Современники объясняли это несостоятельностью Энрике как мужчины, за что он был прозван Бессильным (для нашего уха — Импотентом, от исп. Impotente). В 1455 году Энрике IV женился вторично на Жуане Португальской, сестре португальского короля. Как говорили, первая брачная ночь также не принесла плодов, и для зачатия пришлось прибегать к «механическим приспособлениям». Спустя 6 лет в этом союзе родилась дочь Хуана, законная наследница трона. Однако над ней всегда висела тень незаконнорожденности — современники считали ее биологическим отцом придворного красавца Бельтрана де ла Куэва. Рожденная Жуаной девочка воспринималась всеми как плод адюльтера и получила прозвище «Бельтранеха» — в честь своего предполагаемого отца. Со второй женой король также развелся.

Эти факторы — бессилие короля Энрике, измены королевы Жуаны и сомнительность происхождения ее дочери Хуаны сделали вопрос престолонаследия вновь актуальным. Знать принудила короля Энрике назвать наследником своего младшего брата Альфонсо — Изабелла была средней по рождению. Король первоначально согласился, предполагая, что Альфонсо женится на его дочери Хуане Бельтранехе, но спустя некоторое время передумал. Кастильские кортесы, почувствовав в короле слабину, намеревались взять власть в свои руки, ведь шефство над молодым Альфонсо дало бы им большие возможности.

О низложении Энрике IV было объявлено в Пласенсии 27 апреля 1465 года, однако формальная церемония низложения была проведена 5 июня неподалеку от Авилы, в присутствии малолетнего инфанта Альфонсо. На большой, издалека видной платформе было выставлено деревянное чучело короля в черном одеянии, со скипетром и мечом в обеих руках. Дворяне зачитали перед чучелом длинный список обвинений, где фигурировали нежелание воевать с маврами, пристрастие к мужеложству и половое бессилие. Также было указано, что инфанта Хуана не может быть его дочерью и, следовательно, наследовать кастильский престол. По окончании речей с истукана сняли корону, сняли меч и скипетр, затем повалили чучело наземь с криком: «Ниц, содомит!». После этого спектакля на сцену поднялся инфант Альфонсо, и присутствовавшие принялись целовать отроку руки. Так началось восстание, в котором сам юный принц был не более чем пешкой или скорее знаменем, под которым собирались желающие власти или презирающие Энрике дворяне. Вся Кастилия разделилась на два враждебных лагеря: северные провинции были за Энрике, южные — за Альфонсо. Опираясь на ресурсы влиятельного семейства Мендоса, король в 1467 году дал сражение при Ольмедо и одержал победу. Но война продолжалась, и мятежники заняли Сеговию, где находилась инфанта Изабелла. Их остановила внезапная смерть Альфонсо в возрасте 14 лет (возможно, от яда). Надежды мятежных дворян сосредоточились на Изабелле. Но она отказалась принять корону при жизни брата, и мятеж временно затух.

После гибели Альфонсо Энрике по требованию знати заключил со своей сестрой Изабеллой договор у быков Гисандо, согласно которому она становилась его наследницей, причем король обязывался не принуждать ее к нежелательному для нее браку, а она обязывалась не выходить замуж без согласия брата. Король уже официально пренебрег своей предполагаемой дочерью Хуаной Бельтранехой, которую, в свою очередь, в 1475 году ее дядя, португальский король Альфонс V, взял в жены, чтобы закрепить свои притязания на Кастилию. Но брак был аннулирован Папой римским Сикстом IV из-за близкого родства.

Энрике IV пытался выдать свою сестру Изабеллу замуж, предлагая ей несколько кандидатов, но она отвергла его варианты, избрав Фердинанда, принца Арагонского. Инициатива венчания исходила от архиепископа Каррильо и ее духовника — аббата Томаса де Торквемады. Изабелла привыкла верить словам духовных пастырей. К тому же девушке столько рассказывали о будущем женихе, что юная принцесса заочно его полюбила. Вся эта история стайной женитьбой ей казалась волнующей и романтичной. И крайне политически выгодной. Бракосочетание было тайным, так как король Энрике не дал на него своего разрешения. Свита жениха прибыла в Кастилию, переодевшись купцами. Действительность не обманула ожиданий Изабеллы — принц сразу понравился принцессе. Рассказывают также о смелом поступке Изабеллы, отказавшейся следовать монаршему протоколу: Фердинанд при встрече обязан был поклониться и поцеловать кастильской принцессе руку, демонстрируя подчиненное положение Арагона. «Мы равные, — решила она, — и встретимся как равные, пусть это будет счастливым началом нашего союза». Среди драгоценностей, принадлежавших королеве, были две особо ей дорогих — рубин и жемчужное ожерелье, подаренные Фердинандом еще до венчания; они есть на свадебном портрете. Видимо, подарок этот Изабелле был очень дорог, так как она мягко уходила от укоров своего духовника, требовавшего сдержанности в одежде, и эти два знака внимания ее возлюбленного были с ней неизменно — до момента, когда она подарила их невесте сына, Маргарите Австрийской.

Так как супруги приходились друг другу родственниками (их дедушки, Энрике III Кастильский и Фердинанд I Арагонский, были родными братьями), требовалось разрешение папы. Чтобы уладить этот вопрос, Хуан II Арагонский, отец жениха, посылал своих людей к папе Павлу II. Но решить проблему им не удалось — Папа отказался давать разрешение, побоявшись резкого осуждения со стороны Энрике, а также Франции и Португалии. Тем не менее свадьба состоялась, а необходимый документ был сфабрикован. 1 декабря 1471 года он был подписан следующим папой Сикстом IV, а число поставили то, которое требовалось.

Энрике объявил сестру нарушившей договор и по этой причине лишенной престола. Но сторонники Изабеллы поднялись в защиту ее прав, и борьба за престол возобновилась. В ходе ее Энрике умер, и кортесы признали Изабеллу королевой, при этом было принято постановление, что управление государством должно принадлежать исключительно Изабелле и участвовать в нем Фердинанд может лишь как ее уполномоченный, но акты о назначении на должность и произнесение судебных приговоров должны совершаться от имени обоих супругов; имена их должны чеканиться на монетах, но казна и войско Кастилии и Леона находятся в исключительном распоряжении Изабеллы.

Нельзя сказать, что «самостоятельное плавание» началось легко. Супругам пришлось подавить продолжавшиеся гражданские стычки из-за престолонаследия, которые усложнялись вторжением в Кастилию португальского короля Альфонса V, который поддерживал права своей племянницы и одновременно невесты — Хуаны Бельтранехи. (Он взял ее в жены с целью закрепления своих притязаний на Кастилию. Но брак был аннулирован папой римским Сикстом IV из-за близкого родства.) Борьба эта продолжалась до октября 1479 года. Потерпевший поражение при Торо Альфонс V принужден был заключить мир и отказаться от притязаний на кастильский престол. Укрощено без кровопролития восстание в Сеговии, куда Изабелла не побоялась отправиться лично на переговоры с мятежниками.