчивались люком размером 3x3 фт, снабженным комингсом высотой 7 дм. Крышками они не закрывались. Чтобы устранил, риск затопления корабля через эти шахты, А.Н. Крылов предложил снабжать выходы из люков тамбурами, двери в которые должны быть всегда в закрытом положении. С.К. Ратник, согласившись с этим решением, приказал осуществить его на тех броненосцах, машины которых строил Балтийский завод. Подобные же меры, напоминал А.Н. Крылов в своем рапорте в МТК от 24 апреля № 50, следует осуществить и на остальных броненосцах.

При обсуждении этого решения, с согласия Балтийского завода, признали более конструктивным решение применить вместо тамбуров крышки. Их в крайнем случае можно было открывать снизу. Еще большее увеличение боевой остойчивости можно было достичь установкой позади 75-мм пушек продольных переборок. Решение зто ввиду большой трудоемкости приходилось откладывать "на будущее время", которое, по-видимому, ожидалось после войны. Пока же предлагалось в уровень с броневой палубой заделать наглухо по два люка на стороне, ближайшей к бортам.Служившие запасными выходами из кочегарки шахты этих люков следовало сохранить, чтобы восстановить их функции после устройства переборок.

18 июня С.К. Ратник докладывал Управляющему, что предлагаемая МТК ликвидация уже законченных к этому времени люков создает угрозу задержки готовности обоих броненосцев к 1 июля. Проблема же защиты корабля от затопления отсеков при минном взрыве вблизи запасных выходов может быть безболезненно решена задраиванием люков во время боя и при ожидании минной атаки. Своей резолюцией от 29 июня Ф.К. Авелан с предложением С.К. Ратника согласился, МТК получил соответствующее предписание и 24 июня об этом решении сообщил командующему 2-й Тихоокеанской эскадрой.

Многократно проявив себя при создании серии броненосцев типа "Бородино" МТК на пороге и во время войны с Японией стал еще более вредоносным. В этом был главный корень просчетов в технической политике и постоянных срывах сроков готовности кораблей. Все отделы МТК приложили к этому руку. Кораблестроительный долго топтался вокруг проблемы управляемости корабля и сетевого заграждения, минный – не хотел расставаться с явно ненужными на больших кораблях торпедами, минами и минными катерами, артиллерийский – со столь же неэффективными пушками мелкого калибра. Нимало не озабочены были ученые-артиллеристы низкой скорострельностью русских пушек и никуда не годными боеприпасами. Но если в этих бедах были повинны и душившая флот "экономия", и немощь тогдашней тактической мысли, то позиция механического отдела во всем была ретроградской. Бодро провалив введение в 1897 г. на флоте нефтяного отопления котлов, он совершенно устранился от решения проблемы создания соответствующего типа котла, а в 1904 г. от этого отопления на успешно применявшегося на "Ростиславе" и "Князе Потемкине-Таврическом" отказался. Внедрение прогрессивного начинания было задержано более чем на 10 лет.

Несмотря на скандальные аварии с котлами "Победы" и "Осляби" в 1903 г., МТК не сделал никаких выводов по решению поднятой С.К. Ратником чрезвычайно обострившейся проблемы кадров. С особым упорством механический отдел держался за уже явно уступавшие новым образцам котлы Бельвиля и категорически настаивал на полном и безоглядном копировании проекта машин на "Бородино" по образцу "Цесаревича". В то же время, смело отказавшись от экономайзеров, МТК засомневался в усовершенствованиях в парораспределении, которое завод Форж и Шатье внес в конструкцию машин "Цесаревича". Обязанный строго копировать французский проект, Франко-русский завод предложил осуществить это усовершенствование, но МТК журналом № 34 от 10 апреля 1901 г. (с одобрения Управляющего) решил "обождать" результатов испытания "Цесаревича". Испытания подтвердили предусмотрительность французского завода. Выявилась и необходимость замены прежних трехлопастных винтов (они позволили достичь лишь 17,05- узловой скорости) на четырехлопастные, которые на сдаточных испытаниях при мощности 15 254 л.с. позволили довести скорость до 18,75 уз. Но и эти новшества МТК принять не спешил. Только война заставила обратиться к их применению на "Бородино".

Журналом № 6 по механической части от 10 февраля 1904 г. с привлечением главных ученых-механиков технического директора Франко-Русского завода Ф. А. Брикса (1855-1936) и старшего помощника главного инспектора механической части МТК В.И. Афанасьева (1843-1913) было решено поручить-таки Франко-русскому заводу изготовить и установить на "Бородино" такие же четырехлопастные винты, какие применены на "Цесаревиче". Вместо экстренной подготовки к плаванию, теперь приходилось готовиться к внеочередной постановке в док. Еще более эпохальной оказалась проблема чугунных эксцентриков, которые на "Цесаревиче" за время с февраля по сентябрь 1903 г. ломались трижды. В МТК и к этим происшествиям отнеслись "спокойно". Правда, с беспредельным негодованием отнесся к происшествиям на "Цесаревиче" З.П. Рожественский, до которого дошло, что поломки эксцентриков могут не позволить кораблю успеть дойти до Порт-Артура.