Координация движений, по мысли Бернштейна, осуществляется по иерархической лестнице. Это происходит примерно так же, как при проведении военных операций. Генерал не следит за действиями каждого солдата, он ставит общую задачу перед командирами частей. Те в деталях доносят ее до командиров подразделений, и уже младшие командиры ведут в бой солдат, старясь занять ту или иную высоту, тот или иной населенный пункт. В мозгу также имеется группа нейронов, которая определяет общую стратегию движения. Группы нейронов второго уровня организуют порядок и последовательность ввода в действие групп мышц, а группы еще более низкого уровня посылают импульсы мышцам.

В годы Великой Отечественной войны и сразу после ее окончания идеи Бернштейна о построении движений были использованы для восстановления двигательной активности раненых.

Свои открытия Н. А. Бернштейн изложил в книге "О построении движений", вышедшей в 1947 году. А в 1948 году он стал лауреатом Сталинской премии и был избран членом-корреспондентом Академии медицинских наук. Но вскоре началась кампания расправы с интеллигенцией. Генетика и кибернетика были объявлены буржуазными лженауками, пострадали писатели Анна Ахматова и Михаил Зощенко, великие композиторы Сергей Прокофьев и Дмитрий Шостакович. Власти развернули борьбу с так называемыми "безродными космополитами", а если выражаться без экивоков, то начали преследование евреев.

В области физиологии расправа с прогрессивными учеными шла под лозунгами верности павловскому учению, превращенному одновременно и в икону и в дубину. Разумеется, Н. А. Бернштейн попал под удар, причем оказался дважды виноватым - осмелился спорить с идеями Павлова и был евреем. Перед тем как выгнать со всех мест работы, его "прорабатывали" на собраниях. Он сам рассказывал, как одна наивная девочка, аспирантка, выступила и со слезами на глазах сказала: "Вы, наверное, так ругаете Николая Александровича, потому что думаете, что он еврей, да?" - на что в ответ в зале дружно засмеялись.

В 1950 году во время объединенной сессии Академии наук СССР и Академии медицинских наук (известной как "Павловская сессия") работы Бернштейна были подвергнуты жестокой критике. Его обвиняли в том, что в своей книге "О построении движений", за которую, напомним, два года назад получил Сталинскую премию, не было ссылок на труды И. П. Павлова. Вскоре его уволили, и до самого конца жизни он больше не имел лабораторной базы для работы.

В то зловещее время был заведен такой порядок: если человека и не сажали, то его по крайней мере лишали куска хлеба. Ахматову и Зощенко, например, просто перестали печатать. Николая Александровича спасало блестящее знание еще с детских лет иностранных языков. Он несколько лет перебивался тем, что писал рефераты статей из иностранных научных журналов. Николай Александрович шутил: "Удивительная работа! Целый день читать интересные книги, и за это еще получать деньги". Как-то один из приятелей спросил: "Вы до сих пор нигде не работаете?". "Что вы, - ответил Николай Александрович, - я все время работаю, я просто до сих пор нигде не служу". Друга Н. А. Бернштейна, известного психолога А. Р. Лурию, попросили передать Николаю Александровичу предложение покаяться, за что обещали смягчить наказание. "Лучше я умру!" - был ответ.

В годы травли некоторые прежде даже близкие коллеги Бернштейна боялись здороваться с ним при встрече. А вот К. И. Чуковский, который лично его не знал, после ругательной статьи в "Правде" демонстративно пришел к Николаю Александровичу домой, чтобы пожать руку. Об этом эпизоде помнит приемная дочь ученого Татьяна Ивановна Павлова:

– В начале 1950-х годов знакомые, встретив попавшего в опалу человека, боялись с ним поздороваться и часто переходили на другую сторону улицы, чтобы не столкнуться лицом к лицу. Николай Александрович прекрасно понимал чувства таких людей, почти перестал выходить из дома и отвечать на редкие телефонные звонки. Мне он приказал никого не принимать. И вот однажды раздался звонок в дверь. Я пошла открывать. На пороге стоял высокий человек с очень знакомым лицом. Он спросил, дома ли Николай Александрович. Я, как было велено, ответила, что его нет и когда вернется, не знаю. "Как жаль, - сказал высокий человек, - ведь я приехал повидаться с ним из Ленинграда", после чего попрощался и ушел. Николай Александрович поинтересовался, кто приходил. И когда я описала внешность этого человека, отец воскликнул: "Как жаль, ведь это был Корней Иванович Чуковский!". Через несколько минут в квартире вновь раздался звонок и на пороге возник К. И. Чуковский. Он извинился и попросил разрешения вызвать по телефону такси, так как никак не мог его поймать на улице. "Для вас, Корней Иванович, Николай Александрович всегда дома", - сказала я и провела гостя к Бернштейну. Они поздоровались, и Чуковский сказал: "Я не был с вами знаком, но приехал пожать вам руку и сказать, что интеллигенция Ленинграда возмущена расправой над вами". Мне хотелось послушать разговор, и я задержалась в комнате. Но хозяин и гость вскоре перешли на английский. Когда Чуковский ушел, я спросила, почему они говорили по-английски. Бернштейн ответил: "Ты еще маленькая. Можешь сболтнуть кому-нибудь, а люди из-за этого пострадают".

Жил Бернштейн очень бедно, в одной комнате коммунальной квартиры в Большом Левшинском переулке. До революции вся эта квартира принадлежала его отцу, Николаю Александровичу. По воспоминаниям жены ученого, Наталии Александровны, он каждый вечер проводил с семьей - играл на рояле, показывал звездное небо и рассказывал о нем удивительные истории, мастерил модели железнодорожных вагонов, где все было как настоящее, точно выдержаны все масштабы, часто рисовал Эйфелеву башню, которой восхищался всю жизнь. Он даже написал статью "Башня Эйфеля", которая была опубликована в шестом номере журнала "Наука и жизнь" за 1964 год.

Когда Сталин умер и кибернетика была реабилитирована, идеи биологической активности, выдвинутые Бернштейном, оказались вновь востребованы физиологами, кибернетиками, психолога ми. В начале 1960-х годов Н. А. Бернштейн много общается с физиками и математиками, пишет на темы кибернетики в специальные журналы, принимает участие в семинаре, организованном молодыми математиками, биологами и физиками.