Специальным решением постановили не рассматривать иностранные кандидатуры, равно как и кандидатуру сына Марины. Всего на январских обсуждениях фигурировало около десятка имен, цвет российской знати. Наиболее серьезными казались шансы князя Д.Т. Трубецкого, потратившего огромные средства на прямой и косвенный подкуп казаков. Среди претендентов фигурировало и имя Пожарского, но он не пользовался большой популярностью у казаков. Когда отбор кандидата зашел в тупик, вновь возникло имя шведского королевича Карла Филиппа (его старший брат Густав Адольф уже правил Швецией). В качестве компромисса была предложена фигура 16-летнего Михаила Романова, сына митрополита Филарета. В его пользу говорило родство с последней династией (царь Федор Иоаннович по матери приходился двоюродным братом Филарету), юный возраст (это предполагало его безгрешность перед Богом и неучастие в Смуте), малочисленность родового клана, широкие связи отца, попавшего в польский плен, отстаивая национальные интересы. Под сильным давлением казаков кандидатура Михаила получила предварительное одобрение 7 февраля. Специально посланные лица удостоверили на местах согласие с таким решением. 21 февраля торжественный акт окончательно подтвердил выбор нового российского царя.

Смута не закончилась фактом избрания Михаила царем, хотя бы уже потому, что без международного урегулирования нельзя было считать гражданскую войну завершенной, продолжались отдельные крестьянские выступления, движения и восстания казачества. Заруцкий попытался в 1612 г. на окраинах Рязанщины собрать антиправительственные силы из мелких дворян, приборных служилых, вольного казачества и некоторых групп крестьянства. В его распоряжении был реальный и «законный» претендент на российский трон: сын Марины от Лжедмитрия II. Тем не менее его затея не удалась. После поражения под Воронежем летом 1613 г. он бежал в Астрахань. Попытки создать здесь очаг казачьего движения или же отдаться под покровительство персидского шаха оказались безрезультатны. Летом 1614 г. Заруцкого и Марину с сыном арестовали на Яике. Той же осенью Заруцкий и малолетний Иван были казнены в Москве, а Марина Мнишек вскоре умерла в заключении.

В 1615 г. вспыхнуло казацкое «восстание Баловня». Выступления казаков тех лет всегда связаны с массовыми грабежами и разбоями по маршруту движения. Их подпитывали усилившиеся за годы Смуты антидворянские настроения казаков. Особая опасность восстания Баловня проистекала из незащищенности столицы в момент появления в начале июля 1615 г. казачьих отрядов. Когда подтянулись правительственные войска, обманным путем удалось отсечь предводителей от основных сил и неожиданно напасть на таборы казаков. Сам Баловень с 36 товарищами был повешен в Москве, десятки других — в крепостях. Никогда более войско вольных казаков не достигало таких размеров, и никогда беспомощное правительство не находилось длительное время в столь унизительном положении. Последний поход Владислава в Россию в 1617–1618 гг. сопровождался переходом части казаков на его сторону. Позднее значительные группы казаков получили поместья по индивидуальным нормам или коллективно. Они составили важный элемент российской армии.

Открытая агрессия Речи Посполитой против России продолжалась с 1609 по 1613 г., а затем в 1617–1618 гг. Швеция приступила к захвату российских земель в 1611 г. Если действия на Карельском перешейке и в Новгородской земле были удачны для шведов, то их попытки захватить Кольский полуостров, Заонежские погосты и южное Беломорье завершились провалом. Такой же результат имело наступление на Тихвин. В 1615 г. сам Густав Адольф предпринимает осаду Пскова, оказавшуюся безуспешной. В итоге Швеция пошла на переговоры; по Столбовскому миру, заключенному в 1619 г., за ней осталась Ижорская земля, Карела с уездом, сохранились невыгодные для России статьи Тявзинского мира 1595 г., гарантирующие полный контроль над русской торговлей на Балтике. Но Новгородская земля была возвращена России, а Карл Филипп полностью отказался от претензий на российский трон.

В принципе нуждалась в свободе рук и Речь Посполитая. Сейм 1616 г. вотировал последний поход королевича Владислава в Россию в погоне за троном. Походу предшествовали безуспешные попытки русской армии взять Смоленск и столь же неудачные попытки переговоров при посредстве Империи. Новый всплеск войны лишь подчеркнул бесперспективность дальнейшей интервенции. Правда, отряды гетмана запорожцев Сагайдачного прошлись огнем и мечом по южному и юго-западному региону страны. Тем не менее 1 декабря 1618 г., после неудачного штурма Москвы, в деревеньке Деулино неподалеку от Троицкого монастыря было подписано перемирие. Его условия были крайне тяжелыми для России: она уступала Речи Посполитой Смоленск с уездом, Себеж с округой, Чернигов, Новгород-Северский, Дорогобуж и некоторые другие города. В ряде мест граница вернулась на рубежи 90-х годов XV в. Но самое существенное — Владислав не отказался от своих прав на русский трон. Важным пунктом соглашения был размен пленных — в Россию должны были вернуться все оставшиеся в живых члены Великого посольства, попавшие в плен при взятии Смоленска и в последнюю кампанию (в том числе отец царя митрополит Филарет).

Последствия Смуты для развития страны были катастрофичны. После нее роль России в системе европейских политических и экономических связей во многом ослабла. К примеру, южная граница была просто распахнута, восстанавливать ее начали только через двадцать лет. Долгие годы насилий и грабежей, связанные во многом с действиями иноземных войск, не могли не усилить ксенофобию в русском обществе. В Европе, расколовшейся в канун Тридцатилетней войны на два лагеря, Россия естественным ходом событий была вовлечена в антигабсбургскую коалицию. Но в рамках этого лагеря она оказалась на периферии. Потребовалась половина столетия, чтобы преодолеть самые негативные последствия Смуты в международном положении России. Только при Петре I был решен балтийский вопрос, столь актуальный для страны во второй половине XVI — начале XVII в.

В экономическом плане Смута оказалась долговременным, мощным откатом назад. Мерзость запустения — это словосочетание было буквально приложимо к огромным областям страны. Относительное восстановление аграрного производства произошло только в середине — третьей четверти XVII в. Если в ходе гражданской войны некоторые тенденции и явления некрепостнического свойства проявились резче и сильнее, то экономические и социальные результаты Смуты усилили факторы крепостнического порядка. Вольное казачество в качестве военного сословия с традиционным обеспечением в виде кормлений — явление, не нуждающееся в крепостном режиме. И наоборот, начавшаяся трансформация верстанных казаков в помещиков — путь к развитию с крепостнической ориентацией. Фактическая отмена ограничений крестьянского перехода была продиктована реалиями Смуты. Но когда стали преодолевать ее последствия, первое, за что ухватилось правительство в 20-е годы, — восстановление запрета на право перехода крестьян и удлинение сроков сыска беглых.

Еще одна черта: никогда, вплоть до 1861 г., Россия не знала такого всплеска деятельности институтов сословного представительства. Функционировали Земские соборы (в том числе «советы всея земли») с резко расширившимся составом, усилением реальных выборов и заметно возросшими прерогативами, включая ряд функций исполнительной власти. Областные (городовые) же институты представительства местных сословных групп были вообще новостью. Однако участие в подобных органах воспринималось скорее как новая обременительная служба, а не способ достижения своих групповых интересов, и в дальнейшем деятельность таких представительных институтов в центре и на местах постепенно замирает.