Важные реформы были проведены в сфере управления. На местах развернулась губная реформа. Судебник 1550 г. резко ограничил прерогативы кормленщиков: из-под их юрисдикции были выведены все служилые дети боярские. В феврале 1549 г. состоялось первое собрание представителей ряда сословных и статусно-чиновных групп (думные чины, члены двора из разных страт, возможно, уездные дети боярские) по поводу искоренения «неправд» времен «боярского правления». Это дало толчок к дальнейшим переменам. На 1548–1549 гг. приходится становление и отдельных центральных ведомств-приказов (в том числе Посольского), разрастание функций канцелярий Большого дворца и Казны.

Еще одна область перемен — преобразования в армии. Это улучшение обеспечения поместного ополчения, формирование постоянных стрелецких войск, вооруженных огнестрельным оружием. Стрельцы обеспечивались коллективно землей, городскими дворами (не облагавшимися тяглом), небольшим денежным жалованьем, сохраняя право на мелкую торговлю и ремесло. Заметно увеличился артиллерийский парк, обслуживавшие его пушкари были выделены в особую группу служилых людей «по прибору».

Важные изменения произошли и в церковной сфере. В 1551 г. был созван церковный собор, на котором помимо царя, митрополита Макария и высших иерархов Церкви присутствовали также князья, бояре, служилые люди. Свод постановлений собора по числу разделов получил название Стоглав, отчего и сам собор стали называть Стоглавым. Соборные постановления были направлены на осуждение всех видов «церковных нестроений» и принятие мер по их исправлению. На соборе был подведен итог спорам о церковном землевладении, которые несколько десятилетий вели иосифляне и нестяжатели. По решениям собора церковь сохранила земли и другое имущество, но впредь ей было запрещено увеличивать свои владения в городах, а крупные земельные вклады нд помин души разрешалось принимать только по согласованию с государственной властью.

В практике 40-50-х годов совместные заседания церковных иерархов со светскими «синклитами» были заурядным фактом. Если православный идеал симфонии светской и церковной властей осуществлялся когда-либо в России, то эпоха Избранной рады была к нему ближе всего.

Центральной реформой Рады стала отмена кормлений и создание новых органов местной власти (согласно принятому в 1556 г. Уложению о службе как части «Приговора царского о кормлениях и о службе»). Эти перемены на уровне городов, волостей и уездов повлекли за собой изменения в важнейших сферах жизни общества, на всех уровнях государственного устройства.

Возникающие органы власти кардинально отличались от прежних по способу комплектования: они были выборными, а не назначаемыми из центра; соблюдался принцип представительства от локальных сословных групп. В уездах с развитым светским землевладением во главе стояли «выборные головы» или старосты из местных (нередко отставных) детей боярских. В ближайшей перспективе вместо возможных двух-трех голов («излюбленных», «судейских», «губных») оставался один управитель, в руках которого концентрировались все функции. Его аппарат состоял из дьячка (подьячего) и целовальников из крестьян. Если в уезде были черносошные волости с собственным самоуправлением, оно было подконтрольно старосте. Там, где государственное крестьянство численно преобладало, а также в городах, выбирали земских старост, а в помощь — земского дьячка и целовальников. В больших уездах система самоуправления была двухуровневой: уезд — волость.

Новые органы власти получили функции административного управления и суда. Они занимались раскладкой, сбором и отправкой в столицу налогов. Новые власти осуществляли реализацию поступивших из центра распоряжений. Они же отвечали за исправное отбывание государевых повинностей. Хотя судейским, губным и земсющ старостам был подведомствен ряд уголовных дел, последние подлежали контролю столичных инстанций: произошло перераспределение судебных прерогатив в пользу Москвы. Это повлекло перестройку московских учреждений. Естественной основой для рождения новых ведомств стали Большой и областные дворцы, Казна, боярские комиссии. Хотя первые приказы появились ранее 50-х годов XVI в., реальное их рождение как системы управления происходило в эпоху Избранной рады.

Одни из них решали задачи в масштабах всего государства. Так, Посольский приказ ведал дипломатическими сношениями, Поместный — учетом земель, обеспечением поместьями служилых дворян, составлением исходной базы для государева фиска. В Разрядном приказе были сосредоточены функции по организации военного дела и воинской службы благородных сословий, по их учету, определению качества службы каждого дворянина. Аналогичные задачи в отношении служилых людей по прибору исполняли возникшие немного позже Пушкарский и Стрелецкий приказы. Сыском и судом по делам высшей уголовной юрисдикции ведал Разбойный приказ (он был верховной инстанцией для всех местных судов). В Холопьем приказе велся учет и осуществлялся контроль над всеми сделками с холопами.

Приказы второго вида надзирали в административном и судебном планах над определенными территориями и разрядами населения. Такими были Большой и областные дворцы. В столице судебные и прочие дела тяглого населения посадов и сотен находились в ведении Земского приказа.

Принципы комплектования местных органов способствовали сословной самоорганизации локальных сообществ. Это касалось прежде всего провинциального дворянства. Господствующий класс становился единым: по правилам материального обеспечения (наделение поместьями и выдача денежного жалованья); по юридическому статусу (подсудность монарху или приравненному к нему суду); по нормам военной службы (в соответствии с уложением 1556 г.).

Сословное и сословно-групповое обособление служилых людей по отечеству продвинулось в середине XVI в. далее, чем в других слоях общества. Признаки формирующейся сословности можно заметить у верхушки купечества, служилых людей по прибору (они объединялись несением военной службы, освобождением от тягла, групповым обеспечением денежного и поземельного жалованья), тяглых горожан. Крестьянство делилось на «государственных» (черносошных, а в завоеванных ханствах — ясачных) и владельческих (дворцовых и зависимых от светских или церковных землевладельцев).