По заключении следствия игуменья Митрофания при особом заявлении представила свое духовное завещание, никем не засвидетельствованное и без подписи свидетелей, писанное собственноручно 3 декабря 1867 года с приписками 30 июня 1870 года, 10 января и 2 ноября 1871 года, 2 апреля и 14 сентября 1872 года и 26 декабря 1873 года. Все эти приписки писаны чернилами разного цвета, то есть бледными, темнее, еще темнее и черными. Содержание духовного завещания не имеет отношения к делу; но все приписки написаны именно в те числа, которые относятся к разным моментам появления подложных документов по делу Солодовникова, а цвет чернил, которыми написано завещание и приписки на нем, объясняется тем, что у игуменьи, когда она содержалась под стражей, были отобраны три пузырька: с чернилами, с йодом и св. теплотой, доставленной ей с просфорой из Страстного монастыря. Опыт доказал, что цвет теплоты, если ею писать, наиболее подходит к цвету чернил, которыми писано духовное завещание.

Все эти обстоятельства приводят к убеждению, что и духовное завещание написано задним числом в полицейском доме.

Не признавая себя виновною в подлоге, игуменья Митрофания ссылалась на свидетелей священника Владимира Скороходова, дьякона Сперанского, монахинь Зинаиду и Досифею, рясофорных послушниц Магдалину и Селафилу, жену губернского секретаря Коврайскую, игуменью Страстного монастыря Валерию, купца Торопова и телеграфиста Алексеева, которые и были допрошены, но показания их существенного значения не имеют.

Во время содержания игуменьи Митрофании под стражею при Сущевской части была перехвачена ее тайная переписка с игуменьей Валерией.

В их письмах и записках встречаются следующие места:

Игуменья Митрофания пишет игуменье Валерии: «Скажи Зинаиде — Лебедев прислал 500 аршин дорожки, ее о том спросят».

Далее «Кто учил персики и ананасы варить (т. е. Торопов), скажи ему, в марте получил расчет часть деньгами, часть распиской на 17 тысяч рублей, потом еще давал и в апреле получил общую квитанцию; немедленно повидайся, передай».

Записка по поводу перехваченного донесения в консисторию:

«Умоляю насчет бумаги, она необходима. Он (т. е. следователь) именно молод и проговорился как дитя и фанфарон, а меня великомученица Анастасия и ангел-хранитель вразумили: этим все разъяснится и утвердится. Он мне вчера прямо сказал, что они мне не верят, что все теперь придумали, 1) свидетели подставные, 2) не верят шнуровой книге, что она и судом отвергается. В этой бумаге будет отпор всем их доводам. Ее Зинаида должна непременно представить, а донесение задним числом, чтоб не могло быть подозрения. Устрой ради Бога. Об этом можешь сказать одному Врубелю, а можешь и без него, еще лучше, т. е. не говори, что это сегодня сделано, а посоветоваться не худо. Он Розанова (секретаря консистории) научит, как написать».

Далее в этой же записке говорится:

«Если Фриденсон приехал, скажи ему, что Епштейн будет спрошен опять о векселях, т. е. Тимофей Епштейн, то чтоб он не проговорился о времени получения».

В другом письме, от 10 декабря, игуменья Митрофания пишет: «Спрашивал, не брала ли я пакета из ризницы от отца Владимира; я ответила ему, что не брала».

В письме, писанном карандашом, 7 декабря игуменья говорит: «Зинаиде скажи, что я показала, что пакет лежал в Воскресенской ризнице...» Далее прописывается все показание и кончается словами: «...а то, если позовут ее, то то же самое подтвердила бы. А еще Торопова призови, скажи ему, что я показала, что он мне возвратил векселя на 38 тысяч рублей при расчете с ним в марте; если спросят, чтобы подтвердил».

В записке, найденной на дне коробки, также от 7 декабря, игуменья Митрофания пишет: «Прошу, напиши мне про векселя Утенина, что же мне сказать, если спросят».

Со своей стороны игуменья Валерия в письме от 10 декабря отвечает: «Надеюсь, что ты все получила исправно». Далее говорится о торжестве злобы над невинностью, ожиданиях приказания освободить игуменью Митрофанию и прибавляется: «Насчет Магдалины не беспокойся, она здесь и готова к ответу. Отца дьякона и Алексеева уже спрашивали, и они отвечали, как следует». В конце письма говорится: «Сейчас узнала, что Красных не так показал, и Плевако говорит, что за то тебя и посадили; что именно он сказал — не знаю, но узнавши — сообщу. Вот тебе и еще подлость Попова: он узнал, что Красных не так показал, а тебя обманул и убаюкал».

На основании всего вышеизложенного обвиняются:

Начальница Московской Епархиальной Владычне-Покровской общины сестер милосердия и Серпуховского Владычного монастыря игуменья Митрофания в совершении преступных деяний.

Московский 2-й гильдии купец Павел Васильевич Макаров в совершении преступных деяний.

Серпуховской 2-й гильдии купец Алексей Платонович Махалин в соучастии с игуменьей Митрофанией в совершении преступных деяний.

Зубной врач Лев Данилович Трахтенберг, временно сапожковский купец Яков Григорьевич Красных в соучастии с игуменьей Митрофанией в совершении преступных деяний.

Все они подлежат суду Московского окружного суда с участием присяжных заседателей.

Господа судьи, господа присяжные заседатели! На вашу долю выпало произнести приговор по беспримерному делу в летописи уголовного суда. Судебное следствие в течение 11 дней развивало перед вами все мельчайшие подробности по этому делу. Обвинение думает, что обстоятельства дела вполне разъяснены и совершенно точно расследованы. Вам остается собрать в вашей памяти все мелкие подробности в одно целое и произнести ваш приговор.