Существенное воздействие оказала «революция цен», особо затронув поденщиков, наемных рабочих и ремесленников, не имевших ресурсов кроме заработной платы. Не случайно именно их называли главными виновниками смут и ереси в городах. Сеньоров кризис коснулся в разной степени. Те, кто образовал хозяйственные комплексы из земель своего домена и скупленных крестьянских цензив и сдавал их фермерам на условиях срочной аренды, могли приспособиться к изменениям рыночной конъюнктуры. Но это было характерно лишь для некоторых районов Франции, преимущественно северных. Многие сеньоры жили по-старому, и для части дворян, особенно для представителей младших ветвей, главным источником существования оставалась военная служба. С окончанием Итальянских войн они лишились и этого.

Многие считают, что Религиозные войны стали реакцией традиционного общества на успехи королевской власти. Принцы стремились возвратить былые права и привилегии, горожане хотели вернуть свои свободы и восстановить равновесие в городской общине, где все большую власть захватывали королевские чиновники. Однако в первую очередь причины войн носили религиозный характер. Конечно, кто-то желал нажиться на церковном имуществе, кто-то — устранить конкурентов, но и кальвинисты, и католики готовы были умереть за веру. Протестанты, обличая «идолопоклонников», разбивали статуи святых, разрушали церкви и монастыри. Католики, видя в протестантах слуг Антихриста, считали своим долгом их истребить, иначе гнев Господень падет на родной приход, город или королевство. Столкновения было трудно избежать.

Трагическую смерть Генриха II многие сочли доказательством воли Провидения, о котором говорил Кальвин. Король, гонитель «истинной веры», сам погиб в расцвете сил. Ряды протестантов множились, к ним шли те, кто считал себя обойденным — аристократы и ветераны Итальянских войн. Поскольку протестанты находились в тесной связи с Женевой, их прозвали «гугенотами» (от искаженного нем. Eidgenossen — союзник, член швейцарской конфедерации). Недовольных возглавили принц Луи Конде и Антуан Бурбон, женатый на Жанне д’Альбре, королеве Наваррской — представители знатнейшего рода Бурбонов, отодвинутого от власти «иностранцами», лотарингскими Гизами.

Если в борьбе за влияние на Генриха II аристократические клики уравновешивали друг друга, то при Франциске II (1559–1560) равновесие оказалось нарушено. Король, которому не исполнилось и 16 лет, находился под влиянием своей жены Марии Стюарт, и ее родни — Франсуа Гиза и кардинала Лотарингского. Гизы заботились о своей клиентеле: распустив армию, они сохранили жалование лишь для верных им частей. У ворот королевского замка в Амбуазе стояла виселица, на которой кардинал Лотарингский обещал повесить любого, кто станет досаждать королю просьбами о пенсии. При этом Гизы выступали защитниками католической веры, преследуя «еретиков».

«Амбуазский заговор» призван был освободить короля «от тирании Гизов». После того как заговор был раскрыт, рядовых заговорщиков, в основном кальвинистов, повесили на зубцах Амбуазского замка. Расследование изобличило участие в заговоре принца Конде, которого спасла лишь внезапная смерть Франциска II (5 декабря 1560). Его брату Карлу IX (1560–1574) было 10 лет. Королева-мать Екатерина Медичи, став регентшей, опасалась чрезмерного усиления какой-то одной из аристократической группировок и предпочитала балансировать между ними. Она освободила Конде, назначив Антуана Бурбона генеральным наместником королевства.

Опираясь на советы канцлера Мишеля де Лопиталя, Екатерина Медичи пыталась установить единение в условиях религиозного раскола и жесточайшего финансового кризиса. На созванных в декабре 1560 г. Генеральных Штатах в Орлеане было объявлено, что государственный долг превышает 42 млн ливров. Эта сумма в четыре раза превосходила все доходы государства. Дворяне и горожане требовали продать имущество Церкви для покрытия долга. Духовенство же согласилось оплачивать часть долгов короля по муниципальным рентам (государственным займам). В соответствии с жалобами сословий был составлен план реформирования судопроизводства, предприняты попытки религиозного примирения. Еще на открытии Штатов канцлер Лопиталь призывал: «Отложим в сторону эти дьявольские слова: “политические партии”… “лютеране”, “гугеноты”, “паписты” и будем называться просто “христианами” и “французами”».

В 1561 г. состоялся коллоквиум в Пуасси, куда были приглашены католические прелаты и кальвинистские пасторы, чтобы под эгидой короля положить конец религиозному конфликту. Стороны не шли на уступки, тем не менее, правительство во что бы то ни стало хотело установить религиозный мир. Согласно январскому эдикту 1562 г. («Эдикт терпимости»), вплоть до восстановления церковного единства запрещались преследования по религиозном признаку. Кальвинистам была дарована свобода вероисповедания, но запрещались собрания в городах, чтобы не смущать католиков.

Это был беспрецедентный шаг — до сих пор государственное единство мыслилось лишь как единство «общины верных», «мистического тела». Однако, несмотря на полученные свободы, эдикт не удовлетворял гугенотов, чья численность превысила миллион человек. Они стремились обратить короля и народ в свою веру, искоренить «папизм». Католическое большинство «Эдикт терпимости» устраивал еще меньше.

1 мая 1562 г. люди герцога Гиза разогнали нарушавшее ограничения январского эдикта молитвенное собрание гугенотов в городе Васси. Солдаты взломали амбар, в котором заперлись гугеноты, убили и ранили многих из собравшихся, в том числе женщин и детей. Это стало поводом для начала Религиозных войн, продолжавшихся до 1598 г.